取样和DNA提取方法集
文章数:15篇
feces
AJE:收集粪便样本,不必太纠结取样方法
① 通过技术可重复性、室温下稳定性、准确性等指标,比较5种不同的粪便样本收集方法;② 包括:无稳定剂、95%乙醇、RNAlater稳定溶液、粪便隐血试验卡、粪便免疫化学试管;③ 每种方法收集的样本中,一份立即冻存,一份在室温下放置96小时后冻存;④ 所有方法的技术可重复性都很高,稳定性也都很好;⑤ 总体来说,所有收集方法都适用于微生物研究中的样本收集。
feces
microbiota
specimen collection
DNA提取
FEMS ME:不同DNA提取方法,得到的菌群信息不一样
① 利用银鲫研究不同的DNA提取步骤对肠道菌群检测结果的影响;② 使用两种不同的DNA提取方法,所得到的read数目、OTU、Shannon指数、分类学组成等均有显著差异;③ 肠道黏膜及肠内容物的菌群群落组成也有显著差别;④ 对已发表的25篇文献进行分析,发现不同的DNA提取方法得到的淡水鱼肠道菌群的菌群多样性、群落结构等结果均有差别。
DNA提取
多样性
Colonic biopsies
Microbiome:结肠灌洗样本可代表结肠活检样本的菌群组成
① 从参加结肠直肠癌结肠镜筛查的人群中,收集结肠活检样本以及结肠灌洗,比较两种样本中所含的菌群;② 与对应的结肠活检样本相比,结肠灌洗样本中含有的OTU数目更高;③ 多样性及均匀度在两种样本中相似;④ 总体来说,结肠灌洗样本可相对精确地代表结肠活检样本中的菌群组成。
Colonic biopsies
Colonic lavage
Microbiome analysis
next-generation sequencing
Amplification bias
Microbiome:确保含微量DNA的样品被准确测序的新方法
① 全基因组扩增是对仅含有微量DNA的样品进行宏基因组研究中的关键步骤;② 多重置换扩增作为最常用的技术,可能使结果产生偏差;③ 本研究开发了一种将多重置换扩增技术与液滴微流控技术相结合的新方法;④ 利用新方法从合成的宏基因组中扩增样品,测序结果表明原样品中的物种分布在新方法中被很好地保留;⑤ 相比于传统方法,新方法得到的测序覆盖深度在全基因组中更加均匀分布。
Amplification bias
Droplet microfluidics
metagenomics
Multiple displacement amplification
Whole genome amplification
人体菌群
SR:室温收集、储存和运输菌群样本的新方法
① 菌群-宿主关联的分析越来越多,需要能够直接比较不同数据集之间的结果;② 因此,不同研究之间需要一个标准的流程;③ 本文比较了一个标准化kit与现行的标准方法(冻存人粪便样品,之后进行全基因组测序)间的差别;④ 这个标准化kit让样品的室温储存、自动化操作及更简便的样品运输成为可能。
人体菌群
功能研究
室温
标准化
粪便样品储存
SR:野外考察收集粪便样本,不用过于纠结存储方法
① 对野生脊椎动物进行野外考察常涉及到收集动物的粪便样品;② 本研究分析粪便样品的储存方法是否影响了肠道菌群的组成;③ 比较立即冻存、冻干法、乙醇中储存及RNAlater中储存这4种方法;④ 不同方法检测出的菌群α及β多样性是显著相关一致的;⑤ 样品之间的个体差异大于储存方法造成的差异。
粪便样品储存
方法学
β多样性
α多样性
艰难梭菌感染
MMB:一种制备粪菌移植样本的快速低成本方法
① 艰难梭菌感染是一种难以治疗的细菌感染,抗生素疗法的治疗效果不佳;② 粪菌移植对于艰难梭菌感染的疗效较好;③ 本章节概括介绍了粪菌移植过程中,对粪便样本的处理过程;④ 介绍了一种使用低成本的一次性材料快速进行样本制备的方法。
艰难梭菌感染
样品制备
粪菌移植
样本储存
Microbiome:粪便样本,必须存-80℃或2天内提DNA
① 对比各种用于16S rRNA基因测序的样品存储和准备方法,以及它们对于婴儿粪便微生物群落的影响;② 在不同日期,通过不同人甚至采用不同样本重量提取DNA,对后续的测序数据只造成很小的差异;③ 将样本存储在-80℃长达2年,只会有相对很小的变化:乳杆菌和芽孢杆菌丰度略微增加,总的OTU计数略减少;④ 在没有冷冻储存条件时,将样本置于室温2天后,才会导致微生物群落发生明显变化,对需要邮寄的样本,控制在此时间内可收到,则不会造成额外变化。
样本储存
样本处理
粪便样品
慢性肺病
Microbiome:提取慢性肺病患儿样本,怎样最科学?
① 分析78名患有肺部疾病或健康幼儿的口咽、鼻咽及支气管肺泡灌洗中的微生物组; ② 比较有创及无创方法采集到的肺部微生物组的差别; ③ 采集上呼吸道样本是采集支气管肺泡灌洗样本的可靠但不完整的无创替代方法; ④ 推荐同时对口咽及鼻咽进行采样。
慢性肺病
支气管肺泡灌洗
鼻咽微生物
口咽微生物
儿童肺病
二代测序
CPMB:一种更强大的微生物组DNA富集方法
① 微生物组分析中,样品里的宿主DNA可能对结果造成影响; ② 在测序之前去除宿主DNA可获得更高的微生物组基因的测序深度; ③ 本文介绍了一种新的微生物组DNA富集方法; ④ 甲基化的宿主DNA,例如人基因组DNA被选择性地除去; ⑤ 这种方法产生的测序数据中微生物DNA的比例更高且质量更好。
二代测序
富集方法
样品制备
文库制备
样本采集
AEM:测口腔菌群,哪种采样和储存方法靠谱?
① 准确分析口腔菌群组成结构时需从样本中获得高质量的序列信息; ② 本文分析样本采集方法及储存条件对唾液及牙菌群的组成的影响; ③ 刮器或刷子获得的牙菌斑菌群组成在门水平有很小的差异; ④ 储存于商品化试剂Omnigene中或储存于液体牙科转运培养基中的牙菌斑与唾液菌群组成显著不同。
样本采集
样本储存
口腔菌群
硫氰酸胍
Gut:粪便样品室温保存而菌群不变,有何妙招?
① 粪便样品置于室温15分钟后,细菌分类群组成将发生改变; ② 因此样品需立即冻存,这造成了实验上的不便; ③ 本文发现在硫氰酸胍溶液中的粪便样品可于室温下保存; ④ 粪便菌群组成及结肠镜检查结果并未受到显著影响。
硫氰酸胍
室温
粪便样品
粪便菌群
结肠镜检查
DNA提取
SR:提取宏基因组DNA的靠谱改进方法!
介绍提取宏基因组DNA的新方法THSTI:① 这是更灵敏的从人和环境样本中分离细菌DNA的方法;② 分离出的DNA具有有效的回收率和高纯度;③ 有望成为包括环境和临床样本的黄金标准;④ 对比各种其他试剂盒和自动DNA提取方法,具有很高的经济性。
DNA提取
THSTI
宏基因组测序
方法学
婴儿粪便
广州医大团队:粪便放室温一定时间,菌群有何变化?
① 样品储存条件对于微生物群落宏基因组的无偏差分析十分重要; ② 收集29名健康婴儿的粪便样品,每个样品分为5份分别置于室温储存不同时间后冻于-80; ③ 样品中的微生物群落的α多样性不受室温储存时间的影响; ④ 样品中的微生物组成及UniFrac距离也不受室温影响。
婴儿粪便
微生物组成
室温
肠道黏膜相关微生物群
APT:新工具,搞定不被交叉污染的肠黏膜样本!
① 肠道黏膜相关微生物组与肠道微生物-宿主相互作用紧密相关,其组成可辅助诊断和治疗;② 用常规的内窥镜提取肠道黏膜样本容易被消化道腔内容物污染; ③ 本研究发展了一种新的提取活组织的方法——BABD;④ 相比于常规方法,BABD可减少交叉污染,提供更精确的肠道黏膜相关微生物样本。
肠道黏膜相关微生物群
布里斯班无菌活组织提取设备(BABD)
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