赵方庆
文章数:7篇
高原牦牛
Current Biology:动物瘤胃微生物如何适应高海拔?
① 高原牦牛(藏绵羊)vs黄牛(普通绵羊),产短链脂肪酸高,甲烷排放低;② 瘤胃宏基因组揭示:高原动物短链脂肪酸形成通路基因富集,而平原动物甲烷形成通路基因富集;③ 胃粘膜转录组揭示:牦牛短链脂肪酸运输和吸收相关基因显著上调,这预示宿主和肠道微生物的协同进化,并揭示高原动物能更好吸收和利用短链脂肪酸。
高原牦牛
藏绵羊
黄牛
普通绵羊
高海拔
MetaSort
赵方庆团队:突破宏基因组组装难题的新方法MetaSort
① 大部分分析宏基因组数据的现有方法有赖于参考基因组,而新的微生物群落的数量远远超出参考数据库的覆盖范围,从复杂的微生物群落做从头合成的宏基因组组装仍然是巨大挑战;② 研究者建立了新的实验和生物信息学平台MetaSort,用于宏基因组样本中细菌基因组的有效组装;③ MetaSort提供基于流式细胞仪和单细胞测序方法学的分类迷你宏基因组方法,并采用新的计算算法以有效地从分类迷你宏基因组并结合原始宏基因组中重建高质量基因组;④ MetaSort在基因组重建和组装中表现优异且无偏性,利用它分析在一种海藻表面定殖的未被探究的菌群,一次性成功重建75个高质量基因组。
MetaSort
基因组组装
迷你宏基因组
海藻菌群
Fecal transplant
蔡军+朱宝利+杨新春等:肠道菌群失衡促进高血压
① 分析41名健康人、56名高血压前期和99名原发性高血压患者的宏基因组和代谢组;② 高血压前期和高血压患者的菌群失衡且非常类似,且均与宿主的代谢变化紧密相关;③ 两个患者组均表现出:微生物丰度和多样性明显降低,普氏菌占优的肠型,有益菌明显降低而普氏菌和克雷伯氏菌过度生长,微生物功能与疾病关联;④ 研究者建立了基于菌群并能从对照组准确区分高血压前期和高血压个体的分类器;⑤ 将患者菌群转入无菌小鼠,发现小鼠血压升高。
Fecal transplant
Gut microbiota
Hypertension
Metabolism
Pre-hypertension
Gene prediction
赵方庆团队:无需参考基因组而直接识别基因的新算法
① 针对宏基因组和转录组数据分析中的编码基因识别问题,开发基于密码子德布鲁因图的新算法inGAP-CDG;② 其不依赖于参考基因组,直接从未拼接的测序数据中进行基因识别,解决编码基因识别效率低且不完整的难题;③ 通过使用模拟数据集和公共数据库的真实转录组测序数据,对预测基因的长度、灵敏度、冗余度、错误率和杂合度进行了系统性的评估;④ 与其它方法相比,inGAP-CDG构建出的编码基因序列具有长度更长、冗余度更低和特异度更高的优势。
Gene prediction
phylogenomics
Transcriptome
de Bruijn graph
基因组组装
赵方庆团队:针对细菌基因组重复区域拼接问题的新算法
① 针对单个细菌基因组中重复区域的拼接问题开发新的inGAP-sf算法;② 其根据德布鲁因图特征,基于contig重叠部分构建直接连接信息图,在配对连接信息的监督下拓扑路径,并对这些路径进行整合;③ 引入贝叶斯模型用于去除错误路径,解决由短片段重复序列造成的基因组拼接碎片化问题,在保证准确性的前提下延伸了序列长度,获得更完整、间隙更少的基因组序列;④ 与其他方法得到的拼接序列相比,新方法的连续性、准确性、完整性都有明显提高。
基因组组装
重复序列
新算法
16s rRNA测序
赵方庆团队:有效关联物种谱和功能基因谱的新方法
① 开发能同时获得16S rRNA V4/6高变区及上游蛋白编码基因序列的RiboFR-Seq技术;② 可建立16S rRNA与宏基因组拼接序列的物理关联,校正或补充彼此注释结果,实现准确无偏的数据解析,快速、准确和全面地解析微生物组成和功能;③ 实现对宏基因组中16S rRNA拷贝数的测定,修正由于16S rRNA拷贝数差异导致的菌群丰度估计偏差;④ 利用“桥连序列”信息,对16S扩增子和全基因组测序拼接结果进行重新注释,可辅助宏基因组数据的拼接和组装。
16s rRNA测序
RiboFR-Seq
宏基因组组装
拷贝数
扩增子
噬菌体
赵方庆团队:噬菌体与细菌在人体口腔如何相互作用?
① 利用细菌基因组成簇规则间隔的短回文重复序列(CRISPRs)构建口腔细菌-噬菌体交叉侵染关系网络;② 通过高通量网络化模式表征噬菌体和细菌在人体生态系统中的捕食关系;③ 结果显示,多数噬菌体仅侵染一种细菌,某些可被成为“交叉侵染噬菌体”的噬菌体有侵染两种(甚至不同属)以上细菌的能力;④ 交叉侵染噬菌体在丰度上与口腔益生菌存在正相关性,而与牙周致病菌群体呈负相关。
噬菌体
噬菌体-细菌相互作用
交叉侵染噬菌体
口腔菌群
关闭

用微信扫描上面二维码,验证身份

提醒:您需要先关注微信公众号“热心肠先生”,才能验证通过!

 验证成功,3秒后跳转

已超时,请 重试