Janet K Jansson
文章数:10篇
实验可重复性
Nature子刊:如何促进宏基因组研究的可重复性?(2012)
① 由于可以发现新的酶和新的物种并作为与疾病相关的生物标记物,宏基因组学曾被业界寄予厚望;② 在过去的两年中,测序技术和生物信息的发展使系统性地研究微生物多样性和功能成为可能;③ 为了实现这一目标,世界科学界需要通力合作,建立统一的数据标准,使全球微生物组研究具有可比性;④ 增加数据可比性可以帮助生物技术研发进程,例如新的糖苷水解酶或新能源的发现。
实验可重复性
比较宏基因组
多样性
Nature:人类肠道菌群的多样性、稳定性和恢复力(综述)
经典重要综述:① 无数微生物栖息于人体肠道,组成了影响正常生理学的复杂生态学群落,它们也因代谢活性及宿主相互作用而对疾病敏感;② 理解造成肠道菌群组成和功能变化的因子,有助于设计靶向肠道菌群的疗法;③ 但这是异常艰难的:肠道菌群非常多样,人与人之间大不一样并且随时间剧烈波动,特别是在疾病和早期发育进程中;④ 从生态学角度看待菌群,有助于理解如何在临床治疗中通过靶向微生物群落以促进健康。
多样性
稳定性
恢复力
生态系统
联合微生物组计划
Science:呼吁发起“联合微生物组计划”
① 尽管DNA测序技术的应用使微生物普遍性和多样性的的观点深入人心,但这些“快照”并不能有效揭示微生物功能和菌群动态;② 正应为如此,我们倡议建立联合微生物组计划(UMI),用最新手段和工具对全球不同生态系统以及宿主中的微生物进行研究;③ 如果我们掌握了根-土壤-微生物之间的联系,就可以减少农药、化肥和水的使用,同时恢复退化土;④ 对宿主-微生物关系的研究可以帮助我们找到治疗多种疾病的新疗法,实现精准医疗。
联合微生物组计划
人类微生物组计划
国家微生物组计划
ACS Nano:美国国家微生物组计划的技术路线图
NMI技术路线图:①对象:地球/海洋/大气/人/动物微生物,微生态,生物膜,单/双/三物种生物膜合作/竞争;②技术:高通量测序,纳米科学/技术,合成生物学,基础和应用结合,单细胞基因组,蛋白和代谢组,蛋白活性分析,多组学,多尺度影像及功能,成像,蛋白标记,模式生物,多学科协同,新显微镜,样品准备/多模成像,测量输出/取样容积;实时成像/传感,精确操纵菌群,观测站;③ 其他:大数据/聪明数据、建模与仿真、伦理。
国家微生物组计划
技术路线图
方法学
纳米科学
纳米技术
宏基因组学
自然微生物学:微生物组学的未来在哪里?
① 利用宏基因组学方法研究微生物群体为人们较好地阐释了微生物群体的多样性和重要性;② 然而仅依靠DNA层面的分析,不能很好地研究微生物组的功能情况;③ 因此本文建议利用多组学分析的方法(包括——基因组学、元转录组学、宏蛋白质组学和代谢组学),为微生物表型组提供更丰富的信息来源。
宏基因组学
元转录组学
宏蛋白质组学
代谢组学
微生物组
GWAS
Nature:精准诊断和治疗疾病,MWAS来帮忙!
① DNA测序、代谢组、蛋白组和计算工具快速发展,推动微生物组与疾病相关联;② 时间序列研究和多分子视角促进MWAS发展,已有研究支持MWAS的可靠结果;③ 对精准诊断和治疗来说,应充分理解微生物组和饮食、化学、健康的复杂关系,并要确定记录和整合这些动态变化的检测频率;④ 特别提出MWAS的原则。
GWAS
MWAS
DNA测序
代谢组
蛋白组
质谱
Nature子刊:微生物组分析的过去、现在和未来
① 十年来,测序和质谱技术促进了更快和更大信息量的宏基因组、宏转录组、宏蛋白质组和宏代谢组测量;② 新技术使得人类可以依靠更多非培养方法研究复杂微生物组和功能;③ 这篇文章综述了环境和人体微生物组多组学分析的主要进展,并探讨解决现有测量方法短板所需要的技术发展;④ 主要内容:测序技术,单分子测序技术,复杂微生物组测序,宏转录组,基于质谱分析的宏蛋白质组和宏代谢组测量分析,现有技术局限性和未来的方向。
质谱
宏基因组
宏转录组
宏蛋白质组
宏代谢组
分层微生物垫
ISME:微生物多样性与生产力呈负相关性
① 生产力是生态系统多样性的一个主要决定因素;② 微生物生态系统中,多样性与生产力之间的关系很少被研究;③ 利用实验室中的光合垫来研究微生物多样性与生产力之间的关联;④ 在透光层中,具有较高的初级生产力及光合速率的区域里,微生物多样性更低且均匀度更高;⑤ 利用这套系统发现,微生态系统中,微生物多样性与生产力之间的负相关性。
分层微生物垫
菌群多样性
菌群生产力
肠道菌群
Nature子刊:小鼠生命早期,什么因素对菌群和代谢组影响最大?
① 利用遗传多样化的Collaborative Cross小鼠系统,研究生命早期史对小鼠肠道菌群组成的影响;② 饮食改变对肠道菌群组成仅有温和的影响,但对肠道代谢组有较大影响,非饮食代谢产物可由细菌代谢产物解释;③ 定量特征分析鉴定出了小鼠基因中能够影响特定细菌的丰度的遗传特征位点;④ 小鼠遗传特征位点在人体内的直系同源基因与胃肠癌相关。
肠道菌群
代谢组
饮食
遗传
炎症性肠病
Nature子刊:IBD病人的肠道菌群动态变化
① 以往关于炎症性肠病(IBD)与肠道菌群的研究限于少数病人的单个时间节点,本研究剖析IBD中肠道菌群的长时动态行为,并与正常的变化加以区分;② IBD病人的菌群波动性比正常人大,与健康基础值相比,回肠克罗恩病人尤其是术后病人的偏差最大;③ 部分IBD患者的菌群也会阶段性回归基础值,但很快又会偏离;④ 炎症并不直接与健康基础值的偏移距离相关,但在可观察到的肠道菌群剧烈波动和因疾病发作而需要加强的治疗之间存有一定关联。
炎症性肠病
菌群动力学
关闭

用微信扫描上面二维码,验证身份

提醒:您需要先关注微信公众号“热心肠先生”,才能验证通过!

 验证成功,3秒后跳转

已超时,请 重试