张志刚
文章数:14篇
高原牦牛
Current Biology:动物瘤胃微生物如何适应高海拔?
① 高原牦牛(藏绵羊)vs黄牛(普通绵羊),产短链脂肪酸高,甲烷排放低;② 瘤胃宏基因组揭示:高原动物短链脂肪酸形成通路基因富集,而平原动物甲烷形成通路基因富集;③ 胃粘膜转录组揭示:牦牛短链脂肪酸运输和吸收相关基因显著上调,这预示宿主和肠道微生物的协同进化,并揭示高原动物能更好吸收和利用短链脂肪酸。
高原牦牛
藏绵羊
黄牛
普通绵羊
高海拔
肝硬化
AJG:唾液链球菌,促进肝硬化患者发生肝性脑病?
① 肝硬化并发轻型肝性脑病患者(MHE)的认知能力显著降低,严重的情况下(即重症型肝性脑病)会导致死亡;② 与正常人相比,发现肝硬化无MHE患者、肝硬化并发MHE患者肠道微生物多样性以及互作关系发生了持续性的显著改变;③ 其中罪魁祸首是一个新的含尿素酶的肠道细菌——口腔移位到肠道的唾液链球菌(Streptococcus salivarius),与MHE发生密切相关,被认为是MHE患者肠道微生态功能修复的重要靶标。
肝硬化
轻型肝性脑病
肝性脑病
唾液链球菌
乳酸杆菌
BMC进化生物学:28株乳酸菌的物种进化历史
① 通过比较基因组学策略,我们获得并整合220个直系同源基因进化信息;② 结合两种最为可靠的系统发育学分析手段,从基因组水平阐述了28个具有全基因组的乳酸菌的物种进化历史;特别是对于分化最大的乳杆菌属的物种;③ 同时,研究者还鉴定了一个多基因(uvrB, polC和pbpB)序列分子标记,对于未来没有公布基因组的乳酸菌物种的分类和鉴定具有重要的意义。
乳酸杆菌
进化树
系统发生学
物种进化
儿童龋齿
BMC基因组学:哪些细菌参与儿童龋齿和色素沉淀?
① 该研究表明牙斑相关微生物群落对于乳牙期儿童龋齿和色斑类疾病的发生有着密切的关系;② 研究发现2个牙斑菌群类型 (命名为A和B);③ 对于每种类型,研究均发现了不同的与龋齿、色斑或混合型疾病发生相关的菌群;④ 比如A型中,Leptotrichia和Fusobacterium与色斑形成相关,Gemellales未知成员和Granulicatella与龋齿有关。
儿童龋齿
色素沉淀
牙菌斑
口腔菌群
胆石症
BMC基因组学:胆结石患者的肠道菌群有何特点?
① 利用16S rRNA基因高通量测序,该研究第一次揭示了胆结石患者肠道微生态失衡以及结石和胆汁相关微生物多样性全貌;② 在此基础上,进一步探讨了胆道微生物与结石形成的相关性,为进一步理解胆囊结石细菌学机制具有极其重要的参考价值。
胆石症
胆结石
中国野生熊蜂
Current Biology:中国野生熊蜂的两种肠型
① 通过调查迄今为止最多的28个中国野生熊蜂物种肠道菌群的多样性情况,发现熊蜂肠道微生物存在两种保守的生态型;② 一种是由 Gilliamella 和 Snodgrassella 菌群组成(在蜜蜂中也存在);③ 另一种生态型主要是由环境性菌群组成,而且含有一些条件致病菌如哈夫尼菌属(Hafnia) 和沙雷氏菌属(Serratia);④ 这是首次在传粉昆虫熊蜂上发现的,为今后深入研究传粉昆虫生物学提供了肠道微生物新视角。
中国野生熊蜂
肠型
个体化治疗
Gut Pathogens:大肠癌相关菌群的特点
① 分析比较了8对癌组织和癌旁健康组织粘附微生物的异同;② 发现癌组织粘附特定的微生物类群,显著地不同于正常组织;③ 该发现与前人的研究(使用的不同人群)也存在很大不同,进一步提示了结肠癌相关肠道微生物存在明显的个体化差异;④ 这对于未来从肠道微生物组出发开展结直肠癌个体化医疗策略具有重要的参考价值。
个体化治疗
肠道菌群
结直肠癌
驱动细菌
Gut Pathogens:大肠癌的驱动和乘客细菌都有哪些?
① 根据Tjalsma等人(2012)提出的结直肠癌患者肠道细菌的新模型 — “Driver-passenger”模型;② 该研究使用小样本量初步检测了结直肠癌的发生和发展的三个阶段(正常、腺瘤性息肉以及癌变)相关组织粘附微生物的变化规律;③ 初步证实了Tjalsma等人(2012)提出的结直肠癌患者肠道细菌的新模型 — “Driver-passenger”模型的合理性。
驱动细菌
乘客细菌
结直肠癌
焦磷酸测序
IJC:心脏植入电子装置的病人的感染后血液细菌
① 以普遍发生的亚临床感染为例,该研究发现亚临床感染患者和正常人血液的细菌组成具有显著差异;② 患者血清中炎性因子的表达水平显著高于正常人;③ 最为关键的是,正常人和亚临床感染患者之间细菌-炎性因子互作、炎性因子-炎性因子互作的模式明显不同;④ 该研究成果表明宿主-微生物免疫互作是长期存在的,不管有没有感染发生。
焦磷酸测序
炎症
心血管植入式电子器械
亚临床感染
肠粘膜
ISME:人类肠粘膜附着的微生物有何特点?
① 该研究首先揭示了正常人体内肠粘膜附着的微生物组存在显著的空间异质性;② 通过肠道微生物空间共变异网络分析,结合粘膜附着微生物地理分布的特征,进一步解释了空间异质性形成的动力,也鉴定了影响肠道微生物空间扩散的关键细菌;③ 该研究成果第一次为我们理解正常人体肠道粘膜附着微生物的空间建成机制提供了重要的理论见解;④ 也为进一步研究肠道疾病发生的空间特异性(比如克罗恩病)提供了重要的参照。
肠粘膜
肠粘膜附着微生物
空间异质性
梅花鹿
ME:梅花鹿快速改变瘤胃菌群以适应新食物
① 以梅花鹿为例,以人工驯化条件下摄食玉米秸秆为参照,喂食天然条件下富含单宁的柞树叶;② 发现肠道微生物能够快速适应富含单宁食物(极端环境)的胁迫;③ 通过瘤胃微生物群落结构以及相应的瘤胃代谢表型(比如短链脂肪酸代谢和氮代谢)的适应性改变,进而重塑并维持和动物宿主的互利共生关系,这对于动物适应性进化是极其有利的。
梅花鹿
瘤胃菌群
梅花鹿
PLoS One:不同浓度单宁对梅花鹿瘤胃菌群的影响
① 对食物的适应是动物适应性进化的关键步骤;② 过往研究仅局限在宿主自身遗传物种的改变,很少关注肠道微生物的角色;③ 该研究以梅花鹿为例,探讨了肠道微生物(包括瘤胃细菌、古菌、真菌和原虫)如何帮助动物对富含高浓度和低浓度单宁食物的适应性改变。
梅花鹿
瘤胃菌群
单宁
梅花鹿
PLoS One:梅花鹿胃肠道不同部位菌群显著不同
① 以前的研究已经揭示了人体肠道微生物存在显著的空间异质性,这有益于宿主对营养物质的充分利用,然而对于复胃动物是否存在相似的规律鲜为人知;② 该研究以梅花鹿为例,比较了瘤胃、回肠、盲肠和结肠的微生物的异同(包括细菌和古菌),结果发现复胃动物肠道微生物也存在显著的空间异质性;③ 这对于特定条件下动物肠道微生物结构和功能研究具有重要的指导意义。
梅花鹿
瘤胃菌群
空间异质性
瘤胃菌群
EMR:杂交鹿的瘤胃菌群与亲代不同
① 利用梅花鹿与马鹿杂交得到两种不同后代:雌梅花鹿与雄马鹿后代(SEH)、雄梅花鹿与雌马鹿后代(ESH);② 比较分析两种后代的瘤胃菌群及代谢物;③ 杂交后代的瘤胃菌群与上一代不同,说明了宿主遗传因素可能通过垂直传播造成对瘤胃菌群的影响;④ 瘤胃代谢产物展现出与瘤胃菌群结构相似的模式,亲代与子代之间的不同在于挥发性脂肪酸及氨基酸代谢产物。
瘤胃菌群
瘤胃代谢物
宿主遗传因素
杂交
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