秦楠
文章数:17篇
Human microbiota
杨瑞馥等:精准医学,别忽视菌群这个“器官”!(综述)
① 对人体而言,微生物菌群应当视为一个独立的“器官”;② 随着组学技术的发展,精准医学在美国总统奥巴马提出之后,也越来越成为医学研究的热点了;③ 但是,菌群在精准医学发展中作用,似乎没有引起足够的重视;④ 本文从弥补这一鸿沟的角度,对菌群与健康的研究进行了综述,并提出了二者结合的发展建议。
Human microbiota
health
Precision Medicine
舌苔
北大口腔陈峰团队:口臭儿童舌苔及唾液菌群研究
① 口臭是口腔菌群的活动造成的; ② 口臭儿童的舌苔菌群的物种丰富度比正常儿童高; ③ 口臭儿童的唾液菌群组成也与正常儿童不同; ④ 与萜类化合物及聚酮化合物的代谢及应对感染性疾病的细菌基因在口臭儿童中有更高表达; ⑤ 口臭儿童舌苔及唾液菌群产生更多、消耗更少的硫化氢。
舌苔
唾液
微生物群
儿童
口臭
PNAS-2013:杨瑞馥等破解鼠疫菌进化规律
本文对上百株鼠疫菌全球分离株进行了测序和分析,并基于SNP变异重建了鼠疫菌种系关系。结果表明该菌进化以中性过程为主,但种系间突变率存在很大差异,各进化分支上变异累积速度显著不同;进而提出中性条件下病原菌进化速度会受到种群大小波动影响,造成静息期与流行暴发期之间的突变率发生变化。
H7N9病毒感染及治疗对肠道菌群的影响
①完成了26个H7N9患者肠道菌群深度测序,其中抗生素治疗组(AB)17人和非抗生素治疗组(NAB)9人,构建了H7N9患者肠道菌群基因集;②阐明了H7N9病毒入侵导致病人肠道菌群的改变;③抗病毒物质,益生菌及抗生素治疗可以提高H7N9患者肠道有益菌的微生物多样性及丰度。
Diagnostic markers
秦楠等答同行学术质疑:代偿性肝硬化和微生物组关系的解释
①测试了用微生物组分析诊断代偿性肝硬化及失代偿性肝硬化的准确性;②在原来66个MGS的基础上又发现了13个新的MGS;③微生物组分析或许可以取代当前不适当的临床诊断参数和/或肝脏活组织检查等侵入性操作来检测出代偿性肝硬化。
Diagnostic markers
Microbiology
肝硬化患者肠道菌群变化
①构建了肝硬化患者肠道菌群基因集;②找到了66个代表细菌物种的MGS,其中28个在患者组中富集,38个在健康组中富集;③首次发现肝硬化患者口腔菌侵入到肠道;④根据15个基因标记物定义了肝硬化“病人区别指数”Patient Discrimination Index(PDI)。
Microbiology
Biomarkers
Genome informatics
健康人鼻腔木糖葡萄球菌与金黄色葡萄球菌和表面葡萄球菌比较基因组学研究
①基因组比较分析发现,木糖葡萄球菌与金黄色葡萄球菌和表面葡萄球菌最大的区别在于缺乏毒力和致病性相关的基因,包括与粘附素,抗原,耐药性,荚膜多糖合成酶,致病性基因岛和生物膜形成相关的基因; ②从基因组层面上解释该菌凝固酶阴性,人条件致病性及生物膜形成等特性。
Bacterial transcription
转录组分析甲氧西林敏感型金黄色葡萄球菌生物膜形成过程
①熊果酸可以抑制甲氧西林敏感型金黄色葡萄球菌(MSSA)生物膜的形成,白藜芦醇无法抑制MSSA生物膜形成;②熊果酸处理后,MSSA生物膜形成相关的基因转录差异显著;③MSSA生物膜形成机制与耐药型MRSA生物膜形成机制不同的主要原因是缺乏辅助基因调节因子agr 。
Bacterial transcription
Transcriptomics
Antimicrobial resistance
转录组分析熊果酸和白藜芦醇抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌生物膜形成过程
①熊果酸主要通过减少氨基酸代谢和粘附素表达起作用,而白藜芦醇主要作用是干扰细菌密度感应效应(QS)和影响表明蛋白和分泌蛋白表达及加膜多糖形成;②熊果酸和白藜芦醇具有抑制生物膜形成活性,可用于辅助治疗金黄色葡萄球菌感染。
Antimicrobial resistance
Biofilms
新一代测序技术
高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用
①综述阐述了Illumina公司HiSeq 2000, ABI公司SOLID和Roche公司454为代表的高通量测序技术;②着重讨论了新一代测序技术在微生物领域中的应用,包括细菌分类学,比较基因组学和演化基因组学,转录组学,宏基因组学,单细胞测序等。
新一代测序技术
高通量
微生物学
基因组学
Nan Qin
微生物组调节自身免疫性疾病, 肠道疾病及肝病
①自身免疫性疾病与肠道微生物组密切相关,包括系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、I型糖尿病、炎性肠炎等;②肝病与肠道微生物组的密切相关,包括慢性肝病(慢性肝炎、肝纤维化、肝硬化),脂肪肝,肝癌等;③指出了利用益生元、益生菌及粪菌移植来调节肠道菌群进而治疗及预防疾病的方法及思路。
Nan Qin
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
① 作为人肠道宏基因组(MetaHIT)计划的一部分,研究者使用Illumina测序仪,组装并鉴定了124个欧洲人的粪便标本中的330万个不重复的微生物基因;② 这些超过人类基因150倍的基因集包含了绝大多数人类的主要肠道微生物基因,并且大部分基因在人群中共有;③ 细菌基因比例超过99%,这群人中有1100种左右种细菌,其中160个优势物种为人群所共有;④ 作者还对肠道宏基因组和肠细菌基因组进行了功能性分析。
人肠道宏基因组
黄酒
浙大团队:黄酒好不好,发酵7天测个序就知道了!
对109个发酵过程中的黄酒样本进行了16SrDNA和ITS测序分析,发现发酵7天的乳酸菌和高温放线菌的丰度可以作为黄酒品质的预测标准;对其中20个样本进行了宏基因组测序分析,讨论高品质酒与低品质酒发酵过程中微生物功能基因组成在群体感应、抗生素抗性以及KEGG代谢通路等方面的差异。
黄酒
发酵
宏基因组
生物信息学
秦楠+崔玉军:研究微生物组必备的生物信息学工具
系统介绍微生物组研究领常用分析流程和软件:序列比对数据库和软件,物种丰度表计算方法,Enterotypes(肠型)分析,物种多样性展示方法, 差异物种筛选方法,序列拼接组装,基因预测,非冗余基因集构建方法,基因丰度表计算,差异基因筛选,功能分析,MGS分析和CAG分析,Markers标记物的筛选和验证。
生物信息学
宏基因组数据分析
蒙古族
张和平 & 秦楠团队:蒙古族人肠道菌群的特点
① 不同人种的肠道菌群因遗传背景、饮食、文化习惯及社会经济状况的差异而不同;② 本文对110名来自蒙古国和中国的蒙古族人的肠道菌群进行shotgun宏基因组测序,并比较汉族、蒙古族及欧洲人的肠道菌群;③ 放线菌门及双歧杆菌属是三种人群肠道菌群差异的主要来源;④ 鉴定出了两种分别通过抗炎症效应及产生丁酸盐而改善蒙古族人肠道健康的细菌;⑤ Collinsella作为动脉粥样硬化患者的生物标记物,与成年蒙古族人心脑血管疾病的高死亡率相关。
蒙古族
肠道菌群
宏基因组
强制性脊柱炎
Genome Biol:强直性脊柱炎的肠道菌群特征
① 通过定量宏基因组学分析,对比97名强直性脊柱炎(AS)患者及114名健康人的肠道菌群;② 在门、属、种水平,AS患者的放线菌门、双歧杆菌属、普氏粪杆菌显著升高,梭杆菌门、肠杆菌属、拟杆菌显著降低;③ AS患者的肠道菌群的多样性及基因丰度较低,与细胞运动、信号转导相关的基因富集较少,与膜转运、辅因子/维生素代谢相关的基因富集较多;④ 蛋白酶体相关基因在AS患者的肠道菌群中显著富集;⑤ 差异富集的基因聚成的MGS有助于AS的判别。
强制性脊柱炎
Ankylosing spondylitis Human gut microbiome Biomarkers Pathogenesis
白介素17-A(IL-17A)
杨瑞馥等:IL-17A缺陷小鼠,抵抗高脂饮食引起的肥胖
① 不同于野生型小鼠,给IL-17A缺陷型小鼠喂食高脂饮食(HFD),并不会出现肥胖及糖尿病等相关疾病;② 将野生型小鼠与IL-17A缺陷型小鼠共同培养,可显著缓解前者的肥胖相关症状;③ 两组小鼠的菌群组成在喂食HFD前即很不同,而在喂食后发生与小鼠表型有关的变化;④ 在HFD诱导小鼠肥胖的过程中,分别存在起保护及伤害作用的菌种,两组小鼠的代谢通路均发生变化;⑤ IL-17A对塑造和调节小鼠肠道菌群并进而影响宿主健康至关重要。
白介素17-A(IL-17A)
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