Cell Press Nucleus微生物组专辑
文章数:21篇
疫苗
TI:菌群对疫苗效果有何影响?(综述)
① 肠道微生物的组成影响免疫系统的功能;② 免疫系统反过来影响宿主微生物群落;③ 微生物的多样性和组成可能影响疫苗接种的效果;④ 对相关机制的了解会对未来疫苗策略产生影响;⑤ 本文系统阐述在疫苗接种和免疫响应中肠道菌群的可能角色。
疫苗
免疫系统
营养不良
益生菌
神经系统
Cell子刊:菌群如何控制大脑发育、功能和行为?(综述)
关于微生物与神经系统关系的重磅综述,系统性介绍了:① 相关领域都有哪些重量级的研究;② 都已经有了什么证据;③ 后续我们如何通过微生物来对抗精神和神经性疾病;④ 特别是微生物和它们的代谢产物如何影响BBB(血脑屏障),最值得关注学习。
神经系统
血脑屏障
精神疾病
免疫系统
婴儿肠道微生物
Cell子刊:出生第一年,人的肠道菌群会怎么变?(综述)
华大基因参与的重磅研究:① 测定了98个妈妈和她们孩子出生后第一年的肠道微生物;② 断奶促使婴儿肠道微生物成熟;③ 特征种的转变证明婴儿肠道微生物的转化是非随机的;④ 营养的转变和异生物质代谢表明肠道微生物成熟;⑤ 剖腹产婴儿的肠道微生物与妈妈最不相似。
婴儿肠道微生物
母乳喂养
肠道菌群
TM:吃进去的细菌,能否改变菌群?有何影响?(综述)
关注摄入的益生菌等细菌在肠道里会有什么命运,对肠道菌群和宿主健康会有什么影响:① 包括益生菌在内的发酵细菌,能临时补充原有微生物群落,是人摄入细菌的主要来源,它们成为过客菌群的一部分;② 本综述总结摄入细菌的命运、活性的数据(主要来源于临床研究),特别是乳酸杆菌和双歧杆菌在肠道中对肠道菌群组成和代谢的影响;③ 讨论相关的可能机制和对宿主健康的潜在影响。
肠道菌群
益生菌
过客菌群
临床实验
食物中摄入的微生物
IBD
Cell子刊:IBD中微生物和宿主的相互作用(综述)
关于炎症性肠病(IBD)的重磅综述,系统性介绍了:① 微生物是如何通过改变微生态结构、破坏肠黏膜屏障、调节固有和获得性免疫以及中枢神经系统功能失调来引发肠道疾病的;② 这篇综述的论述对象是IBD,但对于环境性肠下垂以及慢性溃疡引发的大肠癌也有指导意义。
IBD
肠黏膜屏障
免疫
中枢神经系统
肠下垂
代谢通路
Cell子刊:微生物组是如何进行代谢合作的?(综述)
① 本综述特别关注:由肠道菌群中不同群落成员推进的代谢进程、这些成员相互以及与宿主间互作的通路、这些互作对菌群整体代谢机制的影响;② 总结对菌群这个复杂生态系统中代谢相关内部运作机制的研究;③ 特别强调两条内部协作线:一条是解开微生物组,以确定不同物种的代谢能力,另一条是利用计算模型来推断和研究这些物种间的代谢相互作用。
代谢通路
代谢机制
代谢相互作用
代谢产物
代谢互作
适应性免疫
Cell子刊:菌群如何调节自身免疫?(综述)
① 在调节针对病原体的免疫之外,共生菌群还调节自身免疫响应,相关机制正在逐步浮出水面;② 本综述讨论能被菌群影响而发展成自身免疫性疾病的可能压力点;③ 在通过对适应性和先天性免疫反应的影响之外,菌群能直接作用于自身免疫,甚至在子宫发育进程中,并通过与激素的互相作用进行调节。
适应性免疫
先天免疫系统
母婴
胎儿发育
自身免疫性疾病
大肠癌
Cell子刊:微生物、菌群和结肠癌的关系(综述)
① 微生物,尤其是细菌,在大肠癌发生过程中的作用是可预见的;② 越来越多可用的微生物宏组学数据,使得我们能分析微生物和微生物群落在大肠癌中扮演的角色;③ 本综述讨论相关领域近期进展并探讨微生物如何成为癌症的诱因;④ 列出可能引发大肠癌的物种以及目前对它们的认识,讨论与胆汁酸、外源性物质和饮食有关的微生物代谢产物。
大肠癌
结肠癌
癌变
胆汁酸
外源性物质
建筑环境
TI:研究居住环境里的微生物,需要普通人参与
① 城市化的兴起和室内活动的增加,对人类与菌群的相互联系产生了前所未有的影响;② 本文讨论这些生活方式可能会如何影响免疫发育和功能;③ 讨论是否可以寻求改变室内环境的方法,以暴露于种类更为丰富的微生物之中;④ 一个非常重要的步骤是持续的鼓励城市居民参与进来,以确定我们与自身栖息的不同微生物环境的相互作用。
建筑环境
环境微生物
双胞胎
Cell:人类免疫系统的遗传架构(资源)
研究并提供:① 669对双胞胎的遗传力和80000个免疫性状的遗传性关联性资源;② 与免疫细胞频度和表面蛋白表达的遗传关联;③ 在最多的150个性状中,11个基因座能解释19个性状中多达36%的变异;④ 这些基因座包括自身免疫性敏感基因,这提供了可能的病因假说。
双胞胎
免疫系统
遗传性状
自身免疫
基因座
乡村居民
Cell Reports:巴布亚新几内亚乡村居民的肠道菌群
① 巴布亚新几内亚人的肠道菌群多样性比美国人高,但后者个体化程度更高; ② 巴布亚新几内亚人与美国人肠道菌群中大多数细菌种类相同,但不同细菌的相对丰度有差异; ③ 生活方式对肠道菌群的影响可解释这些差异; ④ 西方化的生活方式降低了细菌传播的速度,改变了肠道菌群的组成结构。
乡村居民
农村地区
巴布亚新几内亚
5-羟色胺
Cell:肠道菌群调节5-羟色胺的生物合成
① 肠道的微生物调节结肠和血液中5-羟色胺的水平;② 能形成孢子的细菌调节的代谢产物,能促进结肠5-羟色胺生物合成;③ 依赖于菌群的5-羟色胺的改变影响肠道运动和血小板的功能;④ 菌群的改变可能能改善5-羟色胺相关的疾病症状。
5-羟色胺
代谢产物
肠脑轴
血小板
止血
哈扎狩猎者
Current Biology:非洲狩猎民族Hadza人的肠道菌群
① 来自非洲的狩猎民族Hadza人的肠道菌群可代谢氨基酸及广谱性多糖; ② Hadza人肠道菌群功能的波动对应其日常饮食的波动变化; ③ Hadza人肠道菌群的抗性组与土壤中的典型菌群类似; ④ 比较发现意大利人的肠道菌群显示出“从农场到餐桌”的进化。
哈扎狩猎者
狩猎
狩猎者肠道菌群
狩猎民族
Hadza人
群体感应
Cell Reports:促进失调肠道菌群重塑的群体感应信号
① 链霉素能够几乎完全清除厚壁菌门,使拟杆菌门在肠道菌群中占主要部分; ② 通过改造大肠杆菌使其在小鼠肠道内调节群体感应信号AI-2的水平; ③ 大肠杆菌产生的AI-2促进厚壁菌门的生长同时抑制拟杆菌门; ④ AI-2能够在肠道菌群失调的情况系重塑其组成。
群体感应
拟杆菌
厚壁菌
大肠杆菌
菌群重塑
宏基因组数据分析
Cell:人肠道菌群中菌株水平的拷贝数差异
① 开发一种新的基于shotgun宏基因组数据的细菌种内拷贝数变异分析方法; ② 可分析出肠道菌群菌株水平的基因拷贝数变异; ③ 拷贝数变异在肠道细菌中十分常见; ④ 拷贝数变异大多数与环境相关的功能有关,且常常与疾病相关; ⑤ 通过菌株水平的种群结构鉴定出已知与未知的菌株。
宏基因组数据分析
基因拷贝数
菌株水平
菌株差异性
拷贝数变异
神经递质
Cell子刊:肠道菌群的脱羧酶帮助产生神经递质
① 结合遗传学、生化学及晶体学手段鉴定出了人体肠道菌群中的2种不同的脱羧酶; ② 这2种脱羧酶可使底物脱去色氨酸以形成β-芳基胺类神经递质色胺; ③ 尽管这类酶活性在更广泛范围内的细菌中很少见; ④ 但至少有10%的人肠道内拥有至少一种编码色氨酸脱羧酶的细菌。
神经递质
色胺
β-芳基胺类
色氨酸脱羧酶
抗生素
Cell:在宏基因组中寻找编码抗生素的基因簇
① 系统性分析人体菌群基因组,鉴定出3118个小分子生物合成基因簇(BGC); ② 分析752份宏基因组样品,发现人体菌群中有一类BGC合成硫肽类抗生素; ③ 阴道细菌产生的一种硫肽类抗生素lactocillin被提纯并解析结构; ④ 此抗生素可杀伤阴道革兰氏阳性致病菌; ⑤ 细菌可在体内产生像似药物的小分子,在菌群里似乎存在一个天然的药物库。
抗生素
药物开发
硫肽类抗生素
生物合成基因簇
阴道细菌
疫苗
Immunity:疫苗要发挥作用,要肠道菌群帮忙
① 对三价灭活流感疫苗在人体内的系统生物学分析揭示了早期TLR5的表达与抗体应答量级的关联;② TLR5敲除的小鼠接受疫苗免疫后抗体滴度及浆细胞数量降低;③ 无菌小鼠或抗生素处理后的小鼠的抗体应答也降低;④ TLR5介导的对肠道细菌鞭毛的识别促进了向浆细胞的分化。
疫苗
预防接种
TLR5
季节性流感疫苗
抗体
大肠杆菌
Cell:肠道大肠杆菌诱导的抗体,保护小鼠不得疟疾?
① 疟原虫孢子体及人体肠道内致病共生菌——大肠杆菌O86:B7表面均表达α-gal; ② 大肠杆菌O86:B7的定殖可让人体或小鼠产生抗α-gal抗体,后者可在疟疾中起保护作用; ③ 抗α-gal抗体对疟原虫孢子体有毒性作用; ④ 进行抗α-gal的疫苗接种可为小鼠提供针对疟疾的无菌保护。
大肠杆菌
疫苗
鼻腔微生物组
Cell子刊:人的鼻腔微生物有什么特点?
① 鼻腔微生物组在人体健康及疾病中有重要作用; ② 采集健康的金黄色葡萄球菌携带者及非携带者鼻腔3个部位的样品(前鼻孔、中鼻道、蝶筛隐窝); ③ 鼻腔不同部位的上皮细胞类型及金黄色葡萄球菌的携带状态影响鼻腔微生物组成; ④ 拥挤棒杆菌及C.pseudodiphtheriticum决定了是否携带金黄色葡萄球菌。
鼻腔微生物组
金黄色葡萄球菌
种间关系
鼻腔微环境
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