Oluf Pedersen
文章数:12篇
益生菌
Genome Medicine:益生菌并不改变健康人的菌群?
① 截至2015年8月17日,采用高通量测序,研究食用益生菌后粪便菌群结构改变的随机对照实验(RCT)只有7项,研究质量评估为中到高;② 没有任何一项研究证明食用益生菌组的粪菌α多样性、丰富度或者均一性与食用安慰剂组有差别;③ 只有一项研究发现食用益生菌显著改变了粪菌组成的整体结构,即β多样性改变;④ 益生菌对健康人粪菌组成的影响,还缺乏证据。
益生菌
16S rRNA
随机对照实验
α多样性
β多样性
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
① 作为人肠道宏基因组(MetaHIT)计划的一部分,研究者使用Illumina测序仪,组装并鉴定了124个欧洲人的粪便标本中的330万个不重复的微生物基因;② 这些超过人类基因150倍的基因集包含了绝大多数人类的主要肠道微生物基因,并且大部分基因在人群中共有;③ 细菌基因比例超过99%,这群人中有1100种左右种细菌,其中160个优势物种为人群所共有;④ 作者还对肠道宏基因组和肠细菌基因组进行了功能性分析。
人肠道宏基因组
肠型
Nature:人类肠道微生物组有三种肠型(2011)
① 虽然通过肠道微生物组计划,人们对肠道微生物物种组成和功能的知识快速增加,但调查人群始终有限;② 对过去和新采样的来自4国22粪菌样本的宏基因组分析,学者发现了三个特征集群,并称为肠型;③ 肠型由菌种组成决定,但重要的功能却不一定由量大的物种决定,肠型与宿主BMI,年龄,国家等因素无关;④ 研究还发现了一些与年龄和BMI有关的基因模块,未来可以作为诊断用微生物标记物。
肠型
人类微生物组计划
生物标记物
二型糖尿病
Nature:二型糖尿病人的肠道菌群长啥样?(2012)
① 大量研究表明肠道微生物与二型糖尿病有关;② 作者用一种宏基因组相关研究的方法(MGWAS),对345个中国人的肠道微生物DNA进行了深度鸟枪测序并发现了60000个与二型糖尿病相关的标记物;③ 为解决如此大量的数据无法有效分析的问题,作者引入了宏基因组基因关联群组(MLG)的概念,根据标记物的丰度和分类对宏基因组模式进行归纳提炼;④ 最终确定了23个肠道微生物标记物可以用于二型糖尿病的分类。
二型糖尿病
宏基因组相关研究的方法
宏基因组基因关联群组
宏基因组测序
人类肠道菌群的丰富性与代谢标志物相关
① 对123名非肥胖和169名肥胖的丹麦人进行肠道菌群分析;② 两个群体的肠道菌群基因数量存在差异,因此肠道菌群丰富性也不同,且含不同比例的已知和未知的细菌种属;③ 相比高菌群丰富性个体,低菌群丰富性个体整体肥胖、胰岛素抵抗和血脂异常更为明显,具有更明显的炎症表型;④ 低菌群丰富性群体中的肥胖者体重随时间增加的更多;⑤ 仅有少数细菌种属可区分高和低菌群丰富性个体,甚至是瘦和胖个体。
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
① 近年来,众多研究发现了慢性病与人体微生物组成和功能之间的联系,但大多数研究缺乏合理的对照,从而影响了结果的可信性;② 通过对784个现有人肠道宏基因组的数据来分析降糖药物是如何对结果产生影响,大量分析主要针对最广泛使用的降糖药-二甲双胍;③ 我们证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的;④ 限制二甲双胍的使用可以使肠道产丁酸菌群减少,从而使菌群更接近二型糖尿病人的菌群。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
参考基因
Nature子刊:在人类肠道中鉴定出近988万个微生物基因(2014)
① 许多人类肠道微生物的相关研究都是基于已构建的参考基因集数据库进行的,而已有数据库样本来源不具代表性,构建方法不统一,不利于相互比较;② 作者集合了249个新测序样本,和之前已公布的1018个来自三大洲人体肠道微生物样本,构建了一个包含9879896个基因的高质量人类肠道微生物基因集数据库;③ 通过用新建数据库对比中国和丹麦人群样本发现肠道菌群在物种组成和功能组成上都存在显著差异;④ 这些差异可能反映宿主不同的饮食、生活环境或遗传因素。
参考基因
人肠道宏基因组
基因集数据库
metaHIT
DNA提取
SR:提取宏基因组DNA的靠谱改进方法!
介绍提取宏基因组DNA的新方法THSTI:① 这是更灵敏的从人和环境样本中分离细菌DNA的方法;② 分离出的DNA具有有效的回收率和高纯度;③ 有望成为包括环境和临床样本的黄金标准;④ 对比各种其他试剂盒和自动DNA提取方法,具有很高的经济性。
DNA提取
THSTI
宏基因组测序
方法学
血清代谢组学
Nature:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险
① 研究277个非糖尿病丹麦人;② 胰岛素抵抗个体的血清代谢组中,支链氨基酸增加,这对应于:有支链氨基酸合成潜力的肠道菌群增加,编码这些氨基酸的细菌内转运蛋白的基因缺失;③ copri普氏菌和普通拟杆菌是推动支链氨基酸生物合成和胰岛素抵抗的主要物种,在小鼠中,copri普氏菌可引起胰岛素抵抗,加重葡萄糖不耐受并增加支链氨基酸的外周循环;④ 本研究提示靶向微生物有减少胰岛素抵抗、降低常见代谢和心血管疾病发生的潜力。
血清代谢组学
胰岛素抵抗
支链氨基酸
转运蛋白
葡萄糖不耐受
慢性疾病
NEJM:一文彻底读懂肠道菌群的超强影响(必读综述+长图)
《新英格兰医学杂志》关于肠道菌群的重量级综述:① 开篇解释学术名词并列示菌群分析技术,随后简要介绍人的一生中肠道菌群的变化规律;② 通过图表和文字,充分介绍菌群对健康和疾病特别是免疫力的影响,并阐述饮食和其他环境因素对菌群的作用;③ 附图并详细介绍“共同点”假说,阐述肠道菌群失衡如何影响生理功能和疾病;④ 介绍通过菌群预防和治疗疾病的原理、基础研究和临床实践,列表说明相关领域进展;⑤ 最后强调膳食干预是根本解决之道。
慢性疾病
菌群干预
膳食
饮食
共同点假说
肠道菌群
GM:肠道菌群在心血管代谢中的作用(综述)
① 肠道菌群可能是心血管疾病的诱发因素之一;② 越来越多的研究发现了肠道菌群的组成及功能与肥胖、2型糖尿病、心血管疾病之间的相关性;③ 尽管在人体内,肠道菌群与心血管疾病的因果关系及病理生理学机制尚未明确,一些研究已经发现,能够通过某些干预手段影响肠道菌群从而改善疾病;④ 本综述回顾了肠道菌群在心血管疾病中的作用的研究,并讨论了最新的关于靶向菌群以治疗心血管疾病的进展。
肠道菌群
心血管代谢
微生物扩散
ISME:环境中传播的微生物显著影响小鼠代谢表型
① 将16名肥胖患者与16名健康人的粪便菌群分别移植到64只无菌小鼠中;② 将移植后的小鼠成对组合并分别在4个隔离室饲养,确保每个表型在两个隔离室中都存在;③ 尽管在移植了肥胖和对照组人菌群的小鼠中存在组间的巨大相似度,但四个隔离室中的小鼠发育出显著不同的肠道菌群组成及活性、体重增加、胰岛素抗性;④ 在隔离饲养的小鼠间发生的微生物传播与移植菌群的定殖及代谢表型的传播相关。
微生物扩散
代谢表型发育
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