S Dusko Ehrlich
文章数:11篇
Diagnostic markers
秦楠等答同行学术质疑:代偿性肝硬化和微生物组关系的解释
①测试了用微生物组分析诊断代偿性肝硬化及失代偿性肝硬化的准确性;②在原来66个MGS的基础上又发现了13个新的MGS;③微生物组分析或许可以取代当前不适当的临床诊断参数和/或肝脏活组织检查等侵入性操作来检测出代偿性肝硬化。
Diagnostic markers
舌苔
北大口腔陈峰团队:口臭儿童舌苔及唾液菌群研究
① 口臭是口腔菌群的活动造成的; ② 口臭儿童的舌苔菌群的物种丰富度比正常儿童高; ③ 口臭儿童的唾液菌群组成也与正常儿童不同; ④ 与萜类化合物及聚酮化合物的代谢及应对感染性疾病的细菌基因在口臭儿童中有更高表达; ⑤ 口臭儿童舌苔及唾液菌群产生更多、消耗更少的硫化氢。
舌苔
唾液
微生物群
儿童
口臭
H7N9病毒感染及治疗对肠道菌群的影响
①完成了26个H7N9患者肠道菌群深度测序,其中抗生素治疗组(AB)17人和非抗生素治疗组(NAB)9人,构建了H7N9患者肠道菌群基因集;②阐明了H7N9病毒入侵导致病人肠道菌群的改变;③抗病毒物质,益生菌及抗生素治疗可以提高H7N9患者肠道有益菌的微生物多样性及丰度。
Microbiology
肝硬化患者肠道菌群变化
①构建了肝硬化患者肠道菌群基因集;②找到了66个代表细菌物种的MGS,其中28个在患者组中富集,38个在健康组中富集;③首次发现肝硬化患者口腔菌侵入到肠道;④根据15个基因标记物定义了肝硬化“病人区别指数”Patient Discrimination Index(PDI)。
Microbiology
Biomarkers
Genome informatics
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
① 作为人肠道宏基因组(MetaHIT)计划的一部分,研究者使用Illumina测序仪,组装并鉴定了124个欧洲人的粪便标本中的330万个不重复的微生物基因;② 这些超过人类基因150倍的基因集包含了绝大多数人类的主要肠道微生物基因,并且大部分基因在人群中共有;③ 细菌基因比例超过99%,这群人中有1100种左右种细菌,其中160个优势物种为人群所共有;④ 作者还对肠道宏基因组和肠细菌基因组进行了功能性分析。
人肠道宏基因组
二型糖尿病
Nature:二型糖尿病人的肠道菌群长啥样?(2012)
① 大量研究表明肠道微生物与二型糖尿病有关;② 作者用一种宏基因组相关研究的方法(MGWAS),对345个中国人的肠道微生物DNA进行了深度鸟枪测序并发现了60000个与二型糖尿病相关的标记物;③ 为解决如此大量的数据无法有效分析的问题,作者引入了宏基因组基因关联群组(MLG)的概念,根据标记物的丰度和分类对宏基因组模式进行归纳提炼;④ 最终确定了23个肠道微生物标记物可以用于二型糖尿病的分类。
二型糖尿病
宏基因组相关研究的方法
宏基因组基因关联群组
宏基因组测序
人类肠道菌群的丰富性与代谢标志物相关
① 对123名非肥胖和169名肥胖的丹麦人进行肠道菌群分析;② 两个群体的肠道菌群基因数量存在差异,因此肠道菌群丰富性也不同,且含不同比例的已知和未知的细菌种属;③ 相比高菌群丰富性个体,低菌群丰富性个体整体肥胖、胰岛素抵抗和血脂异常更为明显,具有更明显的炎症表型;④ 低菌群丰富性群体中的肥胖者体重随时间增加的更多;⑤ 仅有少数细菌种属可区分高和低菌群丰富性个体,甚至是瘦和胖个体。
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
① 近年来,众多研究发现了慢性病与人体微生物组成和功能之间的联系,但大多数研究缺乏合理的对照,从而影响了结果的可信性;② 通过对784个现有人肠道宏基因组的数据来分析降糖药物是如何对结果产生影响,大量分析主要针对最广泛使用的降糖药-二甲双胍;③ 我们证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的;④ 限制二甲双胍的使用可以使肠道产丁酸菌群减少,从而使菌群更接近二型糖尿病人的菌群。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
Nature:肠道菌群基因丰度或可预测饮食干预的疗效
① 在38名肥胖及11名超重个体中,通过饮食干预诱导产生体重减轻及体重维持,以研究食物摄取、肠道菌群、代谢及炎症表型之间的关联;② 菌群基因丰度下降(40%)的个体表现出更加显著的代谢紊乱及低程度炎症;③ 饮食干预可改善提高基因丰度,并改善临床表型;④ 但对于那些菌群基因丰度更低的个体,饮食干预似乎不足以改善炎症症状;⑤ 低菌群基因丰度可作为饮食干预疗效的预测因子。
血清代谢组学
Nature:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险
① 研究277个非糖尿病丹麦人;② 胰岛素抵抗个体的血清代谢组中,支链氨基酸增加,这对应于:有支链氨基酸合成潜力的肠道菌群增加,编码这些氨基酸的细菌内转运蛋白的基因缺失;③ copri普氏菌和普通拟杆菌是推动支链氨基酸生物合成和胰岛素抵抗的主要物种,在小鼠中,copri普氏菌可引起胰岛素抵抗,加重葡萄糖不耐受并增加支链氨基酸的外周循环;④ 本研究提示靶向微生物有减少胰岛素抵抗、降低常见代谢和心血管疾病发生的潜力。
血清代谢组学
胰岛素抵抗
支链氨基酸
转运蛋白
葡萄糖不耐受
参考基因
Nature子刊:在人类肠道中鉴定出近988万个微生物基因(2014)
① 许多人类肠道微生物的相关研究都是基于已构建的参考基因集数据库进行的,而已有数据库样本来源不具代表性,构建方法不统一,不利于相互比较;② 作者集合了249个新测序样本,和之前已公布的1018个来自三大洲人体肠道微生物样本,构建了一个包含9879896个基因的高质量人类肠道微生物基因集数据库;③ 通过用新建数据库对比中国和丹麦人群样本发现肠道菌群在物种组成和功能组成上都存在显著差异;④ 这些差异可能反映宿主不同的饮食、生活环境或遗传因素。
参考基因
人肠道宏基因组
基因集数据库
metaHIT
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