覃俊杰
文章数:5篇
杨瑞馥老师研究论文集
NEJM2011:杨瑞馥等,3天破解致病菌全基因组
2011年,德国大面积暴发出血性大肠杆菌疫情。本研究综合利用多种测序技术,三天内获得致病菌的全基因组草图序列,分析出该菌源于弱毒的肠聚集性大肠杆菌;在获得志贺毒素及黏附相关编码基因后,演化为传播能力强的高毒株。研究首次应用开源基因组学策略,为突发公卫事件的全球合作提供了成功范例。
杨瑞馥老师研究论文集
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
① 作为人肠道宏基因组(MetaHIT)计划的一部分,研究者使用Illumina测序仪,组装并鉴定了124个欧洲人的粪便标本中的330万个不重复的微生物基因;② 这些超过人类基因150倍的基因集包含了绝大多数人类的主要肠道微生物基因,并且大部分基因在人群中共有;③ 细菌基因比例超过99%,这群人中有1100种左右种细菌,其中160个优势物种为人群所共有;④ 作者还对肠道宏基因组和肠细菌基因组进行了功能性分析。
人肠道宏基因组
肠型
Nature:人类肠道微生物组有三种肠型(2011)
① 虽然通过肠道微生物组计划,人们对肠道微生物物种组成和功能的知识快速增加,但调查人群始终有限;② 对过去和新采样的来自4国22粪菌样本的宏基因组分析,学者发现了三个特征集群,并称为肠型;③ 肠型由菌种组成决定,但重要的功能却不一定由量大的物种决定,肠型与宿主BMI,年龄,国家等因素无关;④ 研究还发现了一些与年龄和BMI有关的基因模块,未来可以作为诊断用微生物标记物。
肠型
人类微生物组计划
生物标记物
二型糖尿病
Nature:二型糖尿病人的肠道菌群长啥样?(2012)
① 大量研究表明肠道微生物与二型糖尿病有关;② 作者用一种宏基因组相关研究的方法(MGWAS),对345个中国人的肠道微生物DNA进行了深度鸟枪测序并发现了60000个与二型糖尿病相关的标记物;③ 为解决如此大量的数据无法有效分析的问题,作者引入了宏基因组基因关联群组(MLG)的概念,根据标记物的丰度和分类对宏基因组模式进行归纳提炼;④ 最终确定了23个肠道微生物标记物可以用于二型糖尿病的分类。
二型糖尿病
宏基因组相关研究的方法
宏基因组基因关联群组
宏基因组测序
人类肠道菌群的丰富性与代谢标志物相关
① 对123名非肥胖和169名肥胖的丹麦人进行肠道菌群分析;② 两个群体的肠道菌群基因数量存在差异,因此肠道菌群丰富性也不同,且含不同比例的已知和未知的细菌种属;③ 相比高菌群丰富性个体,低菌群丰富性个体整体肥胖、胰岛素抵抗和血脂异常更为明显,具有更明显的炎症表型;④ 低菌群丰富性群体中的肥胖者体重随时间增加的更多;⑤ 仅有少数细菌种属可区分高和低菌群丰富性个体,甚至是瘦和胖个体。
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