Pieter C Dorrestein
文章数:7篇
皮肤
Cell:皮肤菌群,你永远的朋友
① 本文是对Oh等人关于人体皮肤菌群的研究的总结; ② 之前的研究表明人体皮肤上不同区域有着不同的菌群组成; ③ 皮肤上的盐、油、pH值、多肽及水是影响菌群组成的几大因素; ④ Oh等人利用shotgun宏基因组测序对人类皮肤上细菌、真菌及病毒短期及长期的组成及稳定性进行了研究。
皮肤
微生物组
探寻寄主、微生物和它们代谢产物间的关系
① 微生物来源代谢物对寄主各有利弊,影响不限于肠道和免疫系统;② 短链脂肪酸和多糖A增强Treg细胞功能,抑制结肠炎,防止肺部过敏性炎症;肽聚糖影响骨吸收;三甲胺N-氧化物(TMAO)提高心脏疾病风险; 4-乙基苯酚硫酸盐(4EPS)影响脑功能导致类似于自闭症的焦虑行为;③ 代谢物也会产生新基因簇,类似已知肠道菌内天然产物聚酮化合物,非核糖体合成的肽等;④ 膳食和微生物干预治疗对过敏,发炎性和自身免疫性疾病相对安全。
国家微生物组计划
ACS Nano:美国国家微生物组计划的技术路线图
NMI技术路线图:①对象:地球/海洋/大气/人/动物微生物,微生态,生物膜,单/双/三物种生物膜合作/竞争;②技术:高通量测序,纳米科学/技术,合成生物学,基础和应用结合,单细胞基因组,蛋白和代谢组,蛋白活性分析,多组学,多尺度影像及功能,成像,蛋白标记,模式生物,多学科协同,新显微镜,样品准备/多模成像,测量输出/取样容积;实时成像/传感,精确操纵菌群,观测站;③ 其他:大数据/聪明数据、建模与仿真、伦理。
国家微生物组计划
技术路线图
方法学
纳米科学
纳米技术
GWAS
Nature:精准诊断和治疗疾病,MWAS来帮忙!
① DNA测序、代谢组、蛋白组和计算工具快速发展,推动微生物组与疾病相关联;② 时间序列研究和多分子视角促进MWAS发展,已有研究支持MWAS的可靠结果;③ 对精准诊断和治疗来说,应充分理解微生物组和饮食、化学、健康的复杂关系,并要确定记录和整合这些动态变化的检测频率;④ 特别提出MWAS的原则。
GWAS
MWAS
DNA测序
代谢组
蛋白组
囊性纤维化
囊性纤维化患者痰代谢物中的微生物、宿主体内物质及异生物质多样性
① 绿脓杆菌是费囊性纤维化的致病菌,可产生一系列毒性小分子; ② 利用基于分子网络的代谢组分析囊性纤维化患者的痰液中的物质组成; ③ 检测到异生物质、绿脓杆菌特异性代谢产物及宿主的鞘脂类物质; ④ 对同一份样品,临床培养及实验室培养的结果与代谢分析结果不相同。
囊性纤维化
痰代谢物
异生物质
联合微生物组计划
Science:呼吁发起“联合微生物组计划”
① 尽管DNA测序技术的应用使微生物普遍性和多样性的的观点深入人心,但这些“快照”并不能有效揭示微生物功能和菌群动态;② 正应为如此,我们倡议建立联合微生物组计划(UMI),用最新手段和工具对全球不同生态系统以及宿主中的微生物进行研究;③ 如果我们掌握了根-土壤-微生物之间的联系,就可以减少农药、化肥和水的使用,同时恢复退化土;④ 对宿主-微生物关系的研究可以帮助我们找到治疗多种疾病的新疗法,实现精准医疗。
联合微生物组计划
人类微生物组计划
皮肤菌群
Science子刊:皮肤菌群里的有益菌和抗菌肽对抗皮肤炎
① 利用高通量筛选从皮肤菌群中获得对金黄色葡萄球菌有杀伤作用的凝固酶阴性葡萄球菌(CoNS)菌株;② CoNS在正常人的皮肤菌群中很常见,但在过敏性皮肤炎患者中较少;③ CoNS菌株的低频率与金黄色葡萄球菌的定殖相关;④ 表皮葡萄球菌与溶血性葡萄球菌产生的抗菌肽可选择性地杀伤金黄色葡萄球菌,并与人体内的抗菌肽LL-37起协同作用;⑤ 在过敏性皮肤炎患者的皮肤菌群上定殖CoNS,可降低金黄色葡萄球菌的定殖。
皮肤菌群
抗菌剂
金黄色葡萄球菌
过敏性皮肤炎
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