杨瑞馥
文章数:11篇
比较基因组学
利用比较基因组学研究213株乳杆菌及其相关菌属的进化和功能基因
应用高通量测序技术完成213株乳杆菌模式菌株个体基因组的重测序,以基因组注释结果为基础进行发育基因组学和功能基因组学分析。从基因组水平首次揭示了乳杆菌属不同模式菌株间的系统发育关系,并指出乳杆菌属为一个并系类群,是由从一个特定的共同祖先不断进化分化而成。
比较基因组学
乳杆菌
Human microbiota
杨瑞馥等:精准医学,别忽视菌群这个“器官”!(综述)
① 对人体而言,微生物菌群应当视为一个独立的“器官”;② 随着组学技术的发展,精准医学在美国总统奥巴马提出之后,也越来越成为医学研究的热点了;③ 但是,菌群在精准医学发展中作用,似乎没有引起足够的重视;④ 本文从弥补这一鸿沟的角度,对菌群与健康的研究进行了综述,并提出了二者结合的发展建议。
Human microbiota
health
Precision Medicine
PNAS-2013:杨瑞馥等破解鼠疫菌进化规律
本文对上百株鼠疫菌全球分离株进行了测序和分析,并基于SNP变异重建了鼠疫菌种系关系。结果表明该菌进化以中性过程为主,但种系间突变率存在很大差异,各进化分支上变异累积速度显著不同;进而提出中性条件下病原菌进化速度会受到种群大小波动影响,造成静息期与流行暴发期之间的突变率发生变化。
杨瑞馥老师研究论文集
NEJM2011:杨瑞馥等,3天破解致病菌全基因组
2011年,德国大面积暴发出血性大肠杆菌疫情。本研究综合利用多种测序技术,三天内获得致病菌的全基因组草图序列,分析出该菌源于弱毒的肠聚集性大肠杆菌;在获得志贺毒素及黏附相关编码基因后,演化为传播能力强的高毒株。研究首次应用开源基因组学策略,为突发公卫事件的全球合作提供了成功范例。
杨瑞馥老师研究论文集
全基因组序列分析鉴定鼠疫菌全球传播模式
本研究对17株鼠疫菌的全基因组序列进行了测序和比对分析,并基于获得的933个SNP位点,对286株鼠疫菌全球分离株的多样性进行扫描。使用最大简约法重建了鼠疫菌的系统发育结构。研究结果表明鼠疫菌起源于中国或者其附近地区,多次传播至欧洲、南美和非洲等地,并形成国家特异性的种系。
中国青海省一起狗引发的原发性肺鼠疫暴发
本研究应用临床医学,流行病学,细菌学和免疫学的方法对09年青海省原发性肺鼠疫疫情进行深入调查;使用MLVA方法对疫情分离株进行了溯源。调查结果表明疫情源自一条家养狗。狗通常被认为是鼠疫监测的指示动物,该研究提示狗与原发性肺鼠疫存在相关性,这对于鼠疫的监测和控制工作具有重要意义。
全基因组分析
副溶血弧菌:一种海洋病原体的流行性克隆、海洋基因库和生态连锁失衡研究
本研究把有性繁殖种群的分析理念和方法应用于副溶血弧菌,根据全基因组变异重建其精细种群结构,发现该物种的独特海域性基因库;通过建模计算,提出“生态连锁失衡”是其主要进化推动力,并鉴定出具有与生物膜形成和六型分泌系统相关的上位相互作用区。该研究为高频重组细菌进化分析提供了全新范例。
全基因组分析
副溶血弧菌
海洋微生物
菌种进化
生物膜
保加利亚乳酸杆菌
张和平+杨瑞馥团队:破解保加利亚乳杆菌的基因秘密
① 保加利亚乳酸杆菌是发酵乳制品中常用菌株; ② 基于8个保守基因分析蒙古、俄罗斯及中国西部的天然发酵制品中的298株菌株; ③ 251个确认的菌株拥有106个独特的序列类型,可被分为5个地理分布不平均的clonal complex; ④ 种群结构分析显示6个linegae。
保加利亚乳酸杆菌
基因多样性
种群结构
新一代测序技术
高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用
①综述阐述了Illumina公司HiSeq 2000, ABI公司SOLID和Roche公司454为代表的高通量测序技术;②着重讨论了新一代测序技术在微生物领域中的应用,包括细菌分类学,比较基因组学和演化基因组学,转录组学,宏基因组学,单细胞测序等。
新一代测序技术
高通量
微生物学
基因组学
二型糖尿病
Nature:二型糖尿病人的肠道菌群长啥样?(2012)
① 大量研究表明肠道微生物与二型糖尿病有关;② 作者用一种宏基因组相关研究的方法(MGWAS),对345个中国人的肠道微生物DNA进行了深度鸟枪测序并发现了60000个与二型糖尿病相关的标记物;③ 为解决如此大量的数据无法有效分析的问题,作者引入了宏基因组基因关联群组(MLG)的概念,根据标记物的丰度和分类对宏基因组模式进行归纳提炼;④ 最终确定了23个肠道微生物标记物可以用于二型糖尿病的分类。
二型糖尿病
宏基因组相关研究的方法
宏基因组基因关联群组
宏基因组测序
功能基因组学
利用比较基因组学研究213株乳杆菌及其相关菌属的进化和功能基因
① 代谢多样性,不明菌种及菌种间关系使研究乳杆菌变得复杂;② 乳杆菌催化的生物转化是生物技术尚未探索的领域;③ 测定213株乳杆菌基因组及修饰糖和蛋白的基因;④ 描述乳杆菌中广泛存在可用于基因编辑的CRISPR-Cas免疫系统;⑤ 为现有菌种及新物种分类构建了完善的种系框架。
功能基因组学
乳杆菌
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