王俊
文章数:11篇
类风湿关节炎
类风湿性关节炎患者口腔及肠道菌群受到扰乱且在治疗后部分恢复
① 分析类风湿关节炎患者(RA)及健康人的粪便、牙齿及唾液样品; ② RA患者口腔及肠道菌群失调,治疗后部分恢复; ③ 嗜血杆菌属在RA患者中缺失且与血清自身抗体水平呈负相关,唾液乳酸杆菌在RA患者中增加; ④ RA患者菌群功能改变; ⑤ 检测到菌群对体内RA相关抗原的分子模拟。
类风湿关节炎
口腔菌群
肠道菌群
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
① 作为人肠道宏基因组(MetaHIT)计划的一部分,研究者使用Illumina测序仪,组装并鉴定了124个欧洲人的粪便标本中的330万个不重复的微生物基因;② 这些超过人类基因150倍的基因集包含了绝大多数人类的主要肠道微生物基因,并且大部分基因在人群中共有;③ 细菌基因比例超过99%,这群人中有1100种左右种细菌,其中160个优势物种为人群所共有;④ 作者还对肠道宏基因组和肠细菌基因组进行了功能性分析。
人肠道宏基因组
二型糖尿病
Nature:二型糖尿病人的肠道菌群长啥样?(2012)
① 大量研究表明肠道微生物与二型糖尿病有关;② 作者用一种宏基因组相关研究的方法(MGWAS),对345个中国人的肠道微生物DNA进行了深度鸟枪测序并发现了60000个与二型糖尿病相关的标记物;③ 为解决如此大量的数据无法有效分析的问题,作者引入了宏基因组基因关联群组(MLG)的概念,根据标记物的丰度和分类对宏基因组模式进行归纳提炼;④ 最终确定了23个肠道微生物标记物可以用于二型糖尿病的分类。
二型糖尿病
宏基因组相关研究的方法
宏基因组基因关联群组
宏基因组测序
人类肠道菌群的丰富性与代谢标志物相关
① 对123名非肥胖和169名肥胖的丹麦人进行肠道菌群分析;② 两个群体的肠道菌群基因数量存在差异,因此肠道菌群丰富性也不同,且含不同比例的已知和未知的细菌种属;③ 相比高菌群丰富性个体,低菌群丰富性个体整体肥胖、胰岛素抵抗和血脂异常更为明显,具有更明显的炎症表型;④ 低菌群丰富性群体中的肥胖者体重随时间增加的更多;⑤ 仅有少数细菌种属可区分高和低菌群丰富性个体,甚至是瘦和胖个体。
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
① 近年来,众多研究发现了慢性病与人体微生物组成和功能之间的联系,但大多数研究缺乏合理的对照,从而影响了结果的可信性;② 通过对784个现有人肠道宏基因组的数据来分析降糖药物是如何对结果产生影响,大量分析主要针对最广泛使用的降糖药-二甲双胍;③ 我们证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的;④ 限制二甲双胍的使用可以使肠道产丁酸菌群减少,从而使菌群更接近二型糖尿病人的菌群。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
宏基因组关联分析
Nature Reviews:王俊&贾慧珏教你MWAS怎么玩!
① MWAS使人体微生物组与2型糖尿病、肥胖、肝硬化、大肠癌和类风湿性关节炎等复杂疾病的高分辨率关联研究变为可能;② MWAS不仅用于鉴定分类丰度的变化,还用于鉴定微生物的功能;③ 本综述系统性总结了近期通过MWAS获得的新发现,并讨论这对未来人类疾病的预防、诊断和治疗有何意义;④ 强调要多探究人体菌群中发现的很多细菌的生物学功能,这是理解通过MWAS鉴定出来的菌株是如何与疾病关联的关键步骤。
宏基因组关联分析
MWAS
因果关系
慢性病
2型糖尿病
血清代谢组学
Nature:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险
① 研究277个非糖尿病丹麦人;② 胰岛素抵抗个体的血清代谢组中,支链氨基酸增加,这对应于:有支链氨基酸合成潜力的肠道菌群增加,编码这些氨基酸的细菌内转运蛋白的基因缺失;③ copri普氏菌和普通拟杆菌是推动支链氨基酸生物合成和胰岛素抵抗的主要物种,在小鼠中,copri普氏菌可引起胰岛素抵抗,加重葡萄糖不耐受并增加支链氨基酸的外周循环;④ 本研究提示靶向微生物有减少胰岛素抵抗、降低常见代谢和心血管疾病发生的潜力。
血清代谢组学
胰岛素抵抗
支链氨基酸
转运蛋白
葡萄糖不耐受
婴儿肠道微生物
Cell子刊:出生第一年,人的肠道菌群会怎么变?(综述)
华大基因参与的重磅研究:① 测定了98个妈妈和她们孩子出生后第一年的肠道微生物;② 断奶促使婴儿肠道微生物成熟;③ 特征种的转变证明婴儿肠道微生物的转化是非随机的;④ 营养的转变和异生物质代谢表明肠道微生物成熟;⑤ 剖腹产婴儿的肠道微生物与妈妈最不相似。
婴儿肠道微生物
母乳喂养
参考基因
Nature子刊:在人类肠道中鉴定出近988万个微生物基因(2014)
① 许多人类肠道微生物的相关研究都是基于已构建的参考基因集数据库进行的,而已有数据库样本来源不具代表性,构建方法不统一,不利于相互比较;② 作者集合了249个新测序样本,和之前已公布的1018个来自三大洲人体肠道微生物样本,构建了一个包含9879896个基因的高质量人类肠道微生物基因集数据库;③ 通过用新建数据库对比中国和丹麦人群样本发现肠道菌群在物种组成和功能组成上都存在显著差异;④ 这些差异可能反映宿主不同的饮食、生活环境或遗传因素。
参考基因
人肠道宏基因组
基因集数据库
metaHIT
参考基因目录
Nature子刊:在猪肠道中鉴定出770万个微生物基因(2016)
① 本研究对来自287头猪的粪便DNA进行了宏基因组深度测序;② 鉴定出代表了719个宏基因组物种的770万个非冗余基因;③ 在人类肠道菌群宏基因组目录中的功能性通路中有96%在猪中也存在;④ 性别、年龄、宿主基因都能够影响猪的肠道菌群;⑤ 从动物饮食中去除抗生素可降低抗生素耐药基因的传播风险。
参考基因目录
抗生素
耐药基因
抗生素抗药性
参考基因集
史上最多双胞胎菌群测序:250人,鉴1140万基因+800万SNP
迄今为止纳入双胞胎人数最多的宏基因组项目:① 对250名成年英国双胞胎进行粪便菌群宏基因组测序,建立综合性的肠道菌群参考基因目录,发现1140万个基因;② 发现了许多细菌分类群及功能性分子的可遗传性,包括了一些与疾病相关的细菌及分子;③ 鉴定出肠道菌群中的8百万个SNP,并发现双胞胎之间的菌群SNP的相似性,而这种相似度在双胞胎分开生活多年后逐渐下降;④ 由此研究也明确了一家人在一起的居住行为和地理区域影响肠道菌群的相似度。
参考基因集
宏基因组测序
SNP
遗传因素
环境因素
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