Peer Bork
文章数:11篇
基因组互作网络
赵立平团队:先天肥胖?不怕,用饮食纠正!
①富含不易消化糖类的饮食导致体重明显减轻、肠道菌群变化及炎症的缓解。②161种肠道菌群宏基因组分析发现产乙酸相关基因的增加。③尿液的代谢组分析表明氧化三甲胺和硫酸吲哚酚的合成显著降低。这些肠道菌群代谢物会增加炎症风险。④多组学系统分析表明了肠道菌群与遗传性及单纯性肥胖的密切关系。
基因组互作网络
肠道菌群
代谢组学
宏基因组学
肥胖
参考基因
Nature子刊:在人类肠道中鉴定出近988万个微生物基因(2014)
① 许多人类肠道微生物的相关研究都是基于已构建的参考基因集数据库进行的,而已有数据库样本来源不具代表性,构建方法不统一,不利于相互比较;② 作者集合了249个新测序样本,和之前已公布的1018个来自三大洲人体肠道微生物样本,构建了一个包含9879896个基因的高质量人类肠道微生物基因集数据库;③ 通过用新建数据库对比中国和丹麦人群样本发现肠道菌群在物种组成和功能组成上都存在显著差异;④ 这些差异可能反映宿主不同的饮食、生活环境或遗传因素。
参考基因
人肠道宏基因组
基因集数据库
metaHIT
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
① 作为人肠道宏基因组(MetaHIT)计划的一部分,研究者使用Illumina测序仪,组装并鉴定了124个欧洲人的粪便标本中的330万个不重复的微生物基因;② 这些超过人类基因150倍的基因集包含了绝大多数人类的主要肠道微生物基因,并且大部分基因在人群中共有;③ 细菌基因比例超过99%,这群人中有1100种左右种细菌,其中160个优势物种为人群所共有;④ 作者还对肠道宏基因组和肠细菌基因组进行了功能性分析。
人肠道宏基因组
肠型
Nature:人类肠道微生物组有三种肠型(2011)
① 虽然通过肠道微生物组计划,人们对肠道微生物物种组成和功能的知识快速增加,但调查人群始终有限;② 对过去和新采样的来自4国22粪菌样本的宏基因组分析,学者发现了三个特征集群,并称为肠型;③ 肠型由菌种组成决定,但重要的功能却不一定由量大的物种决定,肠型与宿主BMI,年龄,国家等因素无关;④ 研究还发现了一些与年龄和BMI有关的基因模块,未来可以作为诊断用微生物标记物。
肠型
人类微生物组计划
生物标记物
芬兰
NC:抗生素对芬兰学龄前儿童肠道菌群的影响
① 芬兰2-7岁儿童使用大环内酯类抗生素与之后肠道菌群组成及代谢的长期改变相关; ② 早期抗生素使用导致放线菌门减少,拟杆菌们和变形菌门增加,胆盐水解酶的减少及大环内脂类耐药性的增加; ③ 且与哮喘发病风险上升及体重增加相关; ④ 盘尼西林对肠道菌群的影响弱于大环内酯类。
芬兰
儿童
抗生素
肠道菌群
人类肠道菌群的丰富性与代谢标志物相关
① 对123名非肥胖和169名肥胖的丹麦人进行肠道菌群分析;② 两个群体的肠道菌群基因数量存在差异,因此肠道菌群丰富性也不同,且含不同比例的已知和未知的细菌种属;③ 相比高菌群丰富性个体,低菌群丰富性个体整体肥胖、胰岛素抵抗和血脂异常更为明显,具有更明显的炎症表型;④ 低菌群丰富性群体中的肥胖者体重随时间增加的更多;⑤ 仅有少数细菌种属可区分高和低菌群丰富性个体,甚至是瘦和胖个体。
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
① 近年来,众多研究发现了慢性病与人体微生物组成和功能之间的联系,但大多数研究缺乏合理的对照,从而影响了结果的可信性;② 通过对784个现有人肠道宏基因组的数据来分析降糖药物是如何对结果产生影响,大量分析主要针对最广泛使用的降糖药-二甲双胍;③ 我们证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的;④ 限制二甲双胍的使用可以使肠道产丁酸菌群减少,从而使菌群更接近二型糖尿病人的菌群。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
血清代谢组学
Nature:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险
① 研究277个非糖尿病丹麦人;② 胰岛素抵抗个体的血清代谢组中,支链氨基酸增加,这对应于:有支链氨基酸合成潜力的肠道菌群增加,编码这些氨基酸的细菌内转运蛋白的基因缺失;③ copri普氏菌和普通拟杆菌是推动支链氨基酸生物合成和胰岛素抵抗的主要物种,在小鼠中,copri普氏菌可引起胰岛素抵抗,加重葡萄糖不耐受并增加支链氨基酸的外周循环;④ 本研究提示靶向微生物有减少胰岛素抵抗、降低常见代谢和心血管疾病发生的潜力。
血清代谢组学
胰岛素抵抗
支链氨基酸
转运蛋白
葡萄糖不耐受
粪菌移植(FMT)
Science:粪菌移植菌能和原有菌和平共处么?
① 粪菌移植在许多消化道疾病中有显著疗效;② 然而人们对移植后,供体菌群和受体菌群的命运知之甚少;③ 本文用宏基因组学方法研究移植前后肠道菌群样本;④ 发现移植3个月后,供体菌群和受体友好共生,尤其当供体-受体菌株为同种;⑤ 而不同人体内同样的供体-受体菌株的共生程度有一定差异。
粪菌移植(FMT)
供体菌株
受体菌株
共生
宏基因组学
海洋病毒
Nature:迄今为止最全的“全球海洋病毒组”数据集
① 海洋微生物驱动全球范围内的地球生物化学循环;② 海洋病毒影响了海洋微生物的群落组成、代谢活性及进化轨迹;③ 本研究对浅海及深海病毒的完整基因组及大基因组片段进行组装;④ 并分析“全球海洋病毒组”数据集,以呈现全球范围内丰富的双链DNA病毒的分布图;⑤ 在光合作用带及海洋中层共鉴定出15222个病毒种群,组成了867个病毒集群;⑥ 对4个辅助代谢基因的深入分析揭示了病毒可能直接调节光合作用带中的硫、氮循环。
海洋病毒
经济
生物地球化学
Fecal microbiota transplantation
AJPGLP:IBD儿童的肠道菌群跟兄弟姐妹的有何不同?
① 分析比较IBD儿童患者与其健康的兄弟姐妹之间,肠道菌群在组成及功能上的差异;② 选取6名克罗恩病儿童,6名溃疡性结肠炎儿童及12名健康的患者同胞;③ 直肠真杆菌及柔嫩梭菌群在溃疡性结肠炎患者中丰度显著降低,大肠杆菌显著富集;④ IBD患者儿童的肠道菌群组成向抗生素耐药性分类群偏移;⑤ 相比于克罗恩病,溃疡性结肠炎患者儿童的肠道菌群失调更为严重;⑥ 利用患者同胞的健康菌群作为粪菌移植的供体是可行的。
Fecal microbiota transplantation
Inflammatory bowel diseases
metagenomics
Microbiome
Pediatric Gastroenterology
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