Ruth Ley
文章数:15篇
胃酸
Gut:质子泵抑制剂,可能增加肠道等感染风险!
质子泵抑制剂PPI是抑制胃酸产生和治疗胃肠道疾病如消化性溃疡和胃食管反流的药物。① 他们一直被认为是低风险的,被广泛采用且往往过度使用;② 最近的研究确表明使用PPI会增加肠道和其他感染的风险;③ 研究表明使用PPI和胃肠道菌群之间可能的关联,但仍需要大样本定群研究。
胃酸
肠道微生物
乳酸菌
质子泵抑制剂
孕早期
Cell:孕早期到晚期,孕妇的肠道菌群会怎么变?
① 在怀孕的不同时期孕妇的肠道菌群会产生变化;② 从孕早期到孕晚期,孕妇肠道内变形菌门和放线菌门两个门的细菌丰度增加;③ 将孕晚期孕妇的菌群移植到无菌小鼠后,会引起无菌小鼠脂肪的堆积和胰岛素敏感性的下降。
孕早期
孕晚期
老年人
肠道菌群中的早衰特征
① 老年人身体的脆弱与肠道菌群的组成改变相关; ② 在较年轻的群体中分析728名女性双胞胎的粪便样本; ③ 脆弱指数(frailty index,FI)与肠道菌群的α-多样性负相关; ④ 细长针杆菌及迟缓埃格特菌丰度随FI增加而增加,柔嫩梭菌群丰度则随FI增加而降低。
老年人
肠道菌群
虚弱
双胞胎
CHM:1126对英国双胞胎,告诉你菌群的遗传特性
① 分析英国的1126对双胞胎的肠道菌群16s rRNA; ② 可遗传的细菌分类群较为稳定; ③ 双歧杆菌属与乳糖酶基因相关, ④ ALDH1L1基因与SHA-98基因相关,说明甲酸盐产生与血压间的相关性; ⑤ 菌群与宿主基因间的联系主要集中在与饮食、代谢、嗅觉及防御相关基因上。
双胞胎
肠道菌群
遗传因素
Nature:胖瘦双胞胎共有的“核心菌群”
① 选取同胖瘦的成年女性同卵及异卵双胞胎,分析其与其母亲的粪便菌群,研究宿主基因型、环境暴露及宿主肥胖如何影响肠道菌群;② 共分析了154个个体,结果显示家庭成员之间既共享部分肠道菌群,也存在群落组成的差异,差异程度在同卵双胞胎与异卵双胞胎中相似;③ 在基因水平而非生物体谱系水平,所有个体拥有一个核心菌群;④ 肥胖与菌群在门水平上的变化、细菌多样性的降低、细菌基因的代谢通路的改变相关。
人类遗传学塑造肠道菌群
① 比较从TwinsUK种群获得的大约1,000个粪便样品中的微生物,发现许多菌群的丰度受宿主遗传学的影响;② 克氏菌科(Christensenellaceae)家族与其他遗传细菌和产甲烷古菌形成了共生网络,克氏菌及其伴侣在BMI低的个体中更为丰富;③ 用Christensenella minuta 修改与肥胖相关的菌群,并将其移植到小鼠中, 小鼠体重增加减缓,改变受体小鼠的肠道菌群组成;④ 研究结果表明宿主遗传学影响人类肠道微生物组成,可影响宿主代谢的方式。
肥胖相关肠道菌群与能量获得能力增加
① 比较遗传性肥胖小鼠和同窝瘦小鼠、以及肥胖和瘦的人类志愿者的远端肠道菌群,发现肥胖与两种主要的细菌(拟杆菌门和厚壁菌门)丰度相关;② 通过宏基因组和生化分析发现这种变化影响小鼠肠道菌群的代谢潜力;③ 肥胖菌群具有增加从食物中获得能量的能力,此外,这种特质是可传播的:给无菌小鼠定植“肥胖菌群”导致总身体脂肪的增加显著高于定植“瘦菌群”的小鼠;④ 结论:肠道菌群可能是肥胖病理生理学的另一个重要贡献因子。
微生物组学
Microbiome:人体微生物组学的未来在哪里?
① 2013年7月24日至26日在美国马里兰州的贝塞斯达召开了题为“人类微生物组学:憧憬未来”的学术会议;② 会议汇集了人类微生物组研究领域的专家,旨在全面介绍微生物组研究的现行状态,但更重要的是确定并讨论这个新兴领域研究的不足,挑战和机遇;③ 本报告将总结一下专家演讲报告,并阐述了在继续推动并提供医学转化应用方面,人类微生物组该做什么样的研究。
微生物组学
开展微生物组研究
① 微生物组研究涉及大数据的获取、统计学分析和建模,主要步骤包括实验设计、开展实验(获取和保存样本、提取菌群DNA、PCR扩增、测序)、测序分析和OTU选取、多样性分析、向数据库提交标准化数据等;② 文中讨论了上述研究步骤中的常用方法和注意事项,为不熟悉微生物组研究方法的科研人员提供参考;③ 本文以基于16S rRNA基因测序的菌群多样性分析为重点,其中涉及的原理和标准可通用于其它的组学研究(宏基因组、宏转录组等)。
慢性疲劳综合征
Microbiome:慢性疲劳综合征,肠道菌群有何变化?
① 分析肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME/CFS)患者及健康人的肠道菌群组成; ② 以及两组人血液中的炎症标记物:CRP、I-FABP、LPS、LBP及sCD14; ③ LPS、LBP及sCD14水平在ME/CFS患者中上升; ④ ME/CFS患者与健康人肠道菌群显著不同,厚壁菌门丰度及多样性显著下降。
慢性疲劳综合征
肌痛性脑脊髓炎
肠道菌群
炎性标志物
宿主-菌群共进化
Science:宿主的基因,调控肠道微生物丰度
① 人和小鼠模型上的研究都清晰表明,特定种类的肠道微生物丰度,一定程度上受宿主基因型调控;② 与此有关的宿主基因与食物辨别、代谢和免疫力有关;③ 在非哺乳动物微生物组中也证实有类似模式;④ 下一代GWAS将拓展数据集规模并改进微生物表型描述,会更好捕捉宿主-菌群共进化的有趣信号。
宿主-菌群共进化
基因型
表型
下一代GWAS
鞭毛细菌
NEJM:图解Lypd8缠住鞭毛细菌并阻止结肠炎症
① 对先前发表在Nature上的重量级研究进行专门介绍;② 提供了一张简洁明了的图,介绍相关细胞和分子的协同机制,明确在结肠中阻止鞭毛细菌入侵上皮细胞的Lypd8蛋白的重要作用;③ 特别对提高Lypd8蛋白的表达以改善炎症性疾病的治疗方法报以期望。④ 【原图请看文献原文,点击下方图片可看到高清中文翻译版本】
鞭毛细菌
肠上皮细胞
肠道炎症
IBD
Lypd8蛋白
人类微生物组计划
Nature:人类微生物组计划的内容和目标(2007)
① 人类微生物组计划(HMP)旨在通过对人类微生物遗传和代谢整体研究,了解其对宿主健康及致病的影响;② 通过测序,DNA序列信息从大量的数据中筛选出来,并用京都基因基因组百科(KEGG)对发现的基因进行注释;③ HMP可以帮助研究人员实现多种远景,例如发现新的用于诊断的生物标记物,人类微生物产生的酶可用于处理特定的底物,同时新药典也将纳入多种人类微生物及其化学产物;④ 同时对微生物的研究还有助于指导人们的合理膳食。
人类微生物组计划
京都基因基因组百科
Fecal microbiome
GB:通过3666名双胞胎确定的粪便菌群与肥胖的相关性
① 对3666名双胞胎的粪便菌群及肥胖情况进行分析;② 确认了粪便菌群的低多样性与肥胖相关;③ 内脏脂肪与粪便菌群中部分OTU的相对丰度相关,相关性最强的是内脏脂肪与颤螺菌属的成员;④ 对于内脏脂肪相关的OTU进行遗传分析发现,这些OTU的丰度与宿主的FHIT, TDRG1及ELAVL4基因的变异相关。
Fecal microbiome
Genetic association
Heritability
Obesity
Twins
Bacteroidetes
Ruth Ley等:拟杆菌如何影响肥胖等代谢疾病?(综述)
① 肠道菌群的组成与肥胖及相关代谢疾病(如2型糖尿病)相关;② 拟杆菌门与人体代谢疾病相关;③ 然而,拟杆菌门与疾病的相关性在不同研究中有所差异;④ 拟杆菌门中的不同成员有着不同的基因组及功能,对宿主有着不同的影响;⑤ 本综述讨论了拟杆菌门中的不同成员与宿主代谢表型的相关性。
Bacteroidetes
gut microbiome
Obesity
type 2 diabetes
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