DNA污染

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文章数：4篇

大脑微生物组

脱靶扩增或可导致帕金森患者脑部细菌检测假阳性

最近的研究表明，人类大脑存在微生物。这些微生物或与帕金森病(PD)和阿尔茨海默病(AD)中所见的神经炎症变化有关，或作为健康患者大脑样本中的大脑微生物组而存在。Microbiome最近发表的研究，通过检测健康和帕金森患者个体大脑不同区域微生物组成，及作为种间对照的小鼠大脑微生物组成，结果发现，没有证据支持帕金森病患者大脑中存在微生物组或细菌感染，检测到的细菌信号是由外源DNA污染和宿主DNA假阳性扩增引起的。

大脑微生物组脱靶扩增 DNA污染二代测序 16S rRNA 基因

宏基因组测序实验中实现污染物的精确定量

本文提出了一种直观而直接的方法来识别宏基因组测序实验中的污染。当微生物测序数量与总样品输入量成反比时，就很可能污染，因此，作者建议评估每个样本的学生化残差(Studentized Residual)可以对真实样本宏基因组中也可能存在污染物的程度提供概率评估，这种统计方法使研究人员可以将来源于污染的估计影响与真实的样品来源的成分分开，而无需对所有进一步分析中的生物进行检查。重要的是此方法假定您对可能的污染物没有事先的了解，并且不依赖于任何先前收集的环境或仅试剂测序样品，因此，无论出于何种目的，临床或其他目的，它都是一种通用的宏基因组测序方法。

方法学 DNA contamination metagenomics microbiota Regression analysis

如何解决低微生物量菌群研究的实验污染问题？

测序技术的高灵敏度对于低微生物量的菌群研究是一把双刃剑，检测样本微的同时，也放大了样本中DNA污染的影响。Trends in Microbiology近期发表观点文章，对微生物组研究中的污染问题和解决方法进行了探讨，建议在研究和同行评审时采用RIDE核对清单（报告研究方法、设置对照、评估污染情况及其对下游分析的影响），来改善低微生物量研究的准确性。

方法学微生物组低生物量实验室污染 DNA污染

SR：胶束PCR定量测定微生物谱

新的方法学，值得特别关注。

微生物谱胶束PCR 操作分类单位绝对丰度 DNA污染