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宏基因组组装基因组 (MAG)

基于宏基因组组装基因组的泛基因组分析需谨慎

宏基因组分箱作为当下获取微生物基因组资源最火热的手段之一，其产生的宏基因组组装基因组（MAG）数量已经远远超过现有分离株基因组的数量。然而，近期发表于Briefings in Bioinformatics的一项研究发现，MAG固有的基因组不完整性、污染和碎片化严重影响了泛基因组分析，此外，不同的泛基因组分析工具也会影响基于MAG的泛基因组分析结果，但是可以通过降低核心基因分析时的阈值，尽可能多地加入完整分离株基因组，选择合适的分析工具减少核心基因分析的误差。总之，该研究提示我们需谨慎看待基于MAG的泛基因组分析结果，未来也需要开发专业工具弥补MAG在泛基因组分析时的不足。

宏基因组组装基因组 (MAG) 泛基因组

比较基因组学

iMeta：国内团队开发了原核微生物泛基因组与基因组分析平台IPGA

该研究，作者提供了一个可以对较大规模微生物基因组进行比较分析的集成原核生物基因组和泛基因组分析平台-IPGA，平台提供了基于基因组注释与泛基因组注释的包括进行系统发育分析、基因组共线性分析和核心基因差异分析等后续分析在内的整合流程，并提供了免费、简单的页面操作环境。平台入口：https://nmdc.cn/ipga/。

比较基因组学泛基因组网络服务

基因成分谱

iMeta: 中国科学院开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具

中国科学院深圳先进技术研究院戴磊团队开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具StrainPanDA，并使用模拟数据集系统地验证了StrainPanDA的准确性和鲁棒性，StrainPanDA对计算资源的要求极低，可以批量并行处理菌群中的多个物种。StrainPanDA可以应用于宏基因组数据以检测分子功能与微生物/宿主表型之间的关联，从而产生可供验证的假设，并在菌株或亚种水平上获得新的生物学见解。

基因成分谱宏基因组学菌群泛基因组菌株分析

细菌基因组

Nature子刊：分析微生物基因组群体内遗传多样性的软件inStrain

同一物种共存的微生物细胞往往表现出遗传变异，可影响从营养偏好到致病性的表型。在这里，作者介绍了inStrain这个程序，该程序使用宏基因组配对读长来分析整个基因组中的种群内遗传多样性（微生物多样性），并以一种具有微生物多样性意识的方式比较菌群，从而大大提高了以现有方法为基准的基因组比较的准确性。inStrain可以应用于任何宏基因组数据集，以进行微观多样性分析和严格的菌株比较。

细菌基因组泛基因组生物信息软件菌株多样性

饮食-菌群-宿主

Cell子刊：具体哪株菌，饮食来决定

肠道普雷沃菌对人类健康的影响具有争议。本研究纳入多个意大利人粪便菌群研究数据，发现Prevotella copri菌株类型和功能的人群间个体差异受饮食结构的影响显著，可能因此对宿主健康带来不同的影响。本文的结果对研究饮食-微生物-宿主互作具有重要参考价值。

饮食-菌群-宿主 Prevotella copri 意大利人人体研究宏基因组

精准化抗PD-1治疗的有力工具——TMB+GEP

本研究主要由默克公司完成，发表在2018年10月的Science上。亮点为样本量大，数据分析类别多样。研究结果为实现精准化抗PD-1治疗临床试验设计和治疗策略制定提供了有力工具。

抗PD-1治疗泛基因组疗效预测标志物精准化免疫治疗派姆单抗（pembrolizumab）

利用宏基因组数据重建微生物泛基因组

宏基因组数据分析通常会受到参考基因组有限的阻碍(使用分箱、培养组学等方法可以解决一部分)。MSPminer 采用了一种新的思路，不再执着于构建某一物种的基因组，转而通过对丰度相同的基因聚类构建泛基因组(Pan-genome)，并区分核心基因组和可变基因组基因。所得结果可用于下游的定性和定量分析。

宏基因组泛基因组生物信息学工具 C++ 肠道菌群宏基因组

抗噬菌体系统

Science：细菌基因组中的噬菌体防御系统

细菌也有自己的防御系统，主要针对噬菌体，比如大名鼎鼎的CRISPR-Cas9，近期Science[IF：37.205]发表了细菌基因组中抗噬菌体系统的相关研究，值得关注，推荐专业人士阅读。

抗噬菌体系统基因岛泛基因组 Mark C Markowski Karen S Sfanos

panX：泛基因组分析和可视化的新工具

Nucleic Acids Research发表的一篇论文，介绍了用于细菌泛基因组分析和可视化的新软件——panX，值得专业人士关注。

泛基因组 Réka Spohn Lejla Daruka Csaba Pál

SR：不同芽孢杆菌的基因组分析

这项基因组研究，对比了5个种238个芽孢杆菌菌株的基因组，很值得专业人士关注，特别推荐！

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