微生物生态系统

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文章数：7篇

Nature子刊：助力从Hi-C数据中识别高质量病毒基因组新工具—ViralCC

将高通量染色体构象捕获（Hi-C）技术引入宏基因组学，可以从微生物群落中重建高质量的宏基因组组装基因组（MAGs）。尽管最近利用Hi-C测序恢复了多种真核生物、细菌和古细菌基因组，但很少有基于Hi-C数据的工具被设计用于检索病毒基因组。近日，美国南加州大学研究人员在Nature Communications发表最细研究，开发了一种新的基于宏基因组Hi-C数据的开源分箱工具ViralCC（https://github.com/dyxstat/ViralCC），用于恢复高质量病毒基因组及检测病毒-宿主对，并在多种真实和模拟数据中应用，发现其分箱性能较好，值得进一步测试。

病毒组 ViralCC 研究论文基础研究 Hi-C测序

微生物生态系统

EcoFABs：通过标准化的装配生态系统推进微生物组科学

解析微生物互作的生态学基础是人类得以操控菌群的重要前提。然而，当前大多数情况下，科学家缺乏标准化和可重复的模式微生物群落，这阻碍了微生物生态学一般规律的发现。在本研究中，作者提出装配生态系统的概念，指出了用这类标准化的模式系统进行生态学研究的重要价值。

微生物生态系统观点评论微生物生态学合成生物学微流控技术

哈佛刘洋彧团队：找出最小驱动物种，撬动整个菌群

菌群中的微生物存在复杂的生态学联系，导致如何控制菌群是一门很“高深”的学问。而为了利用菌群造福人类，我们需要做到这一点。刘洋彧最新研究成果利用菌群生态网络计算最小驱动物种，理论上实现了对菌群状态的精确控制。对于这样一个理论研究，小编是一头雾水。敬请关注“热心肠先生”公众号独家专访中，刘老师本人的详细解读。

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微生物互作

Nature子刊：菌群内种间互作依赖于不造成代谢压力的分泌物

微生物间通过交换代谢产物进行互作，但这些代谢产物往往会为微生物带来代谢压力。本研究通过计算机建模模拟不同条件下微生物的生长和代谢，发现微生物利用代谢压力较小的分泌物进行种间信息交流，维持微生物生态系统稳定。该成果对研究菌群建立以及菌株互作具有参考价值。

微生物互作低消耗代谢产物种间互作代谢建模微生物生态系统

Nature子刊：我们应如何研究微生物对所处环境的影响（综述）

Nature Microbiology的这篇文章讨论了如何研究微生物对其生存环境的影响。文章通过明确定义微生物的三大特点，介绍由此可用的相应策略，以及罗列可落地实施的实验技术，建议广大研究人员将研究重点从相关性分析转向因果和原理性分析中。

微生物组微生物生态系统 Séverine Vermeire Séverine Vermeire

Microbiome：真菌在微生物群落稳定性中起重要作用

这是Microbiome[IF：8.496]发表的生物信息学研究，通过分析现有肺部和皮肤微生物组数据，验证了真菌在联通微生态系统中不同物种的关系中发挥重要作用，值得专业人士好好读读。

真菌微生物生态系统 Gianluca Mauria Elio Gregory Pizzutilo Andrea Sartore-Bianchi

微生物生态系统

Oral Diseases：一种定义群落类型的数据计算分析方法

大量的宏基因组研究产生了海量的测序数据，但有些研究并未采取合适的方法对测序数据进行严格的分析，从而无法得出有意义的生理学或临床结论，本文总结了一种基于定义群落类型（community type）的数据计算分析方法，或可以帮助做更好的数据分析。

微生物生态系统 Anusorn Lungkaphin Keerati Wanchai