George Weinstock

人体的生物钟和宿主-共生微生物互作关系，都是机体新陈代谢应对外界环境刺激的重要调节模式，两者在长期进化中形成了对神经、代谢、免疫、消化等系统的协同调节模式。Cell Metabolism近期发表综述，系统性阐释了生物钟、肠道微生态和宿主代谢系统之间的双向相互作用，及其对肥胖和代谢稳态的影响，强调了饮食节律对代谢疾病治疗、宿主-微生态互作研究的显著影响，对于指导相关领域的研究、科研转化都具有重要价值。

昼夜节律代谢稳态宿主-细菌互作综述饮食

两歧双歧杆菌

Nature子刊：多组学鉴定两歧双歧杆菌提效癌症免疫疗法

Nature Microbiology发表文章整合宏基因组、基因组、转录组和代谢组学，全面分析肠道菌群与非小细胞肺癌及其相关治疗的关系。继最初Science发文力证肠道共生菌特异菌株对抗癌免疫疗法有协同作用，双歧杆菌持续受到关注。

两歧双歧杆菌联合免疫检查点抑制研究论文基础研究

微生物生态学

刘洋彧团队：破译人类菌群的功能冗余性

人类菌群在分类学组成上有着很大的个体差异，但在菌群的基因组成——或者说功能能力上，又是高度保守的。这种现象可以用一个生态学术语来描述，即“功能冗余性”（FR）。FR被认为是菌群的稳定性和韧性（抗扰动）的基础，但是这一假说仍缺乏量化数据的支持。人类菌群的FR从何而来？如何量化？对基于菌群的疗法有何重要意义？哈佛医学院的刘洋彧团队近期在Nature Communications发表的研究，为解答这些关于人类菌群FR的问题提供了重要的理论基础。他们通过构建人类微生物组的基因内容网络（GCN），首次对菌群样本的FR进行了量化计算，并揭示了有助于形成高FR的关键的演化和生态学因素。他们进一步使用该框架分析了粪菌移植的临床数据，表明FR可作为衡量菌群韧性的指标，为预测基于微生物组的疗法（如FMT、益生菌干预等）的效果，提供重要的指导和参考信息。

微生物生态学菌群功能功能冗余人类微生物组菌群疗法

糖尿病

人体中IL-17/IL-22与梭菌、胰岛素敏感性之间的联系

小鼠模型显示，肠道菌群与产生IL-17/IL-22的细胞互作，对代谢疾病进展具有重要作用。《Diabetes》发表文章，对103位前糖尿病患者进行分析，发现低水平的IL-17/IL-22个体呈现出更严重的代谢疾病表型（包括胰岛素敏感性）和肠道菌群多样性降低（包括梭菌的降低），建立起肠道菌群、IL-17/IL-22与代谢疾病早期发病在人体中的联系。该发现提供了或能有效缓解人类代谢疾病的微生物相关的治疗靶点。

糖尿病 IL-17/IL-22 梭菌胰岛素敏感性

人体微生物组

用靶向性方法，丰富人类细菌基因组数据库

mSystems近期发表的一项研究，有选择性的优先测序并组装了665个新的人体细菌菌株基因组，有效扩展了已有的人体细菌基因组数据库。

人体微生物组 HMP Genome human microbiome Microbiome

呼吸道菌群

Nature子刊：哮喘儿童上呼吸道菌群组成与哮喘严重程度相关

呼吸道菌群对哮喘的生理病理起着重要的作用。然而，关于哮喘儿童的呼吸道菌群、哮喘失控和严重恶化三者之间的关系，我们知之甚少。Nature Communications最近发表的文章，在一年内的2个时间点，收集患哮喘的学龄儿童鼻涕样本共319个，分析其菌群结构，发现呼吸道菌群的定殖模式与哮喘失控风险和严重恶化相关，如哮喘控制期儿童，其上呼吸道菌群以棒状杆菌属（Corynebacterium）和Dolosigranulum为主，而哮喘严重恶化的儿童，其呼吸道菌群以葡萄球菌属、链球菌属、莫拉氏菌属等病原菌为主。但实验结果仍需进一步验证。本研究提示，调节呼吸道菌群组成或可缓解哮喘。

呼吸道菌群哮喘气喘上呼吸道菌群儿童哮喘

扩增子

仅仅依靠16S rRNA基因可否将微生物图谱描绘到菌株水平？

虽然部分16S rRNA基因区域对微生物的分辨率与全长相当，但仅仅对有限的种群，对于描绘数量庞大微生物群落任然停留在属及以上的水平。Illumina的短读长的测序和过去罗氏454测序都无法得到16S rRNA基因全长序列。Sanger测序可以满足读长的要求，却在通量上远远不够。目前，以Nanopore和PacBio为代表的三代测序技术方兴未艾，让16S rRNA基因全长高通量测序走向现实。高通量测序全部可变区的序列必将改变我们对微生物群落的认识。这是否可以描绘到我们关心的种和菌株水平？本文将给出答案。

扩增子 16S rRNA 基因全长16S 三代测序分类精度

非酒精性脂肪性肝病

非酒精性脂肪性肝病患儿的肠道菌群特征

《Gastroenterology》近期发表的一项研究分析了非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的肠道菌群特征，表明菌群中编码炎性细菌产物的基因丰度与NAFLD严重程度相关，提示肠道菌群失调可能促进NALFD的疾病进展，而菌群的某些特征指标或可作为非酒精性脂肪性肝炎（NASH）和肝纤维化的诊断标志物。

非酒精性脂肪性肝病 flagellin Intestinal Microbiota lipopolysaccharide pediatric

人类微生物组计划二期

iHMP：整合人类微生物组计划

NIH的人类微生物组计划（HMP）已经进行了十多年，分别完成了两个阶段的工作。第一阶段被称为HMP1，第二阶段被称为iHMP（也称为HMP2）。iHMP包括三个条件下人体菌群和宿主动态变化的研究，分别是怀孕和早产（PTB）、炎症性肠病（IBD）和前驱糖尿病的影响因素等。iHMP代表了未来人类微生物组多学科研究的范式，提供了独特的数据资源，并已经开始逐步阐明宿主-微生物组互作的机制。在本期Nature杂志（2019-5-30）中发表了iHMP的多篇研究成果，小编予以编译，以飨读者。

人类微生物组计划二期怀孕早产炎症性肠病前驱糖尿病

多组学研究

Nature：多组学纵向追踪，揭示糖尿病前期的宿主和菌群特征

大部分糖尿病前期者都会发展为糖尿病，但人们对其相关生理过程和背后的生物学机制，仍所知甚少。《Nature》发表的一项最新研究，对106个健康和血糖调控受损个体进行长达4年随访，对受试者的血液转录组、代谢组、细胞因子和蛋白质组以及肠道和鼻腔微生物组进行多组学的深度纵向分析，在群体和个体层面揭示了稳态和应激状态（如呼吸道病毒感染和接种流感疫苗）下，血糖调控受损和健康者的生理和菌群差异，为糖尿病的早期诊断，以及阐释糖尿病前期的生物学机制，带来启示。该研究中的大部分数据都是开放获取的，值得相关领域研究者特别关注。

多组学研究糖尿病前期 pre-diabetes Prognostic markers Congjiao Sun

精准医学

Nature子刊：长期的个体大数据分析——精准健康的未来？

每个人的健康情况都是个性化的，因而精准医疗被认为是未来医学的发展方向。《Nature Medicine》近期发表来自斯坦福大学的另一项队列研究，对109名糖尿病风险个体进行临床和多组学（基因组、转录组、蛋白质组、免疫组、代谢组、微生物组）数据的长期追踪，表明这种个体化的深度纵向大数据分析，能在早期检测到健康状态变化/恶化的苗头，有助于实现使个体化早期疾病预防，也为阐释相同疾病的不同发病机制带来启示。

精准医学疾病预防 Kazutoshi Fujita Makoto Matsushita

菌群-肠道-脑轴

JAMA子刊：人群研究证实肠道菌群对早期神经发育的影响

动物实验已经证明了婴儿时期的肠道菌群对后期神经发育具有影响，但缺乏人群研究证实。《JAMA Network Open》近期发表人群研究，发现在幼儿3岁时，肠道菌群组成的区别与沟通能力、运动能力的差异有关，提示早期菌群结构可能影响幼儿神经发育。该结果对于研究菌群-肠-脑轴具有借鉴价值。

菌群-肠道-脑轴人群研究菌群-肠-行为轴 Henning Fenselau Diba Borgmann

口腔菌群

化疗诱导的口腔粘膜炎与口腔菌群失调

口腔粘膜炎是化疗的常见副作用之一，《Microbiome》近期发表的一项研究发现，化疗诱导的口腔粘膜炎与口腔细菌群的失调相关，且这种失调可加剧药物诱导的上皮损伤，改善口腔细菌失调或是缓解口腔粘膜炎的新思路。

口腔菌群 Cancer Chemotherapy Microbiome Mucosal-microbial crosstalk

多发性硬化

Cell子刊：间歇性禁食改善菌群，或能治疗多发性硬化

多发性硬化（MS）是自身免疫性神经炎症性疾病，可能与饮食和肠道菌群有关。Cell Metabolism[IF：18.164]近期发表一项研究，表明间歇性禁食（IF）可改变小鼠肠道菌群从而改善MS疾病程度；在MS患者中，类似干预手段可在短期内影响肠道菌群，菌群组成的变化趋势与小鼠的情况相似。IF是否能改善MS患者的疾病情况，期待未来的大规模临床试验。

多发性硬化间歇性禁食 Intermittent Fasting Gut microbiota multiple sclerosis

组学

Cell子刊：增重或减重期间的综合组学特征

这是Cell Systems[IF：8.406]在近期发表的一篇很有意义的研究，分析了健康志愿者在30天增重、7天体重维持、30天减重的体重变化期间的各种组学特征的变化。这会是很多专业人士所关注的，特别推荐。

组学体重变化 genomics metabolomics Microbiome

肠型

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

食物过敏

Allergy：3岁儿童食物过敏，或可在3-6月大时的粪便找到征兆！

这是一项很有意义的研究，收集3-6个月月龄婴儿的粪便，评估孩子3岁时的食物过敏情况，发现了一些重要的相关性，这为描述婴儿肠道菌群与儿童食物过敏的因果关系迈出了重要一步。特别推荐。

食物过敏食物致敏全微生物组关联研究 Dorea food allergy

肺泡巨噬细胞

BMC微生物学：烧火做饭，造成肺部致病菌增加

在马拉维地区，依然使用生物质燃料做饭及照明，这带来家庭空气污染，家庭成员吸入更多可吸入颗粒，这会怎样改变肺部菌群？本文值得一看。

肺泡巨噬细胞呼吸道菌群家庭空气污染

HIV

TR：HIV感染中的肺部菌群（综述）

HIV感染后，肺部菌群会如何变化，这篇综述再次带给我们启示。

HIV Brandy Frost Kristen M Welsh

早产婴儿

Lancet：极早产婴儿肠道细菌失衡与NEC有联系么？

① 纳入2009.7-2013.9间美国出生体重极低（1500g以下）婴儿进行前瞻性队列研究肠道菌群失调与坏死性小肠结肠炎的关系；② 收集166名婴儿的粪便样本，其中46例发展为坏死性小肠结肠炎，疾病与对照组菌群结构明显不同，且差异在出生后一个月出现；③ 坏死性小肠结肠炎与γ-变形菌比例升高，Negativicutes以及合并的Clostridia–Negativicutes 纲比例降低相关，且胎龄小于27周的关联性最强；④ 为肠道菌群干预儿童坏死性小肠结肠炎提供了靶点。

早产婴儿变形菌厌氧菌益生菌

临床基因组学

JCM：临床基因组学的重要角色

介绍第115届美国微生物学会大会上关于“临床基因组学”专门研讨会的精华观点，值得一看。

临床基因组学宏基因组美国微生物学会高通量测序 Luwei Liu

联合微生物组计划

Science：呼吁发起“联合微生物组计划”

这是美国科学家在“国家微生物组计划”启动之前在Science上呼吁启动“联合微生物组计划”的文章，很值得没看过的人看一看，看看这样的大型计划会关注哪些领域，要有什么人参与，需要什么资源。

联合微生物组计划人类微生物组计划 Kenya Honda Dan R Littman

人类微生物组计划

Science：破解人类肠道中178个微生物基因组（2010）

2010年，在Nature公布MetaHIT测出来的参考基因目录后不久，Science公布了HMP团队破解的178个微生物参考基因组。MetaHIT和HMP团队你来我往，好不热闹！可惜，现在哪个计划可以跟美国国家微生物组计划NMI抗衡？

人类微生物组计划宏基因组测序 Etienne G Krug Etienne G Krug