16s rRNA测序

目前中国尚缺乏基于时间尺度对重症监护室(ICU)中微生物进行研究。微生物所胡松年团队在Science of the Total Environment发表研究，使用16S rRNA测序对两间ICU的床单、床把手、共用血氧仪、床头柜、护士手、地板和推车的菌群进行了一整年的动态监测。研究结果提高了我们对ICU表面微生物的复杂特征的理解，ICU环境中菌群的时间动态变化最终将有助于为医院环境的消毒和预防医院感染提供建设性的建议。

重症监护室 16s rRNA测序医院感染病原体溯源

腹泻

生命早期肠道菌群标志物可预测牛犊腹泻

早期肠道微生物群落的紊乱会对宿主健康产生长期影响。抗菌剂被广泛用于预防和治疗常见的传染性疾病。已有研究表明，抗菌剂对早期生命微生物群的干扰对小鼠和人类婴儿的宿主免疫功能有长期的负面影响，包括免疫缺陷或对病原体定植的易感性增加，但是对反刍动物的相关研究较少。发表在The ISME Journal上的一项研究对健康、腹泻和抗菌剂治疗牛犊进行了肠道菌群比较分析，表明可以根据特定的肠道菌群标志物来预测腹泻的发生，或可使用益生菌或益生元干预生命早期肠道菌群来提高宿主健康并减少抗菌剂的使用。

腹泻肠道菌群微生物组多样性 16s rRNA测序肠道菌群标志物

麝香鹿菌群

FM：对林麝菌群和高山麝菌群的比较

北京林业大学团队的研究，推荐阅读。

麝香鹿菌群林麝高山麝 16s rRNA测序厚壁菌门

16s rRNA测序

Microbiome：基于数据特性的标准化和微生物丰度差异分析策略

Rob Knight和团队操刀的方法学文献一篇，特别推荐给大家。

16s rRNA测序标准化归一化丰度差异检验稀释

粪便移植

NM：移植正常菌群，但长时间高脂饮食的小鼠更胖？

将正常小鼠的肠道菌群移植给高脂饮食小鼠，而持续的高脂饮食让这样的小鼠在25周时体重比未做菌群移植的高脂饮食小鼠还大，虽然它们的菌群多样性和丰度都高，但为什么体重增加呢？有意义的研究，值得看看。

粪便移植肥胖肠道菌群 16s rRNA测序高脂肪饮食

急性淋巴白血病

BMC Genomics：急性白血病人的肠道菌群

关于急性白血病人的肠道菌群及化疗对它们的影响的研究，值得看一看。

急性淋巴白血病 16s rRNA测序化疗 Sammy Saab Myron J Tong

粪便菌群

Microbiome：入侵北美的鲤鱼的肠道菌群有何特点？

入侵北美的鲤鱼，是最著名的入侵物种之一。它们是如何适应环境的？肠道菌群会帮助更加适应入侵区域的环境么？这篇文章，值得读一读。PS，亚洲鲤鱼入侵北美，是生态入侵，某些活吃到肚子里的细菌，可能会是入侵物种么？

粪便菌群入侵性鲤鱼菌群组成 16s rRNA测序群落结构

刑事案件

SR：人死后，不同器官微生物有什么演替时间表？

① “死亡微生物组”是一个相对较新的概念，研究对象是人死后定殖在五脏六腑的微生物，其中以专性厌氧的梭状芽胞杆菌为主；② 研究刑事案件中27具遗体，死亡时间在3.5-240小时之间；③ 通过16S rRNA基因测序分析这些尸体内各部位的微生物，发现了统计学上具有显著性的依赖于时间、器官和性别的差别；④ 每个器官的特征微生物的数量和丰度，可为法医微生物学家提供估计死亡时间的新数据。

刑事案件法医 16s rRNA测序死亡时间 Herbert L DuPont

16s rRNA测序

Microbiome：猕猴感染SHIV后，肺部微生物会怎么变？

这是一项关于HIV，SHIV感染后肺部微生物组变化的研究，最近相关研究不少，给病原微生物对身体各部位微生物组研究开辟了新思路。

16s rRNA测序猕猴肺微生物猿猴免疫缺损病毒 Michael Shapira

16s rRNA测序

GM：丰度大于0.1%的粪菌，95%可培养出来！

关于粪便中哪些菌能被培养出来的话题，是最近火热的话题，Genome Medicine这篇文章，提供了一个新方法，推荐给大家。

culture-enriched molecular profiling 16s rRNA测序细菌培养 Lingli Zhang Wei-Yun Zhu

16s rRNA测序

赵方庆团队：有效关联物种谱和功能基因谱的新方法

中科院北京生科院赵方庆老师和团队关于将16S rRNA扩增子参数链接到宏基因组的新方法的研究，虽然热心肠先生和小伙伴都不是很看得懂，但懂的人看了想必很兴奋的。

16s rRNA测序 RiboFR-Seq 宏基因组组装拷贝数扩增子

刑事案件

FM：什么是死亡微生物组？（综述）

① 法医微生物学家在研究人死后体内微生物的动态和协同变化，研究对象是死亡微生物组和表面腐烂微生物群落，这包括遗体表面里和/或表面上的微生物群落；② 现有研究已经初步成熟，可帮助鉴定人死亡后微生物组的结构和功能；④ 人死后的腐烂伴随着包括化学降解和细胞自我分解在内的复杂过程，也伴随着非生物/生物因素影响下的酶引起的肠内容物释放；⑤ 这些因素可能对人死后微生物群落具有预测作用，可用于法医学研究和应用。

刑事案件法医 16s rRNA测序死亡时间 Arnold Berstad

尸体分解

Science：我们死后，被哪些细菌分解？

今年1月Rob Knight在Science的“恐怖”之作，结果大概是，不管你死后被埋在哪里，分解你尸体的细菌大概都是类似的。。。

尸体分解微生物群法医死亡时间刑事案件

苍蝇

IJLM：分解人尸的细菌，是苍蝇喜欢的？

① 在两具放置在室外的尸体中的不同部位取样本，用454焦磷酸测序分析细菌16S rRNA基因的可变区3-5；② 在降解过程中，每具尸体所有部位的细菌群落结构都发生了变化；③ 在膨胀和排气期，直到组织开始脱水和完全清除，Ignatzschineria和Wohlfahrtimonas这样的与苍蝇有关的细菌很普遍；④ 脱水和骨架化后，与土壤有关的细菌，如不动杆菌属变得普遍。

苍蝇土壤微生物不动杆菌刑事案件法医

死亡时间

JMM：不同方法分析不同尸体器官的微生物，有差别么？

① 研究人类尸体中脾脏、肝脏、大脑、心脏和血液中的死亡微生物组；② 同一具尸体中，不同器官的死亡微生物组很相似；不同尸体之间因死亡时间、死亡和/或环境因素不同，死亡微生物组不尽相同；③ 对两种不同的16S rRNA基因扩增方法进行比较，并对四具尸体来源的扩增子进行测序；④ 传统DNA提取方法可得到更多的扩增子，两种提取方法间16S rRNA基因的物种多样性指数则无显著区别；⑤ 尸体中梭菌占优的组织器官有更长的降解期。

死亡时间 16s rRNA测序刑事案件法医 DNA提取方法

微生物功能活性

PLoS One：降解尸体的微生物在哪个季节活性最高？

① 利用Biolog EcoPlates™测量脊椎动物腐肉分解过程中，利用29种不同碳源的微生物群落的功能变化；② 利用焦磷酸测序分析细菌群落组成，鉴定与群落功能变化有关的关键物种；③ 分解过程中，春、夏、冬三季的微生物功能活性升高，秋季降低；④ 测定食尸节肢动物定殖的影响，发现2011年的微生物功能活性最高；⑤ 但比较2010和2011年，从尸食性昆虫定殖尸体中分离的微生物群落的功能趋势不一致，说明还需要有进一步的机制研究。

Biolog EcoPlates 微生物功能活性季节变化刑事案件法医

尸体分解膨胀期

PLoS One：尸体分解膨胀期起止，细菌群落有何不同？

① 在东南德克萨斯州应用法医学研究所，研究者放置了两具尸体，使其在自然条件下分解；② 分别在包括尸体内部在内的不同身体部位，取分解膨胀期开始和结束两个时间点的样本，对16S rRNA基因进行焦磷酸测序；③ 所有部位样本中，都发现从需氧细菌转变为厌氧细菌的变化，两具尸体间、同一具尸体的不同部位间、同一部位两次取样时间点间的微生物群落组成都不一样；④ 有一些物种与用培养观察到的物种一致，但许多物种是全新的。

尸体分解膨胀期刑事案件法医 16s rRNA测序死亡时间

微生物时间表

eLife：利用微生物时间表，精准预估死亡时间

① 在每一件死亡调查中，确认死亡时间都非常关键，但现有技术可能受限于一系列的错误和偏倚，比如倚仗法医昆虫学的结果，可能会有数天甚至数月的偏差；② 在小鼠模型中，研究者发现死后微生物群落的变化是动态、可测并且是可重复的，可用于预估出3-48天的死亡时间；③ 这些对腐尸系统中细菌和真菌微生态的理解，为估计死亡时间提供了一个新的法医工具。

微生物时间表法医昆虫学法医微生物学刑事案件法医

刑事案件

IJLM：高通量测序助力法医通过微生物鉴定死亡时间

① 通过焦磷酸测序，检测并确定尸体腐烂进程中不同时间点的细菌群落丰度，通过热叠加模型，鉴定出对于预估生理学时间非常重要的细菌分类；② 尸体分解过程中，在门和科水平上，细菌群落结构的分类单元丰度和相对丰度模式都有显著差别；③ 在整个尸体分解过中，门和科的总分类单元丰度是不断下降的；④ 开发了稳定的预测模型，在2-3小时范围内，可描述94.4%的尸体埋入土中的时间。

刑事案件法医 16s rRNA测序死亡时间死亡微生物组