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S Dusko Ehrlich
文章数:27篇
心血管代谢疾病
Nature子刊:从代谢障碍到心血管疾病,菌群和代谢组发生了什么变化
Nature Medicine发表的这项研究,以缺血性心脏病(IHD)为例,对处于心血管代谢疾病谱系中不同阶段的中年人进行了肠道菌群和代谢组分析,并调整了生活方式和用药这些混杂因素的影响,从而鉴定出从代谢障碍(肥胖/糖尿病)发展到缺血性心脏病的疾病进程中的菌群和代谢组的变化特征。
心血管代谢疾病
肠道菌群
代谢组
利福昔明
利福昔明改善肝性脑病,机理在肠道
利福昔明可有效预防肝性脑病,但背后的机制尚未明确。Journal of Hepatology上发表的一项随机对照试验,在38名肝硬化+肝性脑病患者中进行90天干预,发现利福昔明可通过抑制肠道菌群的口腔化,减少粘蛋白降解细菌,并促进肠道屏障修复,以减少肠道来源的系统性炎症,从而缓解肝性脑病。
利福昔明
研究论文
医学研究
随机对照试验
肝硬化
代谢健康
一种宿主+菌群的共代谢产物,或对代谢健康有关键影响
肠道菌群产物参与调控宿主代谢,马尿酸是一种菌群和宿主的共代谢产物,此前研究表明马尿酸与健康的代谢表型相关。Gut近期发表的一项研究,通过人体研究揭示了尿液马尿酸、肠道菌群、饮食和代谢健康之间的关联,并在动物实验中检验了马尿酸与糖稳态调节的因果关系,表明马尿酸不仅可作为代谢健康的标志物,还在宿主代谢健康中起到重要的介导作用。
代谢健康
肠道菌群-宿主共代谢物
马尿酸
帕金森病
Cell子刊:帕金森病患者的肠道菌群代谢功能有何变化?
Cell Reports近期发表研究,研究了帕金森病患者的肠道菌群组成和功能变化,及其与疾病程度、胃肠症状等的关系,为揭示肠道菌群在帕金森病中的作用带来新启示。
帕金森病
肠道菌群
肠-脑轴
代谢功能
新冠疫情
新冠大流行对人类共生微生物的影响(观点)
新冠病毒的全球大流行为人类的生活方式带来了极大的改变。这些生活方式的改变和认知将在很大程度上对人类共生微生物发生长期的、巨大的影响,从而对人类健康带来巨大的影响。近期一篇发表在PNAS的展望,从新冠肺炎本身以及对于人类生活方式的影响等多个角度和层面讨论了新冠病毒流行对于人类共生菌,特别是肠道菌群的影响,以期未来当人类面对新的流行疫情时,充分考虑多个角度的影响,选择更加适合的防控策略和手段。
新冠疫情
卫生假说
共生菌群
其他
展望
糖尿病
Nature子刊:不健康饮食相关的一种菌群代谢产物,与糖尿病存在关联
丙酸咪唑(ImP)是新发现的肠道细菌代谢组氨酸的产物。小鼠的研究发现ImP可以通过MAPK通路破坏葡萄糖代谢。但ImP在患者中与疾病的相关性并没有研究。近期一篇发表在Nature Communications的多中心队列分析发现,血清中丙酸咪唑上升与前驱糖尿病和2型糖尿病显著相关,与肠道菌丰度下降,和拟杆菌2肠型显著相关,与系统性炎症显著相关。丙酸咪唑的上升与不良的饮食习惯相关,但与组氨酸摄入量无关。因此对于前驱糖尿病和2型糖尿病患者的治疗应当考虑个性化膳食以抑制细菌组氨酸代谢的途径。
糖尿病
肠道菌群代谢产物
丙酸咪唑
肠道菌群
前驱糖尿病
任发政+于政权等:产毒的肠道菌群,或促进肾衰竭
终末期肾病(ESRD)是慢性肾脏疾病的晚期并发症,其发生和进展与有毒代谢物的积累密切相关。动物研究表明许多尿毒症毒素来源于肠道微生物,而这些毒素通常不能通过透析有效去除。中国农业大学任发政院士和于政权教授与团队近期在Gut上发表研究,对223名ESRD患者和69名匹配的健康对照个体进行了多组学分析,揭示了患者肠道微生物组、代谢组和疾病表型组之间的密切关系,表明患者异常的肠道菌群能通过产生有害代谢产物加重临床预后,并用动物模型提供了因果性证据。这些发现提示,调节肠道菌群有望成为降低患者尿毒症毒性的靶标,应作为透析的补充疗法进行深入研究。
终末期肾病
任发政+于政权等:产毒的肠道菌群,或促进肾衰竭
终末期肾病(ESRD)是慢性肾脏疾病的晚期并发症,其发生和进展与有毒代谢物的积累密切相关。动物研究表明许多尿毒症毒素来源于肠道微生物,而这些毒素通常不能通过透析有效去除。中国农业大学任发政院士和于政权教授与团队近期在Gut上发表研究,对223名ESRD患者和69名匹配的健康对照个体进行了多组学分析,揭示了患者肠道微生物组、代谢组和疾病表型组之间的密切关系,表明患者异常的肠道菌群能通过产生有害代谢产物加重临床预后,并用动物模型提供了因果性证据。这些发现提示,调节肠道菌群有望成为降低患者尿毒症毒性的靶标,应作为透析的补充疗法进行深入研究。
终末期肾病
肠-肾轴
肠道菌群
肠道菌群功能
代谢组
地中海饮食
地中海饮食改善超重和肥胖人群的代谢健康并调节肠道菌群
地中海饮食(MD)是一种有益的饮食方式,可以预防多种疾病。Gut近期发表了一项关于MD对超重和肥胖人群的干预试验,探究MD对代谢健康、肠道微生物组和系统性代谢组的影响。采取与日常能量摄入一致的MD后,受试者血液胆固醇和血浆及尿液中肉碱水平的降低与MD的依从性成正比;同时MD导致了微生物组和代谢组的多种变化,如增加了降解膳食纤维的普氏粪杆菌和降低了潜在促炎的活泼瘤胃球菌。这一结论有助于制定改善代谢健康的饮食策略。
地中海饮食
随机对照干预试验
营养
代谢健康
Guangping Huang
低FODMAP饮食显著缓解静止期IBD患者的肠道症状
来自Gastroenterology上发表的一项最新RCT研究,在52名静止期IBD患者中进行了为期4周的干预,发现低FODMAP饮食可安全并有效地缓解患者的肠道症状,并改变肠道菌群的组成。
低FODMAP饮食
低FODMAP饮食显著缓解静止期IBD患者的肠道症状
来自Gastroenterology上发表的一项最新RCT研究,在52名静止期IBD患者中进行了为期4周的干预,发现低FODMAP饮食可安全并有效地缓解患者的肠道症状,并改变肠道菌群的组成。
低FODMAP饮食
CD
HR-QOL
IBS
UC
生物信息学工具
Nature子刊:带你玩转人微生物组和代谢组数据
本文介绍了一个曾被用于揭示肠道菌群在宿主胰岛素抵抗的背景下如何影响循环系统代谢物的数据挖掘方法。对应研究可参考此前日报中的报道:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1095814020)。
生物信息学工具
微生物组
代谢组
血液代谢组学
Ⅱ型糖尿病
宏基因组
利用宏基因组数据重建微生物泛基因组
宏基因组数据分析通常会受到参考基因组有限的阻碍(使用分箱、培养组学等方法可以解决一部分)。MSPminer 采用了一种新的思路,不再执着于构建某一物种的基因组,转而通过对丰度相同的基因聚类构建泛基因组(Pan-genome),并区分核心基因组和可变基因组基因。所得结果可用于下游的定性和定量分析。
宏基因组
泛基因组
生物信息学工具
C++
肠道菌群宏基因组
重度肥胖
减肥手术能否拯救重度肥胖患者的肠道菌群?
Gut近期发表一项临床研究,表明重度肥胖与较低的菌群基因组丰富度(MGR)有关,并鉴定出相关的菌群组成、血清代谢产物和菌群代谢通路特征。尽管手术可有效减肥并改善代谢指标,但大多数患者的MGR在术后并未恢复,提示需要其他干预手段帮助这类患者恢复菌群健康。
重度肥胖
菌群失调
减肥术
菌群基因丰度
Katherine T Fay
免疫球蛋白A(IgA)
Science子刊:人体缺少IgA对肠道菌群有什么影响?
IgA是人体含量最多的粘膜抗体,可保护肠道屏障免于致病菌的侵害。Science Translational Medicine本周上线的研究,分析了缺乏IgA的患者和健康个体的粪菌,患者肠道菌群的整体多样性不受影响,但存在轻度菌群失调,IgM可部分性弥补IgA缺失对菌群的影响。这些结果说明,IgA不仅能控制肠道感染,还参与塑造肠道菌群。
免疫球蛋白A(IgA)
肠道菌群
IgA
耐药基因
Microbiome:靶向性宏基因组分析大幅提高抗性组分析深度
这是Microbiome[IF:8.496]发表的关于利用靶向性宏基因组学研究抗性组的生物信息学方法学研究,值得专业人士重点关注。
耐药基因
宏基因组
肠型
Nature子刊:利用“肠型”对肠道菌群进行分类
这是Nature Microbiology发表的重要文献,包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家,针对“肠型”这个概念进行了新的探讨,以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖,我们仅简要介绍。特别推荐!
肠型
Trevor Beaudoin
Charles M Deber
血清代谢组学
Nature:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险
最新online的nature,关注肠道菌群如何影响血清代谢组、胰岛素抵抗、代谢和心血管疾病,值得一读。
血清代谢组学
胰岛素抵抗
支链氨基酸
转运蛋白
葡萄糖不耐受
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
去年Nature上的重量级研究,证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的。强烈推荐重温经典。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
Grace Hewon Shin
H7N9病毒感染及治疗对肠道菌群的影响
①完成了26个H7N9患者肠道菌群深度测序,其中抗生素治疗组(AB)17人和非抗生素治疗组(NAB)9人,构建了H7N9患者肠道菌群基因集;②阐明了H7N9病毒入侵导致病人肠道菌群的改变;③抗病毒物质,益生菌及抗生素治疗可以提高H7N9患者肠道有益菌的微生物多样性及丰度。
W H Wilson Tang
W H Wilson Tang
Diagnostic markers
秦楠等答同行学术质疑:代偿失调性肝硬化和肠道菌群
① 利用宏基因组方法分析了健康对照人群与不同程度肝硬化患者肠道菌群组成的差异;② 尽管代偿性肝硬化(CP)组和代偿失调性肝硬化(DP)组与健康对照组相比病情改变相似,但由于两者疾病严重程度不同,两组之间的肠道菌群组成存在明显差异;③ 该研究排除了糖尿病患者及饮食、药物等对肠道菌群组成的影响,对于潜在的影响因素需保持谨慎;④ 微生物组分析或可取代目前不完善的临床诊断参数和/或肝脏活组织检查等侵入性操作来诊断肝硬化。
Diagnostic markers
Zeneng Wang
Stanley L Hazen
舌苔
北大口腔陈峰团队:口臭儿童舌苔及唾液菌群研究
孩子有口臭,注意是不是口腔菌群失衡了。
舌苔
唾液
微生物群
儿童
口臭
Microbiology
肝硬化患者肠道菌群的变化
① 通过对比98名肝硬化患者和83名健康对照的肠道菌群构建肝硬化患者肠道菌群基因集,包含269万个基因,其中36.1%为首次发现;② 75245个基因在患者和健康对照的丰度不同,可分为66个代表细菌物种簇,在患者和健康组的富集分别为28和38个;③ 约54%肝硬化患者富集的菌种来自于口腔,暗示肝硬化患者口腔菌侵入到肠道的特征;④ 根据15个基因标记物定义了肝硬化“病人鉴别指数”,可以较高准确性区分肝硬化患者(AUC=0.918和0.838)。
Microbiology
Biomarkers
Genome informatics
Stanley L Hazen
W H Wilson Tang
参考基因
Nature子刊:在人类肠道中鉴定出近988万个微生物基因(2014)
2014年,以MetaHIT为班底的团队,特别是华大基因团队,在Nature Biotechnology上公布了截至当时最全的肠道微生物参考基因集,包含9879896个基因,这是令人震惊的数字!
参考基因
人肠道宏基因组
基因集数据库
metaHIT
Hsin-Jung Joyce Wu
饮食干预
Nature:菌群基因丰度越低,饮食干预减肥或越难起效
这是关于肥胖及超重个体的肠道菌群基因丰度与饮食干预相关性的重要研究,发表在2013年的Nature。四年前的文献,但对现在很多研究和转化工作依然具有重要的指导意义,值得认真读一读。
饮食干预
菌群基因丰度
二型糖尿病
Nature:二型糖尿病人的肠道菌群长啥样?(2012)
这是MetaHIT的核心成果之一,也是覃俊杰博士在2010年Nature第一作者论文之后的又一重量级研究成果,这开启了用MGWAS分析慢性疾病中肠道菌群的先河,随后大量慢病相关研究出现,包括2013年关于肥胖、2014年关于肝硬化的Nature article。
二型糖尿病
宏基因组相关研究的方法
宏基因组基因关联群组
宏基因组测序
Thomas Blank
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
经典回顾,这是MetaHIT抢在HMP团队之前在Nature上发出的第一个重量级阶段性研究成果,也是覃俊杰博士的成名之作,迄今被引用次数已近4000次。
人肠道宏基因组
Jacques Ravel
Jacques Ravel