低生物量

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微生物富集法

Nature子刊：微生物富集法或可助力处理高宿主率宏基因组样本？

宿主-微生物互作已经通过微生物分类分析与健康和疾病状态联系起来，主要是通过16S rRNA基因测序。然而，许多机制的见解仍然难以捉摸，部分原因是研究与哺乳动物组织相关的微生物基因组是困难的，因为这些样本中宿主与微生物DNA的比例很高。近日，美国加州理工学院研究人员在Nature Methods发表最新研究，描述一种微生物富集法，利用宿主和细菌细胞间的大小差异，利用机械应力（头部敲打）结合选择性裂解方案，进而有效去除高宿主率样本，在多个样本中测试性能较好，值得关注。

微生物富集法宏基因组样本研究论文基础研究高宿主污染

如何解决低微生物量菌群研究的实验污染问题？

测序技术的高灵敏度对于低微生物量的菌群研究是一把双刃剑，检测样本微的同时，也放大了样本中DNA污染的影响。Trends in Microbiology近期发表观点文章，对微生物组研究中的污染问题和解决方法进行了探讨，建议在研究和同行评审时采用RIDE核对清单（报告研究方法、设置对照、评估污染情况及其对下游分析的影响），来改善低微生物量研究的准确性。

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