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Metaproteomics
文章数:18篇
宏蛋白质组学
高通量的粪便宏蛋白质组学方法,助力大规模临床研究
mSystems上发表的一项研究,报道了一种高通量的粪便蛋白质组分析流程——SHT-Pro,具有可定量、可重复、高效率等优点,或能助力粪便蛋白质组学在大规模临床研究中的应用。
宏蛋白质组学
Diet
fermented
fiber
high-throughput
小檗碱
小檗碱及其结构类似物对肠道菌群功能的影响
Gut Microbes上发表的一项最新研究,分析对比了小檗碱及其16种结构类似物在体外对肠道菌群功能的影响,发现小檗碱及其结构类似物对菌群的影响存在个体差异,且不同的化合物对菌群功能也有着不同影响。
小檗碱
gut microbiome
Functionality
Butyrate
Akkermansia
药物-菌群互作
快速测定个体肠道菌群药物反应的新方法
很多口服药物都可以影响肠道菌群的组成和功能,《Microbiome》发表的一项研究介绍了一种称为RapidAIM的体外检测方法,可测定药物对人体肠道菌群的组成和功能的影响。
药物-菌群互作
gut microbiome
Drug response
In vitro culturing
Metaproteomics
差异裂解法
差异裂解法可为肠道宏蛋白质组学选择性提取种类特定的蛋白
菌群的宏蛋白质组检测是对菌群的功能性检测,而目前,针对丰度较低的菌群及其功能产物的研究常被忽略,Analytical Chemistry的这篇文章通过差速离心增加人体粪便细菌的提取量,然后使用两种五步差异裂解法DL1和 DL2。DL1和DL2的五步里均有逐步增加的SDS浓度(0,0,1%,2%,4%),但DL1前4步均有1分钟超音波,而DL2没有,二者的第五步均有一个10分钟的超音波。发现细胞壁较厚的革兰氏阳性菌提取量随SDS的增加而增加,而细胞壁较薄的革兰氏阴性菌的提取量则随SDS的增加而减少,相应的,蛋白种类和数量也因为提取方法的不同而不同。作者在这里给我们提供了一个可供参考的粪便蛋白提取方案,可根据我们的不同需求调整。
差异裂解法
人体粪便蛋白提取
gut microbiome
Metaproteomics
Differential lysis
2型糖尿病
国内团队:前驱糖尿病与未治疗2型糖尿病患者的肠道菌群变化
来自深圳华大基因研究院团队与苏州疾控中心团队合作在EBioMedicine上发表的一项最新研究,通过对未经治疗的2型糖尿病患者、前驱糖尿病患者及血糖正常的健康人的肠道宏基因组及宏蛋白组进行分析对比,鉴定出了2组患者在肠道菌群及功能上的变化。
2型糖尿病
metagenomics
Metaproteomics
prediabetes
Treatment-naïve type 2 diabetes
败血症
国内团队:败血症患者的肠道菌群变化
来自南方医科大学及珠江医院的团队在FASEB Journal上发表的一项最新研究,鉴定出了败血症患者的肠道菌群组成及功能的特定变化,并通过粪菌移植实验证实,肠道菌群紊乱可促进败血症中的器官炎症及损伤。
败血症
Gut microbiota
metabolomics
Metaproteomics
败血症
口腔菌群
牙菌斑及牙结石菌群的差异
来自Microbiome上发表的一项最新研究,分析对比了牙菌斑与牙结石菌群组成及功能的差异,并对比了现代人与古代人的牙结石菌群。
口腔菌群
Ancient dental calculus
metagenomics
Metaproteomics
Oral microbiome
细菌互作
解读沼气发酵设备中的微生物互作
复杂的微生物代谢网路参与沼气发酵。《Microbiome》近期发表研究,利用蛋白质组学技术,发现沼气发酵器中的菌群结构收到细菌-古菌共栖互作、噬菌体-细菌互作的共同影响。该结果对于阐释沼气发酵古城中的微生物互作具有参考价值。
细菌互作
噬菌体-细菌相互作用
Anaerobic Digestion Model 1
Anaerobic digestion
Metaproteomics
IBD
缓解期克罗恩病患者的肠道宏蛋白组的功能稳定性及冗余性
Microbiome上发表的一项最新研究,对5名手术后处于缓解期的克罗恩病患者的肠道宏蛋白组进行了为期1年的纵向分析,发现虽然肠道宏蛋白组在不同个体、同一个体的不同时间点均表现出差异,但有着稳定且保守的核心功能,并且,核心功能表现出了门水平上的功能冗余。
IBD
Crohn’s disease
gut microbiome
human microbiome
Longitudinal analyses
益生菌
补充混合益生菌,可改善抗生素治疗和剖腹产婴儿的肠道菌群
剖腹产和早期抗生素使用,影响婴儿正常的肠道菌群建立,可对健康产生长期潜在危害。Microbiome近期发表一项临床试验,发现给怀孕母亲及其婴儿补充含有4种市售益生菌株(短双歧杆菌Bb99、费氏丙酸杆菌舍氏亚种JS、鼠李糖乳杆菌Lc705、鼠李糖乳杆菌GG)的混合益生菌,搭配母乳喂养,可修正或改善抗生素治疗或剖腹产对婴儿肠道菌群造成的不良影响。这些发现或有临床应用价值,值得专业人士关注。
益生菌
BIFIDOBACTERIA
Early-life microbiota
Lactobacilli
metagenomics
小儿炎症性肠病
Nature子刊:小儿IBD中人体和菌群的蛋白质组特征
Nature Communications上线的最新研究,分析了小儿炎症性肠病(IBD)中,肠道粘膜和肠腔交界抽出物样本中的人体和菌群的蛋白质组,表明肠道的胞外囊泡蛋白质组变化与IBD中宿主-菌群的异常互作相关。
小儿炎症性肠病
蛋白质组
胞外囊泡
肠道菌群
普氏栖粪杆菌
溶质转运蛋白
PNAS:大西洋海水菌群的溶质转运蛋白
这是PNAS发表的结合利用宏蛋白组与宏基因组分析研究大西洋海水菌群中特定类型蛋白质的研究,值得专业人士关注,特别推荐。
溶质转运蛋白
Atlantic Ocean
deep sea
Metaproteomics
organic matter
地衣菌群
Microbiome:地衣菌群的组成与功能
针对地衣里的菌群的研究,特别推荐。
地衣菌群
Amplicon sequencing
Lichen symbiosis
Lobaria pulmonaria
metagenomics
功能
Microbiome:宏蛋白质组学揭示健康人肠道菌群的功能
最近关于宏蛋白质组学的研究越来越多发出,Microbiome上的的这篇,又是其中的优秀作品,对健康人肠道菌群的功能进行了一定的研究,很值得深读。特别推荐!
功能
宏蛋白组学
Faecalibacterium
Gut microbiota
Metabolic pathway
早产婴儿
Microbiome:早产婴儿生命早期的宏蛋白质组学分析
这是针对早产儿的宏蛋白质组分析研究,很值得一读,特别推荐。
早产婴儿
代谢
Metaproteomics
Human infant gut
Shotgun proteomics
cognition
Cell子刊:婴儿肠道菌群如何影响认知能力?
肠道微生物群与神经发育之间存在关系,但其潜在机制尚未确定。近期发表于Cell Host and Microbe的一项研究利用代谢组学等方法揭示了婴儿认知和肠道微生物群之间的联系,进一步分析发现肠道菌群可能通过调节组氨酸代谢影响婴儿的认知能力。
cognition
Gut
Infant
microbiota
Germ-free mice
gut microbiome
FM:盲肠菌群和粪便菌群很不同
绝大多数的“肠道”菌群研究,用的分析样本是粪便,事实上从盲肠到直肠,空间距离很长,菌群也是有区别的,这项研究的结果也证明如此。
gut microbiome
metabolic pathways
metagenomics
Metaproteomics
microbial community
Bioinformatics
Microbiome:序列数据库或严重影响宏蛋白组研究
菌群相关研究,不管是宏基因组还是宏蛋白组,都有赖于序列数据库,而选择哪个数据库作为参照,对结果影响可能很大。
Bioinformatics
Gut microbiota
Mass spectrometry
metagenomics
Metaproteomics