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Qiyun Zhu
文章数:6篇
益生菌植物乳杆菌HNU082
张家超+Rob Knight:趋同进化vs.差异调节-益生菌的适应性突变
益生菌在宿主肠道内定植适应的机理尚不清晰,特别是缺乏其遗传进化的体内研究。海南大学张家超团队与UCSD的Rob Knight合作在Microbiome上发表文章,以植物乳杆菌HNU082(Lp082)为益生菌模型菌株,揭示其在不同宿主肠道中高度趋同的适应过程和策略。相反,宿主肠道菌群对Lp082的引入呈现出不同反应与互作。而作为‘暂驻菌’,益生菌的引入对肠道常驻菌群遗传组成的影响常常被忽略。
益生菌植物乳杆菌HNU082
进化适应
研究论文
分子标识
Nature子刊:三代测序实现高精度的长读长扩增子测序
丹麦奥尔堡大学Mads Albertsen研究团队近日取得一项新成果,他们使用Nanopore或PacBio测序的独特分子标识技术完成了高精度长读长扩增子测序。相比于短读长测序技术,针对基因组长区域的高通量扩增子测序仍具有挑战性。在本研究中,研究人员开发了一种高通量扩增子测序方法,该方法结合了独特分子标识(UMIs)与牛津纳米孔技术(ONT)或Pacific Biosciences环形共有序列,可获得大基因组区域内高精度单分子共有序列。
分子标识
牛津纳米孔技术
长读长
嵌合体
单分子
城市化
Nature子刊:城市化如何影响家庭中的化学物质和微生物群落?
城市化进程对人类的文化和健康都有巨大影响。Nature Microbiology近期发表的一项研究,通过代谢组学和测序分析,评估了城市化对房屋和人体的化学物质暴露和包括细菌、真菌和微真核生物(如:单细胞寄生虫)在内的微生物群落的影响,以及化学物质暴露与微生物群变化的关系。该研究重点分析了真菌群落组成和多样性的变化,发现化学制剂(如清洁剂、抗菌剂)的使用与城市化相关的微生物群改变和室内真菌多样性的增加有关。
城市化
环境菌群
微生物组
人体菌群
Juan José Alba-Linares
肠-脑轴
精神分裂症超高危者的肠道菌群与脑磁共振波谱变化
精神分裂症的发病机制尚未明确,“膜假说”的核心是:细胞膜合成的减少及降解的增加导致了信号传导异常。European Psychiatry上发表的一项最新研究,对精神分裂症高危者的肠道菌群及大脑磁共振波谱进行了分析,发现了肠道菌群组成的变化及前扣带回中的胆碱水平差异。该结果支持了“膜假说”,并提示菌群-肠-脑轴在精神分裂症发病中的潜在影响。
肠-脑轴
精神分裂症
Magnetic resonance spectroscopy
Microbiome
schizophrenia
宏基因组分析方法
Nature子刊:菌群系统发育分析的方法
复杂菌群中的个体并非是孤立存在的,而是具有一定亲缘关系的。因此,在分析菌群表型时理应将物种之间的系统发育信息考虑进来。Nature Microbiology上的这篇综述总结出4种不同的研究问题和分析方法,更在网站上在线提供了具体分析流程,是进行菌群数据系统发育分析时非常有价值的参考材料。
宏基因组分析方法
系统发生学
菌群分析方法
一文读懂:Rob Knight手把手指导菌群研究(必读综述)
菌群研究和分析方法日新月异,本文系统性地介绍了菌群研究的实验设计、方法选择和数据分析方式,在列举和比较大量研究方法的同时,指出了目前OTU分析、菌群丰度分析和相关性分析的缺陷,强调数据共享、方法标准化的重要性。文中提及大量最新研究、分析方法和平台,指导作用强,值得专业人士参考。
菌群分析方法
多组学分析
Jordi Merino
Jordi Merino