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Pieter C Dorrestein
文章数:12篇
脊柱关节炎
IL-17单抗治疗可促进脊柱关节炎患者的肠道菌群紊乱和肠道炎症
先前的研究表明,IL-17A单抗治疗与克罗恩病的恶化相关。Arthritis and Rheumatology上发表的一项最新研究,对接受TNF抑制剂及IL-17A单抗治疗的脊柱关节炎患者进行分析后发现,IL-17A治疗与患者的肠道菌群失调、白色念珠菌增加及肠道炎症相关。
脊柱关节炎
Candida
IL-17 inhibitor
Microbiome
Psoriatic arthritis
微生物-代谢物互作
mmvec神经元网络算法评估微生物-代谢物的互作
Nature Methods的这篇文章介绍了神经元网络mmvec在多组学研究中的使用。传统的统计学方法过度简化数据,容易造成大量假阳性结果,而微生物组和代谢组数据均为成分性数据,更加剧了分析误差的可能性。作者Rob Knight团队提出的mmvec神经元网络能够通过学习代谢物和微生物同时出现的概率,对代谢物与微生物互作进行评级,并可视化显示分析结果。作者随后对mmvec进行使用验证,证明mmvec在分析效用上显著优于目前常用方法。推荐需要多组学分析研究的读者尝试(https://github.com/biocore/mmvec)!!
微生物-代谢物互作
神经元网络算法mmvec
I M Moreno
I Martín-Carrasco
城市化
Nature子刊:城市化如何影响家庭中的化学物质和微生物群落?
城市化进程对人类的文化和健康都有巨大影响。Nature Microbiology近期发表的一项研究,通过代谢组学和测序分析,评估了城市化对房屋和人体的化学物质暴露和包括细菌、真菌和微真核生物(如:单细胞寄生虫)在内的微生物群落的影响,以及化学物质暴露与微生物群变化的关系。该研究重点分析了真菌群落组成和多样性的变化,发现化学制剂(如清洁剂、抗菌剂)的使用与城市化相关的微生物群改变和室内真菌多样性的增加有关。
城市化
环境菌群
微生物组
人体菌群
Juan José Alba-Linares
天然产物
Cell子刊:挖掘菌群天然产物的新工具
核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPP)是一类天然产物,微生物是其重要来源,在医药和食品工业上有广泛应用前景;但目前对这类物质的发掘存在局限性。Cell Systems报道的一种软件工具——MetaMiner,可通过分析同一微生物群落的宏基因组和质谱数据,来挖掘其中的已知和未知RiPP。
天然产物
ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides
computational mass spectrometry
metagenomics
natural products discovery
皮肤菌群
护肤品对皮肤化学及菌群的影响
BMC Biology上发表的一项最新研究,研究了几款不同的护肤品对皮肤化学物质及皮肤菌群(包括细菌及古菌)的影响。
皮肤菌群
16S rRNA sequencing
bacteria
Mass spectrometry
metabolomics
菌群分析平台
Nature子刊:菌群分析新手的可用工具
Rob Knight是菌群数据分析的大牛,其开发的QIIME工具是最受欢迎的分析工具之一。为了让完全不懂生物信息学的同学上手,他和团队新推出了一个在线工具,值得您拥有。
菌群分析平台
生物信息学工具
Naiara Beraza
Anna Isaacs‐Ten
Marta Echeandia
微生物生态学
Science子刊:分析化学梯度对CF患者肺部菌群的影响,有望带来新疗法
囊性纤维化(CF)是一种遗传疾病,患者的粘液分泌发生改变,易发生肺部感染,伴随肺部菌群的改变。Science Advances近期发表研究,用环境微生物学的技术和思路,从整体上研究CF患者失调的肺部菌群特征和潜在干预方法,表明氧气和pH梯度对菌群结构和代谢的影响,或可用于开发新疗法。
微生物生态学
囊性纤维化
肺部菌群
化学梯度
微生物发酵系统
阻塞性睡眠呼吸暂停
睡眠呼吸暂停可能影响肠道菌群和代谢物
来自mSystems上发表的最新研究,发现睡眠呼吸暂停引起的间歇性低氧可改变小鼠的肠道菌群组成及代谢产物,提示肠道菌群可能在睡眠呼吸暂停与心血管代谢紊乱的关联中起作用。
阻塞性睡眠呼吸暂停
Rui Chen
Shenshen Wu
菌群分析方法
一文读懂:Rob Knight手把手指导菌群研究(必读综述)
菌群研究和分析方法日新月异,本文系统性地介绍了菌群研究的实验设计、方法选择和数据分析方式,在列举和比较大量研究方法的同时,指出了目前OTU分析、菌群丰度分析和相关性分析的缺陷,强调数据共享、方法标准化的重要性。文中提及大量最新研究、分析方法和平台,指导作用强,值得专业人士参考。
菌群分析方法
多组学分析
Jordi Merino
Jordi Merino
DNA测序
Nature:精准诊断和治疗疾病,MWAS来帮忙!
① DNA测序、代谢组、蛋白组和计算工具快速发展,推动微生物组与疾病相关联;② 时间序列研究和多分子视角促进MWAS发展,已有研究支持MWAS的可靠结果;③ 对精准诊断和治疗来说,应充分理解微生物组和饮食、化学、健康的复杂关系,并要确定记录和整合这些动态变化的检测频率;④ 特别提出MWAS的原则。
GWAS
MWAS
DNA测序
代谢组
蛋白组
国家微生物组计划
ACS Nano:美国国家微生物组计划的技术路线图
在公布美国国家微生物组计划之前,相关重量级科学家在美国化学学会的高水平杂志上发表了这篇长达32页的文章,全面阐述微生物组计划要施行需要遵守什么技术路线。这篇文章涉及微生物组研究的方方面面,致力于成为本领域专家的人、想了解波澜壮阔的微生物研究要掌握哪些技术,这是必读的纲领性文献之一!
国家微生物组计划
技术路线图
方法学
纳米科学
纳米技术
联合微生物组计划
Science:呼吁发起“联合微生物组计划”
这是美国科学家在“国家微生物组计划”启动之前在Science上呼吁启动“联合微生物组计划”的文章,很值得没看过的人看一看,看看这样的大型计划会关注哪些领域,要有什么人参与,需要什么资源。
联合微生物组计划
人类微生物组计划
Kenya Honda
Dan R Littman