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Hera Vlamakis
文章数:31篇
菌群-免疫互作
肠道菌群影响卡介苗诱导的免疫应答
卡介苗诱导的免疫应答具有较大的个体差异,而肠道菌群被认为可能影响疫苗应答。Genome Biology上发表的一项最新研究结果,发现卡介苗诱导的非特异性及特异性免疫应答与特定的肠道细菌分类群相关。
菌群-免疫互作
疫苗
研究论文
基础研究
队列研究
ADP-核糖基转移酶
Cell子刊:ADP-核糖基转移酶作为适应性因子,如何促进细菌定植?
细菌ADP-核糖转移酶(ADPRTs)被认为是一种通过修饰宿主蛋白参与发病机制的毒素。Cell Host and Microbe发表的文章,发现ADPRTs广泛存在于人类肠道微生物群中,经常与噬菌体元件相关,并作为活性酶分泌。拟杆菌中丰富的ADP-核糖基转移酶Bxa是一个适应性因子,有助于细菌自身的定植。此外,Bxa可靶向上皮细胞中的非肌球蛋白II,重塑肌动蛋白细胞骨架,诱导肌苷分泌。本研究结果提示,深入了解ADPRTs以及这些酶在其他细菌中的作用,或对未来宿主-微生物相互作用的研究提供新思路。
ADP-核糖基转移酶
肠道微生物组
肠道菌群
Nature子刊:肠道菌群介导的代谢影响免疫
Nature Communications近期发表的文章,对非洲农村和城市人群以及西方人群进行分析,揭示出肠道菌群差异和代谢差异,以及菌群-代谢物-细胞因子反应之间的相关性。
肠道菌群
农村
城市
免疫
炎症性肠病
Cell子刊:菌群如何影响IBD生物疗法应答
生物制剂(如抗细胞因子和抗整合素制剂)可用于治疗炎症性肠病(IBD),但患者应答存在个体差异,目前仍缺乏预测治疗效果的标志物。Cell Host and Microbe近期发表的一项多组学前瞻性研究,鉴定了可以预测IBD患者进行抗细胞因子或抗整合素治疗疗效的粪便宏基因组学、血清的代谢组学和蛋白质组学的标志物,并揭示了其背后可能的菌群机制,表明菌群的胆汁酸代谢功能可能影响抗细胞因子治疗的效果。
炎症性肠病
多组学
肠道菌群
生物标志物
治疗应答
活泼瘤胃球菌
活泼瘤胃球菌驱动炎症反应与荚膜多糖密切相关!
目前,尚不清楚活泼瘤胃球菌(R. gnavus)对IBD疾病的影响。PNAS近期发表的文章,发现表面包被荚膜多糖的R. gnavus细菌能抑制炎症反应,相反,表面不含荚膜多糖的R. gnavus会促进炎症反应。这项工作从分子层面阐述了R. gnavus与IBD疾病的关系,或为IBD潜在的治疗干预提供新的见解。
活泼瘤胃球菌
荚膜多糖
炎症
树突状细胞
菌群-免疫互作
1型自身免疫性多内分泌腺综合征患者的肠道菌群变化
1型自身免疫性多内分泌腺综合征(APS-1)是一种罕见的多器官自身免疫疾病,因AIRE基因突变导致免疫耐受丢失而导致,通常可表现出胃肠道症状。Journal of Allergy and Clinical Immunology上发表的一项最新研究,对比鉴定了APS-1患者的肠道菌群变化,并发现部分APS-1相关OTU与胃肠道症状及抗细胞因子自身抗体水平相关。经益生菌干预后,部分与胃肠道症状相关的OTU减少。
菌群-免疫互作
自身免疫性多内分泌腺综合征
研究论文
基础研究
队列研究
菌群-免疫互作
一种罕见自身免疫病的菌群特征
IgG4相关疾病(IgG4-RD)和系统性硬化(SSc)是罕见的自身免疫疾病,以血液中存在CD4+ 细胞毒性T细胞、多器官炎症及纤维化为特征。Genome Medicine上发表的一项最新研究,对比鉴定了IgG4-RD患者与SSc患者的肠道菌群组成及功能的变化,发现与其它自身免疫疾病或炎症性疾病(如多发性硬化、类风湿关节炎、IBD)的患者不同,IgG4-RD患者与SSc患者有着独特且类似的菌群特征。
菌群-免疫互作
自身免疫疾病
系统性硬化
IgG4相关疾病
研究论文
Microbiome:PMA-seq或不能准确定量微生物群落活性
这是发表在Microbiome上的一份工作,作者对目前广泛应用于测序前清除胞外DNA的单叠氮化丙锭(PMA)技术进行了评价,将其应用于人工合成微生物群落和环境微生物群落。结果表示PMA-seq能够定量重建简单的人工合成群落,但在复杂环境群落中总出现失真,该结果受初始生物量、样品类型和组成多样性等影响,同时PMA处理前后,有部分微生物会出现相应即发生显著变化,当微生物来自不同的生态系统时,PMA的响应性差异很大,不同的研究中在相似的环境中是可复制的。这份工作系统评估了PMA-seq的重建能力,建议PMA-seq仅用于简单合成群落半定量或复杂群落的定性研究。
粪菌移植
菌株定殖影响粪菌移植对克罗恩病的疗效
越来越多的证据表明粪菌移植或是一种治疗克罗恩病(CD)的有效手段。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究,对8名接受粪菌移植治疗的CD患者在移植前后的粪便菌群进行分析后发现,特定菌株的定殖或丢失与患者的复发相关,其中部分放线菌门菌株的定殖与更好的结局相关,而拟杆菌门菌株的定殖则与较差的结局相关。
粪菌移植
Crohn’s Disease (CD)
Fecal microbiota transplantation (FMT)
relapse
metagenomes
炎症性肠病
Nature子刊:找出促进IBD菌群失调的代谢物
代谢物是肠道菌群与宿主双向互作中的关键介导因素。代谢物如何影响肠道菌群的组成和功能,仍有很多未知。Nature Microbiology近期发表的一项研究,分析了在炎症性肠病(IBD)中含量改变的代谢物如何影响在IBD中丰度改变的肠道细菌的生长。研究发现,IBD中增多的一类代谢物——N-酰基乙醇胺,可促进IBD患者中富集的细菌增殖,使得肠道菌群组成变得类似IBD患者菌群。以这类代谢物为靶点,或有助于改善IBD相关的肠道菌群失调。
炎症性肠病
宿主-菌群互作
代谢物
肠道菌群
Ana Maldonado-Contreras
代谢组学
Nature子刊:基于扩增子或宏基因组测序,预测菌群代谢组
分析菌群代谢组有助于阐释菌群功能,但是对大规模样本进行代谢组学分析还是比较困难且昂贵的。Nature Communications近期发表一项研究,开发了一种算法,可通过机器学习,基于宏基因组或扩增子数据来预测菌群的代谢组,值得专业人士关注。
代谢组学
宏基因组学
微生物组
机器学习
Chengjia Qian
IBD
Nature Reviews:IBD中的菌群因素(综述)
Nature Reviews Microbiology上发表的一篇综述文章,详细介绍了菌群(包括细菌、真菌、病毒)在IBD的发生发展中起到的调节作用及调节机制,并讨论了靶向菌群以治疗IBD的潜在可能。
IBD
IBD
IBD microbiota research
Jiuna Zhang
Xiaoyu Jiang
IBD
与克罗恩病相关的活泼瘤胃球菌可产生促炎症性多糖
活泼瘤胃球菌的丰度增加与克罗恩病患者的症状严重程度相关,但背后的机制尚未明确。来自PNAS上发表的一项最新研究,发现活泼瘤胃球菌可产生一种促炎症性多糖glucorhamnan,可以TLR4依赖性方式诱导树突细胞分泌TNF-α。
IBD
INFLAMMATORY BOWEL DISEASE
Microbiome
Polysaccharide
菌群-免疫互作
细菌-宿主互作
Cell子刊:拟杆菌鞘脂有助于维持肠道稳态
鞘脂类是细菌重要的结构物质,也是真核生物的信号物质。《Cell Host and Microbe》近期发表研究,拟杆菌对维持肠道稳态的作用依赖于表面鞘脂的合成。该研究不仅揭示了肠道细菌-宿主互作的一种新机制,还详细阐述了新的细菌鞘脂的合成通路,值得参考。
细菌-宿主互作
肠源鞘脂神经酰胺
sphingolipids
Microbiome
Bacteroides
肠道菌群-免疫系统互作
Nature:诱导CD8 T细胞的11株肠道菌,或能强化癌症治疗
肠道菌群与免疫息息相关,Nature发表的一项最新研究,从健康人粪便中分离出11株低丰度细菌(7个来自拟杆菌目),在小鼠肠道内共定植时,能有效诱导具有细胞杀伤功能的IFN-γ+ CD8 T细胞,增强对致病菌感染的抵抗力,并显著促进免疫检查点抑制剂的抗肿瘤效果,或许未来能用于辅助治疗癌症和感染等疾病。
肠道菌群-免疫系统互作
Microbiome
Mucosal immunology
肠道菌群
CD8+ T细胞
克罗恩病
特定克罗恩病相关SNP的潜在致病机制
eLife上发表的一项最新研究,对一个克罗恩病风险等位基因——ATG16L1 T300A的潜在致病机制进行了分析,发现T300A可改变肠道菌群组成,增加拟杆菌属(尤其是卵形拟杆菌)的丰度,并增强肠道Th1及Th17细胞的应答。
克罗恩病
ATG16L1T300A
Bacteroides
Bacteroides ovatus
CROHN'S DISEASE
细菌适应性
Science:肠内生存不易,倒位子或是细菌适应肠道环境的利器
细菌如何适应变化的环境?Science发表的最新研究表明,一种称为倒位子(inverton)的遗传元件可能在肠道菌适应肠内环境中有重要作用。含有启动子的倒位子可翻转方向,使其调控的基因表达状态在“开”和“关”之间切换,从而在需要的时候让细菌表达有利于其生存的基因,比如与细菌表面结构分子和抗生素耐药性有关的基因,前者有助于细菌-环境(比如宿主免疫)互作,后者能帮细菌抵御抗生素的毁灭性打击,从而使细菌更好的在肠道等宿主环境中安居。
细菌适应性
倒位子
启动子
细菌-宿主互作
抗生素耐药基因
肠道菌群建立
Nature子刊:人类幼年的肠道菌群基因组和功能具有高度多样性
肠道菌群的早期建立对研究菌群结构和功能具有重要意义。本研究利用DIABIMMUNE研究中从芬兰、爱沙尼亚和俄罗斯收集到的儿童菌群数据数据,研究了微生物基因组多样性对肠道微生物组发育的影响,重点阐释了拟杆菌属、双歧杆菌属的多样性和差异性,在菌株水平拓展了对菌群早起建立的认识,值得参考。
肠道菌群建立
儿童肠道菌群
拟杆菌
双歧杆菌
炎症性肠病
Nature子刊:IBD的肠道宏基因组与代谢组
炎症性肠病(IBD)相关的肠道菌群研究,今年取得了不少进展。美国Broad Institute的牛人Ramnik J. Xavier团队,本周在Nature Microbiology发表了最新研究,用非靶向代谢组学和宏基因组学方法,分析了克罗恩病和溃疡性结肠炎患者以及非IBD个体的粪便样本,鉴定出与IBD相关的代谢物、菌群物种和酶,以及彼此间的关联,建立了基于代谢组和宏基因组的预测模型,并且这些发现在另一个独立队列样本中也大多得到验证,为深入研究IBD中菌群与代谢物的关联和机制打下基础,也提供了不少潜在的IBD诊断标志物和治疗靶点。
炎症性肠病
克罗恩病
溃疡性结肠炎
队列研究
肠道微生物组
Nature:早发1型糖尿病的早期菌群特征
1型糖尿病(T1D)是一种自身免疫疾病,与遗传和环境因素有关。TEDDY研究是一项美国和欧洲的多中心纵向队列研究,分析有T1D遗传风险的婴幼儿的肠道菌群等潜在T1D风险因素。Nature刚刚上线两项基于该队列的研究,本研究主要分析了与T1D相关的肠道菌群功能和组成特征,表明短链脂肪酸对T1D有潜在预防作用。该研究也分析了婴幼儿期肠道菌群发育的规律,不妨与另一项研究(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1083526450)搭配阅读。
1型糖尿病
Nature:早发1型糖尿病的早期菌群特征
1型糖尿病(T1D)是一种自身免疫疾病,与遗传和环境因素有关。TEDDY研究是一项美国和欧洲的多中心纵向队列研究,分析有T1D遗传风险的婴幼儿的肠道菌群等潜在T1D风险因素。Nature刚刚上线两项基于该队列的研究,本研究主要分析了与T1D相关的肠道菌群功能和组成特征,表明短链脂肪酸对T1D有潜在预防作用。该研究也分析了婴幼儿期肠道菌群发育的规律,不妨与另一项研究(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1083526450)搭配阅读。
1型糖尿病
TEDDY研究
婴儿肠道菌群
母乳喂养
Chikako Shimokawa
小儿溃疡性结肠炎
Cell子刊:肠道菌群与溃疡性结肠炎的程度和疗效相关
现有疗法对不少溃疡性结肠炎(UC)患者效果有限,Cell Host and Microbe本周发表的一项人体研究,对400多名初诊UC患儿进行追踪,发现发病时肠道菌群的组成与疾病程度和对治疗的应答存在关联,治疗过程中菌群的变化也与患儿对治疗的应答相关。虽然菌群与UC间的因果性仍待验证,该研究鉴定出的菌群标志物,应可用于为UC患者制定个性化治疗方案。
小儿溃疡性结肠炎
gut microbiome
pediatric ulcerative colitis
treatment-naive
disease course
母婴肠道细菌传递
Cell子刊:孩子继承母亲的肠道细菌有什么规律?
Cell Host and Microbe刚刚上线的另一项母婴菌群传递的研究中,在44对母婴中,在菌株水平揭示了母亲向孩子传递肠道细菌的两种主要模式及决定因素,并分析了抗生素耐药基因在母婴间传播的情况。
母婴肠道细菌传递
菌株水平分析
抗生素耐药基因
gut microbiome
Cristina Palacios
婴儿菌群
Cell子刊:婴儿的菌群发育,母亲的直接贡献很大
Cell Host and Microbe刚刚上线一项母婴菌群纵向传递的研究,结合宏基因组学和菌株水平的计算方法,表明母亲身体多个部位的菌群参与了婴儿口腔和肠道菌群的发育,其中母亲的肠道菌群贡献最大,婴儿自身的生理环境选择也对菌群塑造有重要作用。
婴儿菌群
母婴传播
菌株水平分析
Infant microbiome
Shotgun metagenomics
菌群代谢产物
菌群代谢物抗坏血酸盐可抑制活化T细胞的能量代谢
菌群代谢物可影响免疫,包括CD4+ T细胞功能。Mucosal Immunology[IF:7.478]近期发表研究,发现克罗恩疾病中,菌群代谢物可影响T细胞生物活性,其中抗坏血酸盐可抑制活化的CD4+ T细胞,或为相关治疗方法提供启示。
菌群代谢产物
抗坏血酸盐
克罗恩病
Benjamin Callahan
Benjamin Callahan
人类微生物组计划
GM:遗传因素对不同部位菌群的影响不一样
人体菌群在多大程度上受遗传因素的影响?近期Genome Medicine[IF:7.071]上线的研究表明,菌群组成与遗传因素的相关性,在人体不同身体部位间存在差异,其中,肠道和口腔菌群可能受宿主遗传的影响较大。这些发现进一步加深了对宿主-菌群相互作用的认识理解,值得关注。
人类微生物组计划
遗传因素
Association studies
Human Microbiome Project
Human genome sequence
炎症性肠病(IBD)
Nature子刊:转录组揭示IBD患者的菌群基因表达水平复杂性
这是Nature Microbiology发表的关于利用宏转录组分析工具揭示炎症性肠病(IBD)患者的肠道菌群基因表达水平差异的研究,充分说明了要结合宏基因组与转录组,才可能真正充分揭示菌群在疾病中的作用机制。只是了解了菌群的物种和基因组成,而不分析基因转录水平的差异,可能并不能充分揭示菌群的规律。很重要的宏转录组研究,特别推荐!
炎症性肠病(IBD)
宏基因组
宏转录组
菌群功能
Mathias Chamaillard
炎症性肠病
Nature子刊:IBD患者的菌群差异,或更多在转录组层面
这是Nature Microbiology发表的关于炎症性肠病患者的宏转录组研究,这是首次大规模分析IBD患者的宏转录组,发现很多基因组丰度不突出的微生物,却可能因为转录组水平高而对健康或疾病起到关键性作用。这或许是会掀起2018年宏转录组研究论文高潮的开篇,我们可以期待今年看到更多相关研究。
炎症性肠病
宏转录组
Xin Li
Iliyan D Iliev
氧化应激
GM:IBD患者肠道里富集的活泼瘤胃球菌
这是Genome Medicine[IF:7.071]发表的针对IBD患者肠道菌群的分析,明确活泼瘤胃球菌的富集,值得专业人士关注。
氧化应激
炎症性肠病
活泼瘤胃球菌
Alexander Khoruts
Michael J Sadowsky
表型
Nature子刊:人类功能基因组计划全力推动免疫研究
2013年,人类功能基因组计划(HFGP)启动,已在队列研究中获得健康人和患者的临床数据、免疫表型(细胞和体液免疫)、基因组(GWAS SNP表型)、微生物组和代谢组数据,并建立了宿主DNA和RNA、粪便、血清、血浆和尿液的样本库,这会推动免疫学的研究,也一定会推动微生物组的研究。
表型
代谢组
人类功能基因组计划
Eric Vivier
Gabrielle T Belz