Trevor D Lawley

抗生素耐药菌是目前人类面临的重大健康威胁之一。抗生素滥用是导致耐药菌产生的重要的原因之一。当患者使用抗生素时，会导致肠道菌群组成的变化。在清除大多数的抗生素敏感型共生菌和致病菌的同时，会导致具有抗性基因（ARG）的共生菌不断富集。而有研究显示，这些具有抗性的共生菌可能通过移动遗传元件（MGE）的水平基因转移（HGT）而使得致病菌获得抗性。近年来，尽管在该领域人们已经发现一些HGT转移ARG的事件。但对人类肠道共生菌和致病菌之间的HGT的真实规模，和高风险的MGE认知不足。近期一篇发表在Nature子刊Nature Communications上的研究工作，系统地研究了病原菌和共生菌之间的HGT程度和规模，重点研究了ARG相关MGE的特征。该研究工作建立了MGE介导的ARG在人类肠道共生菌和病原菌之间的传播网络，提出广泛宿主范围的MGE应作为潜在ARG传播的管理目标。

可移动遗传元件（MGEs）致病菌与肠道共生菌的关系水平基因转移（HGT）抗生素抗性基因 (ARGs) 研究论文

小鼠胃肠道细菌目录

Cell子刊：人鼠肠道菌群如何转化？看小鼠肠道细菌目录

Cell Host and Microbe最新发表文章，发现虽然人鼠肠道菌群间共享的细菌种类不到3%，但根据该文开发的小鼠胃肠道细菌目录MGBC，可识别宿主特异性微生物群间功能最相近的菌种，大大促进人鼠微生物组研究的转化，并提供了线上工具包。

小鼠胃肠道细菌目录肠道微生物群转化研究论文

低FODMAP饮食

肠道菌群或可预测IBS患者对低FODMAP饮食的应答

低FODMAP饮食对肠易激综合症（IBS）患者有益。来自Gut上发表的一项最新研究，对比了56名IBS患者在低FODMAP饮食干预前后的粪便菌群变化，发现干预前的肠道菌群组成及功能与患者对低FODMAP饮食的临床应答相关。

低FODMAP饮食 IBS 研究论文基础研究饮食-菌群互作

定植抵抗

特定共生菌可抵抗近缘致病菌在肠内定植

mBio近期发表的研究，在小鼠中揭示了一种抗生素诱导的致病菌共生化现象，并发现致病菌鼠柠檬酸杆菌的“亲戚”无丙二酸柠檬酸杆菌能发挥对前者的定植抵抗作用。

定植抵抗细菌间互作肠道菌群肠道感染

细菌传播

肠道厚壁菌为了适应宿主的“取舍”策略

肠道细菌在与宿主的共生演化过程中，也在发生着持续的变化。Genome Biology近期发表的一项研究，通过对人肠道中广泛存在的厚壁菌门细菌的孢子形成能力进行了系统性分析，揭示了肠道厚壁菌的孢子形成能力与其对宿主的适应和传播之间的关系。

细菌传播孢子形成肠道菌群宿主适应

人体肠道噬菌体

Cell：迄今最大的人类肠道噬菌体基因组数据库

肠道噬菌体对肠道菌群的塑造和演变有重要影响，但目前人们对于肠道噬菌体的了解仍然有限。Cell最新发表的一项研究，建立了迄今为止最全面和完整的人类肠道噬菌体基因组数据库GPD（Gut Phage Database），并利用这一资源分析了人肠道噬菌体的多样性、细菌宿主和全球分布等问题。

人体肠道噬菌体宏基因组学数据库

结肠炎

粘附侵袭性大肠杆菌调节肠道炎症的机制

结肠炎补体C3 黏附侵袭性大肠杆菌肠道菌群与疾病脂多糖

菌群-免疫互作

Nature子刊：人结肠菌群与免疫细胞图谱

Nature Immunology上发表的一项最新研究，对6名健康人结肠中的3个不同部位（盲肠、横结肠及乙状结肠）及肠系膜淋巴结中的免疫细胞进行了单细胞RNA测序，并对12名健康人的结肠菌群进行分析，详细描绘并对比了在结肠不同部位中的菌群及免疫细胞（包括B细胞、Th细胞、Treg等）组成，以及菌群与免疫细胞的互作。

菌群-免疫互作生态位菌群-免疫互作单细胞RNA测序肠系膜淋巴结

酒精性肝病

Nature：促酒精性肝病关键细菌和毒素被锁定！

酒精性肝炎是一种可威胁生命的疾病，除了进行早期肝移植，目前尚无有效疗法，约75%的严重患者会在90天内死亡。小鼠研究和临床数据分析均显示，肠道菌群与酒精性肝病相关，但菌群中的“元凶”仍需确认。来自加州大学圣地亚哥分校Bernd Schnabl团队的研究，按照“相关性-因果性-干预治疗”三步走的思路，首先鉴定出粪肠球菌产生的细胞溶素（一种可导致细胞裂解的细菌外毒素），可作为酒精性肝炎不良预后的菌群标志物，之后通过小鼠的细菌定植和人源化菌群移植试验，明确了产细胞溶素的粪肠球菌在酒精性肝炎发生发展中的作用，并进一步表明靶向这种细菌的噬菌体疗法，可明显减轻酒精诱导的小鼠肝病，为治疗酒精性肝病提供了具有可行性的新疗法。

酒精性肝病粪肠球菌细胞溶素噬菌体疗法菌群人源化小鼠

婴儿肠道菌群

Nature：剖腹产对新生儿肠道菌群的不良影响

婴儿出生后，会迅速定植来自母亲和环境中的微生物。此前对生命早期肠道菌群的研究大多受限于16S分析的分辨率和较小的样本量，且对新生儿期（≤1月龄）的研究不足。Nature上线的最新研究，发表了迄今为止最大规模的新生儿肠道菌群的宏基因组学研究。这项来自英国的研究发现，分娩方式是影响新生儿期肠道菌群组成的最主要因素，剖腹产使新生儿的菌群中富集医院环境相关的机会致病菌，且破坏了母婴间的拟杆菌传递，证实了剖腹产对早期肠道菌群的不良影响，但这些变化是否有长期健康影响还需进一步研究。

婴儿肠道菌群 Clinical microbiology metagenomics Microbiome paediatrics

艰难梭菌

Nature子刊：现代饮食和医疗系统促进艰难梭菌的演化

细菌如何在演化中获得更强的宿主适应能力？Nature Genetics近期发表的研究表明，能引起常见医院感染之一的肠道细菌艰难梭菌，在进化上形成了两个主要分支，其中一个分支演化出了更多利于其在人群中传播的特性，比如有更强的抵抗消毒剂的能力，并能更好地利用现代人饮食中的简单碳水化合物（如葡萄糖和果糖）来促进自身的传播和定植，说明现代医疗和饮食习惯在艰难梭菌的演化中施加了选择压力。

艰难梭菌物种形成 Yan Gu Yanrong Chen Lai Wei

幽门螺旋杆菌

幽门螺旋杆菌如何在胃部定殖

《PLoS Biology》上发表的一项最新研究，利用高分辨率成像手段，揭示了幽门螺旋杆菌在小鼠胃部定殖的过程，并分析了调控其定殖的宿主影响因素。该结果对阐释致病菌在胃肠道的定殖机制具有参考价值。

幽门螺旋杆菌幽门螺旋杆菌细菌定殖荧光成像 Yang Liu

新肠道细菌

Nature：发掘未知的肠道细菌

解读肠道菌群结构存在的宿主差异有助于阐释菌群对宿主健康的具体影响。Nature近期发表研究，鉴别出了1925种潜在肠道细菌，极大地丰富了已知肠道菌群种类和功能，尤其丰富了非洲和拉美地区人群的肠道菌群信息。该研究对详细阐释肠道菌群种类和功能具有参考价值。

新肠道细菌 Bacterial genomics metagenomics Microbiome 方法学

基因组数据库

Nature子刊：包含近800个肠道菌株全基因组数据的新数据集

Nature Biotechnology上发表的一项最新研究，发布了一个新的人体肠道细菌基因组数据集，包含了来自4个门、31个科、273个种的737个菌株的全基因组数据，这些菌株是从20个成年人的粪便样本中培养并分离的。该数据集使人体胃肠道细菌基因组的数量增加了37%。

基因组数据库人粪便菌群宏基因组培养组学基础研究

G蛋白偶联受体

Science子刊：与消化道炎症疾病相关的受体GPR35，连接膜电位与癌症

Science Signaling上发表的一项最新研究发现，G蛋白偶联受体GPR35可与钠钾泵互作，激活Src激酶信号通路，而GPR35的超等位基因与一些炎症性疾病及癌症风险的增加相关。

G蛋白偶联受体 GPR35 钠钾泵 G蛋白偶联受体 Meiyun Wang

膀胱菌群

Nature子刊：菌株培养测序分析女性膀胱菌群

宏基因组学分析表明，女性膀胱中存在固有菌群，然而由于缺乏菌株层面的基因组测序信息，难以进行菌株追踪和功能分析。Nature Communications[IF：12.124]本周发表的最新研究，分离、培养并测序了女性膀胱菌群中约2/3的菌株，并与阴道和肠道菌群进行对比，揭示出阴道与膀胱菌群的相似性，为开展菌群/特定致病菌或共生菌的功能性研究打下基础。

膀胱菌群泌尿生殖器分离培养宏基因组 Bacterial genetics

共生菌

COM：如何明确有益菌与健康的因果关系？试试“科赫法则”！

我们知道传统意义上的“科赫法则”是用来确认特定的病原菌与疾病的因果关系的重要评判标准，而在菌群研究持续深入的当下，我们需要思考一个问题——如何明确有益的细菌与促进健康之间的因果关系？Current Opinion in Microbiology[IF：6.635]上的这篇文章无疑是用来回答这个问题的绝好参考！特别推荐。

共生菌科赫法则有益菌

益生菌

Nature Reviews：肠道细菌如何在人与人之间传播？（综述）

住在一起的人，肠道菌群为什么越来越像？人与人之间的肠道细菌能互相传播（“传染”）么？好好看看这篇综述，必有收获！

益生菌共生菌多样性菌群传播致病菌

厌氧菌培养

Nature：很多肠道细菌可培养！会生成孢子！

今天的Nature，打破常识，正本清源！这篇Letter，会是下一波肠道菌群研究高潮——表型研究的开始么？

厌氧菌培养细菌培养表型分析孢子细菌遗传

婴儿肠道微生物

淋巴组织-共生细菌通过促进IL-10细胞因子家族成员的产生来建立共生关系

① 无菌和抗生素处理小鼠中，淋巴组织-共生细菌（LRC）可在肠道淋巴组织中定植，并诱导IL-10细胞因子家族（来自树突细胞[DC]的IL-10和第三组固有淋巴细胞[ILC3]的IL-22）产生免疫应答；② IL-10能够抑制促炎Th17细胞反应，IL-22则可增强稳定状态下LRC的定植；③ LRC通过IL-10依赖途径，在DSS诱导的结肠上皮损伤中对宿主起保护作用；④ LRC可在小鼠DC上定植并调节细胞因子的产生，促进组织特异性反应，对宿主和菌群均有有益影响。

Lymphoid-resident commensal bacteria (LRCs) 婴儿肠道微生物