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文章数：12篇

具核梭杆菌

国内团队：具核梭杆菌感染通过产生腐胺会诱导食管癌加重？

食管鳞状细胞癌（ESCC）是一种上消化道恶性肿瘤，其发病机制和病因尚不清楚。由于肠道菌群通常会影响结直肠癌的进展、转移和免疫治疗反应，食管微生物群在ESCC中的作用逐渐引起人们的关注。先前多项研究发现具核梭杆菌（Fn）也会影响ESCC的预后。然而，其潜在机制尚不清楚。近日，山西医科大学崔永萍、北京大学肿瘤医院张维敏及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，纳入73例ESCC样本，证实了Fn可以侵入ESCC细胞影响多胺代谢，从而促进其增殖，这表明食管微生物可能在临床环境中影响ESCC的进展，值得关注。

具核梭杆菌食管鳞状细胞癌研究论文基础研究多胺代谢

活生物治疗产品

如何生产具有目标功能的活菌群落？

粪菌移植（FMT）可用于多种疾病的治疗，但基于粪菌具有许多风险和不确定性。因此，构建有针对性功能的微生物群落已成为一种有前景的更安全的FMT替代品。此类活生物治疗产品的开发面临着重大挑战，包括选择合适的菌株和控制联合体生产的规模。Gut Microbes近期发表的文章，开发出一种微生物群落共培养方法，培养出稳定且可重复的有功能的联合体，其在DSS诱导结肠炎模型中效果与粪菌移植相当，而简单菌株混合不能。即将自下而上的功能设计与持续共同培养相结合，培养出可用于治疗的强大功能设计的合成联合体。

活生物治疗产品共培养

抗生素抗性基因(ARG)

浮丝藻水华促进抗性基因传播转移

我们对蓝藻水华对抗生素抗性基因(ARG)的传播富集及人类健康的影响知之甚少，浙江工业大学钱海丰组联合城市环境研究所苏建强组研究了太湖蓝藻水华对ARG组成的影响。本研究结合野外监测与室内模拟验证实验发现并验证了浮丝藻水华期驱动淡水水体抗生素抗性基因的多样性的改变，表明，蓝藻水华是淡水中ARG扩散和富集的关键驱动因素之一。本研究结果对于确定全球淡水湖泊的生态风险非常有用，并为ARG和耐药菌的生态进化以及更全面的水质评价和管理提供了参考。

抗生素抗性基因(ARG) 蓝藻水华细菌群落移动遗传元件(MGE) 共培养

找出抑制艰难梭菌的肠道共生菌

尽管粪菌移植是治疗艰难梭菌感染的有效方法，但用特定的肠道共生菌组合来抑制艰难梭菌可能是更为安全可控的疗法。mSystems发表的一项研究按照这一思路，结合使用培养组学和表型分析等方法，鉴定出在体外能抑制艰难梭菌生长的66种人类肠道共生细菌。值得注意的是，这些抑制菌的不同组合对艰难梭菌生长能起到不同的作用，有些组合甚至能促进艰难梭菌生长，提示在搭配细菌组合时，群落整体可能产生新的功能和性状。这些发现对于研究多菌株微生态疗法，具有参考意义。

定植抵抗 Clostridium difficile coculture colonization resistance culturomics

菌群-宿主互作

肠道菌群可广泛的重塑宿主基因表达

肠道菌群与肠上皮细胞的接触可能会引起宿主基因表达的变化。为了检验这一假设，作者从5个健康人身上提取肠道菌群，并通过将肠道菌群与肠上皮细胞的共培养的方法来检测二者间的相互作用。

菌群-宿主互作 GENE EXPRESSION genomics Microbiome 共培养

南京农大沈其荣+韦中：土著根际菌群中的“便利关系”也为外来病原菌的入侵提供“便利”

根际菌群中存在广泛的相互作用关系，包括以互利共生为代表的“便利”型关系和以竞争为代表的“对抗”型关系。在抵御外来病原菌入侵时，充满合作的“便利”型关系难道不能兄弟同心，一致对外吗？

根际菌群 Antagonism community ecology facilitation invasion resistance

菌群-肠-脑轴

Nature子刊：产生神经递质GABA的肠道菌可能与抑郁症有关联

菌群-肠-脑轴是肠道菌群研究中的重要领域，通过调节菌群来改善神经疾病是很有吸引力的研究方向。Nature Microbiology本周发表的一项研究，通过共培养方法，鉴定出一系列产生神经递质γ-氨基丁酸（GABA）的肠道细菌，其中拟杆菌属的丰度与抑郁症负相关。

菌群-肠-脑轴抑郁症肠道菌群神经递质 γ-氨基丁酸

菌群代谢行为预测

Cell子刊：预测菌群的代谢行为

菌群内部复杂的种间互作带来了菌群的“涌现性”特征，很难通过对单一物种的认识预测此类特征。因此，理解种间互作的机制是我们能够改造、设计菌群，并将其用于治疗疾病或工业生产的前提条件。Cell Systems上发表的这篇论文，介绍了一个恒定产量预期（ConYE）模型，可根据单一物种代谢谱及其共培养时的生长情况，预测共培养体系的代谢行为。这相当于根据初始状态和极少量的后续状态参数，预测后续状态的具体行为。可以说在预测菌群代谢行为方面前进了关键的一小步。

菌群代谢行为预测全基因组代谢网络重建小鼠菌群共培养代谢组

SCRR：体外模拟人体胃肠道中的宿主-菌群互作生态系统（综述）

关注体外模拟胃肠道系统的人必读的一篇技术综述，强烈推荐。

共培养肠道菌群体外模型芯片器官类器官

JJVE：在微流控芯片上共培养菌群和肠绒毛

在微流控芯片上研究肠道菌群与长绒毛以及上皮细胞的关系，是肠道菌群研究的新方法，很火很热，特别推荐这篇文章给大家学习。

肠道菌群人体肠绒毛肠道芯片微流体装置共培养

FM：用益生元共培养双歧杆菌、艰难梭菌会发生什么？

有意思的实验设计，值得思考的实验结果。

双歧杆菌艰难梭菌益生元共培养

微流控技术

NC：胃肠道-细菌交界面微流控体外模型

神奇又靠谱的微流控技术，又有新的发展。

微流控技术人体-细菌交界面肠道上皮细胞肠道细菌共培养