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海洋菌群
文章数:11篇
海洋菌群
Nature:深挖海洋菌群的生物合成潜力
Nature最新发表来自瑞士苏黎世联邦理工学院的研究,从世界各地1000多个海水样本中,通过宏基因组组装构建了大约2.6万个海洋微生物基因组。对这一资源的挖掘鉴定出近4万个生物合成基因簇,并发现了一个在生物合成上很有“天赋”的新菌科,以及新的酶和天然产物。该研究为深入挖掘海洋微生物组及其生物合成潜力,提供了重要资源。
海洋菌群
生物合成基因簇
海洋菌群
Cell:复杂而多样的海洋浮游菌群
海洋细菌和古菌在全球生物地球化学中扮演重要角色。Cell近期发表的一项研究,使用随机化的单细胞基因组学方法构建了1个全球热带海洋参考基因组(GORG-Tropics)数据集,揭示了海洋浮游细菌和古菌的复杂和多样性。
海洋菌群
genomics
Reference database
microbial ecology
plankton
海洋宏基因组
Cell:全球海洋微生物群落的宏转录组
Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881),近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集,包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度(极地到非极地)和深度差异,发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说,全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化,直至出现群落更替的现象。
海洋宏基因组
宏转录组
海洋菌群
宏基因组测序
气候变暖
群落组装
自组装微生物群落的相互作用存在多样性饱和限制
为了阐释多样性对群落功能的影响规律,作者通过连续稀释海水的方法得到不同多样性的群落,并进一步在群落稳定后测量其生产力指标。结果发现,多样性在促进群落生产力时存在饱和阈值,其数值大概为26个物种。
群落组装
微生物生态学
海洋菌群
碳利用率
呼吸速率测定
生物膜
生物膜——微生物存在的主要形式?
新加坡SCELSE生物膜研究中心的Hans-Curt Flemming和Stefan Wuertz教授在Nature Reviews Microbiology上面发表分析论文指出,地球微生物的主要存在形式是生物膜。特别是在土壤和沉积物中,生物膜几乎是全部微生物活性的贡献者。
生物膜
土壤生物膜
深海沉积物
海洋菌群
土壤菌群
宏基因组
Nature子刊:海洋微生物多样性之前被低估了
据估计,20%-80%的海洋微生物以生物膜形式存在(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087827001)。近期《Nature Communications》发表Tara Oceans项目的研究成果,通过对海洋生物膜宏基因组的分析,在生物膜中发现了大量隐藏的生物多样性和功能特征。
宏基因组
生物膜
海洋菌群
海洋生物膜
海洋宏基因组
海洋菌群
山东大学:低养分富集培养有助于不可培养细菌的复苏和分离
山东大学杜宗军教授团队通过特殊培养基分离鉴定海洋沉积物中的不可培养微生物,获得巨大成功。
海洋菌群
深海沉积物
Enrichment culture
metatranscriptomics
Mixed culture
海洋菌群
以海神之名:确立全球含量最丰富的 II 类古菌的分类地位
II 类海洋(Marine Group II,MGII)古菌是海洋表面含量最丰富的浮游古菌。本文基于宏基因组进化分析等方法,为此类古菌定名、拟定族谱等,为将来的相关研究打下良好基础。
海洋菌群
古菌群
海洋宏基因组
水平基因转移
海洋菌群
海洋泥火山口附近的微生物菌群
海床中的甲烷氧化菌通过利用甲烷控制海洋中温室气体甲烷的排放,但是自然环境中甲烷氧化菌群的演替过程仍不清楚。来自德国马普所海洋微生物所的研究人员对挪威海中的泥火山沉积物中的菌群进行了研究。
海洋菌群
甲烷氧化菌
硫氧化菌
深海
Matthew A Oberhardt
海洋宏基因组
5TB海洋宏基因组数据大餐
Scientific data杂志发表的一篇论文中,报道了>5TB的海洋宏基因组大数据。这些数据不仅包括测序信息,还尽可能提供了多种理化性质,如光照、盐度,氧气,温度,营养和金属浓度等,为进一步的数据挖掘和比较研究打下了坚实基础。
海洋宏基因组
海洋菌群
Nick Barker
Si Hui Tan
Yada Swathi
肠道菌群
海洋中桡脚类动物肠道菌群的季节性变化
① 在马尾藻海,经过两年的季度性探索发现:常年稳定存在的菌群有厚壁菌门,拟杆菌门和放线菌,并且其变化具有同步性,可能与动物的营养条件有关;② 肠道菌群是在海水中分离的,说明桡脚类动物长年、特定的社群稳定性;③ 菌群主要的短暂变化发生在早冬和早春,尤其是聚球藻属的相对丰度可以达到65%,从而使水体中的浮游细菌增加,桡脚类动物以此为食;④ 专/兼性厌氧菌,包括梭菌,的存在,表明在贫营养的开放海洋中,厌氧反应也时有发生。
肠道菌群
桡脚类动物
海洋菌群
季节性变化
Teppei Shimasaki