根际菌群

iMeta：菌群对于寄生植物—列当（Orobanche cumana）寄生的调控作用

该文章针对根寄生杂草—向日葵列当（Orobanche cumana）的生物防治进行研究，提出了菌群结构影响列当寄生，并且根据菌群功能分析与生物标记物预测，找到两株细菌可以显著改变寄主根系列当寄生数量，并对其化学调控机理进行研究。本研究结果阐明了根际菌群对寄生植物向日葵列当的调节作用，可能有助于开发一种新的杂草抑制策略。

Cyclo(Pro-Val) 向日葵列当寄生植物根际菌群向日葵

基因组水平

Nature子刊：基因组水平的宏基因组学分析植物与根际菌群在干旱下的互作机制

菌群在增强植物的抗旱能力方面发挥着重要作用，但是当前对于根际菌群与植物在干旱下的互作机制知之甚少。该研究剖析了植物与菌群在干旱下的相互作用关系，增进理解根际菌群在植物对干旱胁迫过程中发挥的重要作用，为利用菌群提高植物抗逆性提供了重要的参考价值。该成果实现了植物逆境生理和根际菌群紧密结合，对提高植物耐旱性以增加粮食安全具有重要意义。

基因组水平铁代谢干旱根际菌群放线菌

根系分泌物

植物次生代谢物与菌群互作研究进展

近年来，随着植物代谢组学与微生物组学研究的深入，植物次生代谢物被发现作为植物和微生物共生的信号修饰与宿主相关的菌群。另外，许多研究表明植物微生物(组)亦可直接或间接地通过调节植物次生代谢参与上述生理过程。该综述聚焦植物次生代谢产物与菌群互作，以香豆素等重要植物次生代谢物为例，系统回顾了近年来该领域的最新进展，并对目前主要的微生物组学和代谢组学关联分析技术与工具方法进行了梳理，对植物次生代谢产物与微生物组互作研究在作物遗传育种、非生物胁迫、入侵植物等领域的发展及应用进行了讨论和展望。

根系分泌物多组学植物激素挥发性物质VOCs 根瘤菌

丛枝菌根

国人团队揭示丛枝菌根共生与根瘤共生的协同进化机制

植物根系与微生物建立共生关系是长期共进化的过程，然而自然土壤中丛枝菌根(AM)真菌与根瘤共生之间的关系我们仍知之甚少，该研究通过绝对定量16S rRNA基因测序进行菌群分析，探究了这些不同的共生如何影响蒺藜苜蓿根际及根内的细菌群落。该研究表明，豆科植物与根瘤菌共生关系的建立是植物-根瘤菌-环境三者相互作用的结果，AM真菌庞大的菌丝网络在给植物提供营养的同时，也帮助植物根系富集根瘤菌，促进豆科植物与根瘤菌的共生。该研究从根际层面揭示了丛枝菌根共生与根瘤共生在植物适应陆地环境过程中的协同进化。

丛枝菌根根瘤菌共生根际菌群定量菌群分析

根际菌群

Nature子刊：铁载体——根际能否阻断病原菌传播的关键

南京农业大学沈其荣团队的徐阳春、韦中实验室，近日在 Nature Microbiology 上发文，描绘了植物根际菌群与植物病原菌针对于铁元素尔虞我诈的江湖。我们知道三价铁就是根际微生物争夺的稀缺资源，为了获取铁，微生物会产生一种高效结合Fe3+的低分子化合物——铁载体。理论上来说，每个微生物的铁载体都是有识别码的。如果病原菌掌握了这些识别码，就可以窃取这些铁载体，这样的微生物反而成为病原菌的傀儡和帮凶。而只有产生铁载体的能力强，并且又不能被病原菌识别利用的根际微生物才能更好地保护植物健康。

根际菌群微生物生态学铁载体菌株共培养青枯病

噬菌体疗法

南京农大沈其荣、韦中等：使用复合噬菌体疗法防治番茄青枯病取得重大突破

本期日报，我们特别报道南京农业大学“微生态与根际健康实验室”在《Nature Biotechnology 》发表的最新成果：利用复合噬菌体疗法防治番茄青枯病。尽管噬菌体作为一种治疗手段很早就被提了出来，但是在应用上仍然处于比较初级的阶段。特别是在噬菌体疗法的安全性、特异性和诱导抗性等方面的讨论也一直在持续进行。在这样的背景下，能够以实验方法证实噬菌体疗法的可靠性、安全性显得尤为关键。在小编看来，由于这项研究使用了田间试验的设计，所以成果非常贴近实际。其主要结论之一，使用噬菌体治疗后，可以帮助根际菌群的结构向好，对于我们在肠道或者人类健康领域使用符合噬菌体疗法提供了十分积极的生态学观点指引。消息传来，热心肠研究院第一时间联系采访了论文第一作者“90后”副教授王孝芳和通讯作者之一“85后”教授韦中两位老师，请他们讲讲如何把噬菌体疗法落到中国大地的精彩故事。

噬菌体疗法根际菌群根际菌群噬菌体青枯病

植物微生物组

Science：病原菌激活植物内生菌群的抑病功能

抑病型土壤的研究主要集中在特异性抑病土壤上，目前已经有很多高水平文章解析过抑病型微生物群落，这篇Science无疑是最新和最全的一篇。从内容上来，描述了抑病型土壤的群落结构和功能；得到了候选功能菌株，并通过培养组得到了大量的分离株，并开展菌株功能验证；而后进行功能基因的筛选，敲除和验证，最终形成了一个完美的故事。确实是本领域研究的学习模板，并值得我们重现这篇文章的分析过程。这篇文章关注的是抑病型微生物群落的解析，对于抑病型微生物群落的形成也十分重要，那么内生菌群是如何被植物招募并进入根系内部的呢？是否根系分泌物在这个过程中也起着重要作用？相信这将是很有意思的故事。

植物微生物组作物真菌病害植物内生菌根际菌群甜菜

土壤菌群

Science子刊：南农沈其荣、徐阳春团队证实苗期土壤菌群微生态决定作物未来健康

沈其荣教授领衔的南京农业大学微生态与根际健康研究团队继上个月发表Nature子刊（http://mr-gut.cn/papers/read/1073890272）之后，又在Science子刊发表论文。论文研究发现，苗期土壤菌群的结构可以决定作物未来是否发病，从实践上明确了早期土壤菌群的重要功能，为未来可能开展的植物微生态调控奠定了理论基础。植株“儿童”时期的菌群决定“长大”后能否发病，这一结果在肠道菌群研究中似曾相识。

土壤菌群根际菌群土壤菌群植物健康微生态

苯并恶唑嗪酮类化合物

苯并恶唑嗪酮类化合物对玉米根际菌群的代谢调控

作者采用了一种全球性的方法来研究苯并恶唑嗪酮类化合物(Benzoxazinoids, BXs)对玉米根部代谢组以及相关细菌和真菌群落的调控活性。通过研究BX生物合成途径中独立突变对根部代谢和菌群的影响，作者对塑造玉米根际菌群的因素有了新的认识。作者的研究越来越支持这样的观念，即BX在地下植物与生物的相互作用中代表着重要的信号分子。此外，本文概述的实验策略代表了一种新颖的方法，可以产生新的假设和工具来研究根际菌群对植物生长的影响。

苯并恶唑嗪酮类化合物根际菌群代谢产物扩增子测序类黄酮

根际菌群

南京农大沈其荣+韦中：土著根际菌群中的“便利关系”也为外来病原菌的入侵提供“便利”

根际菌群中存在广泛的相互作用关系，包括以互利共生为代表的“便利”型关系和以竞争为代表的“对抗”型关系。在抵御外来病原菌入侵时，充满合作的“便利”型关系难道不能兄弟同心，一致对外吗？

根际菌群 Antagonism community ecology facilitation invasion resistance

根际菌群

中科院城市环境研究所：根际菌群调控植物开花时间

植物生长周期受多重因素影响，本研究发现根际菌群对植物开花时间具有影响。根际菌群通过产生吲哚乙酸、增加氮源来推迟植物开花时间，同时促进植株生长，该调控过程涉及“植株分泌物-根际菌群-植株”互作网，对研究植株-根际菌群互作、开发潜在植物增产手段具有参考价值。

根际菌群 Arabidopsis Flowering time Indole acetic acid microbiota

根际菌群

赣南师大+华大基因：全球柑橘的根际微生物组研究

赣南师范大学国家脐橙工程技术研究中心的王年教授与华大基因的 Jin Tao 在 Nature Communication 上发表研究论文，公布了对来自六大洲土壤和柑橘根际微生物的研究成果。

根际菌群柑橘土壤宏基因组 Sarwa Darwish Murad Louise Jm Alferink

原生动物

使用原生动物调节根际菌群？

根际微生物组是植物健康的主要决定因素。然而，驱动微生物组装配的机制尚不清楚，阻碍了对其有效管理。在这一综述中作者提出：自由生活的原生生物作为微生物组的一个被忽视但核心的组成部分，可以提供强大的杠杆作用来改善微生物组的功能。

原生动物根际菌群 Protists amoeba plant–microbe interactions

种间互作

Cell：细菌“好朋友”帮助植物抵御真菌危害

细菌，真菌和卵菌分别产生于约 35，10 和 5 亿年前，并且在陆生植物出现 (约4.5亿年前) 之前就在土壤中共存和相互作用。Cell 上的一项研究中综合使用菌群网络分析（含3个地区中的土壤微生物群落）、菌群构建（含148种细菌、34种真菌和8种卵菌）和体外大规模互作实验（2862对互作）确定，根际细菌才是拟南芥的“好朋友”，帮助拟南芥应对真菌的危害。

种间互作根际菌群 bacteria Fungi microbe-microbe interactions

根际菌群

Nature子刊：根际菌群变化可使易感番茄品种更抗病

抗病性是作物良种选育的重要考量之一。但是通过改变根际菌群，居然也可以使易感品种获得抗病性。那究竟是抗病品种塑造了能抗病的菌群，还是抗病菌群促进了抗病品种的抗性呢？

根际菌群青枯病番茄土壤病害黄杆菌属

土壤菌群

南京农大：植物自土壤中招募“亲兵”抵抗地上病原菌入侵

根际菌群是植物留给土壤的“遗产”。已有多个研究表明植物通过根系分泌物招募益生菌，促进自身的生长和抗病等（http://www.mr-gut.cn/home/search?query=%E6%A0%B9%E7%B3%BB%E5%88%86%E6%B3%8C%E7%89%A9）。南京农大沈其荣团队发现，叶子感染病原体也可引发了土壤对病原菌的遗留抗性，帮助下一代植物更好的抵御病原菌的入侵。

土壤菌群根际菌群 Disease-suppressive soil Foliar pathogen Microbiome

根际菌群

阿尔卑斯山演替梯度下植物和根际微生物群落的多样性

一般认为植物是塑造根际菌群的主要因素，Molecular Ecology上的这篇论文则发现根际环境中三界生物具有不同的多样性模式。

根际菌群 community ecology environmental DNA environmental gradients intermediate disturbance hypothesis

根际菌群

抗性育种影响根际菌群

ISME Journal近期发表研究，表明对特定根系病原菌的抗性育种，改变了菜豆的根际菌群，使某些有益菌属富集。

根际菌群尖孢镰刀菌抗性育种类芽孢杆菌属菜豆

根际菌群

根系菌群如何调节植物化学（综述）

Natural Product Reports上发表的一篇最新综述，详细介绍了根系有益菌群对植物代谢的调节，讨论了根系菌群在促进植物生长、防治病虫害中的重要作用，推荐专业人士阅读。

根际菌群

根系分泌物

Nature子刊：植物根系分泌物对根系菌群的动态调节

Nature Microbiology近期发表的一项植物根系菌群的研究，分析了对植物根系生长产生不同响应的菌株，及其对根系分泌物的利用情况，表明植物根系生长分泌的代谢物和土壤细菌对代谢物的利用偏好，共同驱动了根系菌群的形成和动态变化。

根系分泌物根际菌群植物-微生物互作土壤菌群 Weipeng Zhang

根际

FPS：土地利用密度对鸭茅相关菌群的影响

植物及土壤相关菌群研究，特别推荐。

根际土壤菌群生物多样性根际菌群根部菌群

根际菌群

FM：生长于油砂复垦表面的植物的根际菌群

关注植物根际菌群的人必读的一篇文章。

根际菌群油砂

寄生疫霉

Microbiome：番茄根际菌群与寄生疫霉相关性疾病

如果你关注农业种植领域的菌群，这篇文章必须读一读。

寄生疫霉根际菌群 Oomycete biofilm Host plant

根际菌群

COM：如何通过根际菌群对土壤进行改造

这是Current Opinion in Microbiology[IF：6.635]发表的系统性介绍利用土壤菌群来改良和修复土壤的分析文章，除了介绍相关领域的整体进展，还举例说明相关研究方法创新。很值得好好看看，特别推荐。

根际菌群土壤菌群 Josie Libertucci Vincent B Young

噬菌体-细菌相互作用

南京农大韦中：噬菌体和细菌竞争者能够协同抑制土壤中植物病原菌的生存

这是韦中教授2016年底发表在《Evolution》杂志上的研究成果，是2019年《Nature Biotechnology》文章的重要基础之一（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1052413408）。在这篇文章中，他们发现噬菌体和细菌竞争者共同存在的时候，病原菌在同时应对二者的作用时有点“顾此失彼”，即产生了对噬菌体抗性的病原菌，在面对细菌竞争者时更加脆弱。所以，噬菌体和拮抗菌的组合能够更好的抑制病原菌的活性。

噬菌体-细菌相互作用根际菌群噬菌体青枯病青枯菌