菌群组成

细菌次级代谢产物是抗生素和其他生物活性化合物的主要来源，在微生物群落中，这些分子可以介导物种间的互作，进而适应环境变化。尽管次级代谢物在人类健康和微生物生态中具有重要作用，但对其在多物种群落中的作用和调节仍知之甚少。近日，华盛顿大学研究人员在PNAS发表最新研究，设计了包含蜡样芽孢杆菌、约氏黄杆菌和韩国假单胞菌组成的简易群落模型，发现次级代谢物动态变化和群落物种组成和种间互作有关，改变其中物种数量会影响整个群落的生物合成基因簇表达和代谢谱。总之，该研究提供了一种分析微生物群落的信息交流方法，有助于未来精准操控微生物群落功能。

次级代谢产物菌群组成研究论文基础研究微生物生态学

宏基因组组装

iMeta：国内团队开发基于共标签测序数据的高质量宏基因组组装工具-MetaTrass

本研究开发了名为MetaTrass的宏基因组组装工具。该工具综合利用单管长片段测序数据和公开的微生物参考基因组信息，并采用先测序读长分类分箱再组装的策略实现菌种级的高质量基因组的组装。由于它具有超强的组装高质量宏基因组的能力，MetaTrass将有力地促进菌群的不同时间、空间动态特征的高精度基因组学研究。MetaTrass的开源代码可以在Github网址https://github.com/BGI-Qingdao/MetaTrass免费获取。

宏基因组组装菌群组成合成长读长分类分箱

深度学习

iMeta：刘洋彧等基于物种组合的深度学习方法预测菌群结构

复杂微生物群落的众多物种和未知的种群动力学一直是我们理解菌群结构变化(例如移除或添加物种)的根本障碍。推动这个领域向前发展可能需要失去一些解释机制的能力。从这个意义上说，深度学习方法可以使我们合理操控和预测复杂微生物群落的动态变化。哈佛医学院刘洋彧团队与合作者近期在iMeta发表研究，开发了一个深度学习框架来预测物种组合的群落组成，该框架不需要了解任何微生物动力学，并且各种数据的验证显示了其准确的预测能力。

深度学习菌群组成物种组合

菌群组成

简化宏基因组测序实现菌株水平物种分类

作为全鸟枪测序的替代方法，作者研究了使用简化宏基因组测序（RMS）方法来评估菌群组成的方法。这涉及使用双重消化的限制性相关DNA测序，这意味着仅对较小部分的基因组进行了测序。通过这种方法获得的读长集具有与扩增子和鸟枪法数据不同的特性，作者在 https://github.com/larssnip/microRMS 上以R包的形式提供了一个数据分析流程。作者发现，在菌株水平上解析菌群时，RMS是宏条形码或鸟枪测序的良好替代方案。像鸟枪宏基因组学一样，它需要一个良好的基因组参考数据库，非常适合研究人类肠道或存在许多参考基因组的其他菌群。

菌群组成读长 16s扩增子测序简化的宏基因组测序婴儿肠道

饲料转化效率

肠道菌群组成影响猪的饲料转化效率

饲料效率是猪肉生产中一个至关重要的参数，而肠道菌群对营养物质的消化率起着至关重要的作用，或影响饲料效率。最新发表在Microbiome的研究对3个主要家养猪品种的饲料效率、肥厚特性和肠道微生物组组成进行研究，探讨饲料效率和肠道菌群组成之间的可能联系。

饲料转化效率 Swine Microbiome Genetics performance

小尾寒羊

山东农业大学：羊的肠道菌群有什么特征？

小尾寒羊是优质肉羊，山东农业大学主导研究了小尾寒羊的肠道菌群分布情况，于近期在Frontiers in Microbiology[IF：4.076]发表，推荐专业人士阅读。

小尾寒羊空肠回肠直肠菌群组成

种子微生物

COM：一文彻底读懂植物的种子菌群（综述）

一文读懂，必是最值得阅读的综述，推荐。

种子微生物菌群组成传播方式组装生态模式

牛瘤胃

FM：牛瘤胃内气体、溶解代谢产物和菌群组成的昼夜动态

关于瘤胃菌群的研究，推荐阅读。

牛瘤胃昼夜动态菌群组成亚麻油 volatile fatty acids

结肠菌群

SR：孕早期到晚期，不同营养水平猪的菌群会怎么变？

在哺乳动物怀孕期间，肠道菌群会发生一些有趣且有意义的变化，非常经典的文献是2012年发表在Cell的关于人孕早期、孕晚期菌群变化的研究，而来自中国研究者的这篇文章，关注了怀孕环江香猪的结肠菌群及其代谢物组分的变化，值得对比阅读。

结肠菌群怀孕香猪菌群组成肠道代谢产物 Marie E Jetté

菌群组成

COM：决定宿主菌群的因素，既有决定性的也有随机性的

决定我们菌群的因素多种多样？哪些是决定性的？哪些是随机性的？我们掌握了相关规律以后，会有什么利用价值？看看这篇综述

菌群组成决定因素 Georgios D Kitsios Alison Morris

菌群组成

FM：研究菌群，试试用水螅做动物模型

继之前我们分享的关于利用水螅作为研究粘膜免疫的动物模型（http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1087450016）的文献后，同一个团队又发出水螅可作为研究菌群组成和菌群互作的模型，值得大家读一读。

菌群组成菌群群落互作 Metaorganism Hydra Sara D Lawhon Elena V Gart

绿豆芽菌群

Microbiome：用不同富集方法得到的绿豆芽菌群不同

蔬菜上的沙门氏菌及产生志贺毒素的大肠杆菌等，与许多大规模疾病爆发相关。豆芽等发芽种子上存在大量共生细菌，会阻碍致病菌检测，而用不同方法富集豆芽上的菌群，得到的检测结果不一样。这提醒我们在对食品安全至关重要的检测工作中，要充分注意试验方法的差异。

绿豆芽菌群富集方法测序技术菌群组成 Anirikh Chakrabarti

菌群组成

WJG：高脂、高糖、高蛋白，到底哪个对菌群影响最大？

给小鼠分别以不同的高脂、高糖、高蛋白饮食，哪些小鼠的体重最高？菌群变化最大？湘雅第二医院团队的这个研究的实验设计，简单，但不乏新意，推荐给大家。

菌群组成饮食非酒精性脂肪肝 Zhipeng Li Zhigang Zhang

肠道菌群失调

SR：非酒精性脂肪肝也非肥胖的患者的肠道菌群

李兰娟院士和团队的最新成果，推荐大家认真看一看。

肠道菌群失调非酒精性脂肪肝菌群组成 Zhigang Zhang Jiawei Geng

粪便菌群

Microbiome：入侵北美的鲤鱼的肠道菌群有何特点？

入侵北美的鲤鱼，是最著名的入侵物种之一。它们是如何适应环境的？肠道菌群会帮助更加适应入侵区域的环境么？这篇文章，值得读一读。PS，亚洲鲤鱼入侵北美，是生态入侵，某些活吃到肚子里的细菌，可能会是入侵物种么？

粪便菌群入侵性鲤鱼菌群组成 16s rRNA测序群落结构

自身免疫性疾病

IR：菌群影响一型糖尿病的机制（综述）

关于菌群特别是肠道菌群影响一型糖尿病的综述，推荐看看。

自身免疫性疾病一型糖尿病肠道菌群紊乱菌群组成 Sofía Moran-Ramos

炎症

IJMM：过量喂食小鼠，要小心影响实验结果

实验室小鼠常常被过量喂食且营养失调，这会影响许多实验结果，包括对肠道菌群和代谢等的影响。最近关于要注意实验小鼠稳定和一致性的文章有好几篇，每篇都是值得认真看看的。

炎症过量喂食随意喂食菌群组成肥胖

生活方式

TFST：一生中，菌群如何随生活习惯而变化？（综述）

这篇综述，单是“回顾不同年龄的菌群变化的研究，描述了从婴儿到老年时期人体菌群的变化轨迹”这个靓点，就值得你细读哦。

生活方式肥胖细菌-宿主互作菌群组成 M Depner