首页
热心肠日报
文献库
产业库
榜单
关于日报
《肠·道》演讲
往期精彩
《肠·道》2024
《肠·道》2023
《肠·道》2022
《肠·道》2021
《肠·道》2020
《肠·道》2019
《肠·道》2018
《肠·道》2017
关于《肠·道》
肠道大会
热心肠大会
热心肠智库
智库专家
专家动态
智库新闻
关于智库
奖学金
年度人物奖
更多
HOPE
会议信息
科学与艺术
学术专刊
R·AI
周刊
热心肠先生
研究院动态
关于我们
搜索
登录
关闭
手机邮箱登录
扫码登录
微信扫描二维码快捷登录
验证成功,将在
3
秒钟后跳转
已超时,请
重试
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
+86
+1
+852
+886
+81
+65
+61
+44
获取验证码
登录 / 注册
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
获取验证码
登录 / 注册
刘永鑫-农科院-宏基因组
文章数:546篇
生物合成基因簇
Nature子刊:从菌群中挖掘抗生素
本文作者对前人发现的短寿命新型抗菌剂epifadinj进行了报道并发表了自己的一些观点,他认为前人的研究为探索这些新领域和验证关于短寿命代谢物的假设提供了基础,同时也为揭示菌群中丰富多样的化合物提供了卓越的范例。这种研究将激发这一领域的研究活力。对于这些化合物,从初步检测到结构解析的化学分析都面临重大挑战,可能需要针对每个案例定制独特的方法。
生物合成基因簇
表皮葡萄球菌
新型抗菌剂
短寿命代谢物
生物分子工程
癌症
iMeta:中山大学团队综述肠道菌群重塑癌症免疫治疗疗效:机制和治疗策略
肠道菌群对维持局部和全身免疫稳态至关重要,本文回顾了微生物菌群组成及微生物菌群衍生的代谢物是否与免疫治疗反应和免疫相关不良事件有关。此外,本文还讨论了通过调节微生物菌群组成来提高免疫治疗疗效或减轻毒性的各种方法。
癌症
肠道菌群
免疫治疗
免疫相关不良事件(irAEs)
优势菌
肠道菌群
仝小林+朱怀球:菌群+多组学,系统阐释2型糖尿病中医证候
中国中医科学院仝小林、北京大学朱怀球与团队近期在Diabetes发表研究,基于2型糖尿病(T2DM)队列的多组学数据,强调了粪便性状在疾病患者分层中的重要性,系统地阐明了不同粪便性状的患者的多组学特征,体现了Blautia干预T2DM的临床应用前景,可望推动T2DM微生物精准治疗的发展。同时,本研究也从微生物组学和多组学的角度,体现了中医证候作为一个重要指标来反应机体整体状态并用于疾病分类诊治的科学意义。
肠道菌群
二型糖尿病
粪便性状
中医证候
机器学习
生物标志物
iMeta:一个功能性的结直肠癌生物标志物数据库-CBD2
本文在结直肠癌生物标志物数据库(CBD)构建基础上,开发了CBD2,包括1569个新报告的生物标志物的信息,CBD2还允许用户查询一系列化学物、药物组合或多个靶点,以实现多药物、多靶点、多途径分析,促进CRC多药物治疗设计。
生物标志物
结直肠癌
数据库
网络分析
菌群定量
国内团队Nature子刊:鉴定及定量菌群样品中细菌的新方法——BarBIQ
中科院动物所金坚石与团队近期在Nature Protocols发表研究,为了克服传统16S rRNA基因测序方法的局限,作者开发了BarBIQ方法,这是一种对菌群中单个细菌进行高通量鉴定和定量的方法,该方法采用条形码标记单细菌的策略并实现了对16S rRNA基因鉴定的单碱基精确度。本文以BarBIQ在小鼠肠道菌群分析中的应用为示范。
菌群定量
细胞条形码
16S rRNA基因
单碱基精度
生物信息学分析流程
ATAC-seq
南京大学iMeta:用于构建基因动态调控和网络的整合分析平台
南京大学陈迪俊团队在iMeta发表研究,推出了cisDynet,旨在利用染色质可及性数据为顺式调控动态和基因调控网络建模, cisDynet使用 Snakemake 和 R 函数将数据预处理和高级下游分析功能结合在一起。cisDynet 为研究人员提供了一个用户友好型解决方案,最大限度地减少了编程的需要,确保了结果的可重复性,并大大简化了表观基因组数据的探索。
ATAC-seq
染色质可及性
基因表达
全基因组关联分析(GWAS)
调控网络
翻译速率
iMeta:破译蛋白质翻译速率与结构特征关联模式的分析流程-VeloPro
本研究开发了一种整合Ribo-seq(核糖体测序)和AlphaFold的分析流程,揭示了翻译速率与蛋白质结构特征之间的关联模式,该研究为理解跨分类群的共翻译折叠中的翻译动态提供了新的见解,该研究还可以在RNA设计中发挥作用,以微调共同翻译折叠,从而提高在不同寄主生物体中的重组蛋白表达。
翻译速率
蛋白质结构特征
分析流程
核糖体测序
局部绝对接触顺序
透明细胞肾细胞癌
iMeta:基于多组学数据揭示肾透明细胞癌分子分型
作者收集了255例透明细胞肾细胞癌 (ccRCC) 患者的临床信息、转录组表达谱、拷贝数改变、DNA甲基化和体细胞突变的配对数据,同时,基于他们最近开发的R包“MOVICS”进行生物信息分析,通过十种聚类的算法,作者确定了ccRCC患者的多组学亚型 (multi-omics subtype, MoS)。 总之,本研究通过多组学数据和可靠的聚类算法提供了ccRCC分子亚型的新颖见解,希望能为未来ccRCC的精准治疗提供参考。
透明细胞肾细胞癌
免疫激活
分子分型
多组学
纳米孔测序
国内团队开展大队列纳米孔测序快速鉴定下呼吸道感染病原临床研究
作者提出了一种基于双条码体系结合无偏宏基因组(Meta流程)和靶向扩增(Panel流程)的纳米孔Meta-Panel双流程(NanoMP)。利用人群中常见的DNA病毒(HSV1、EBV和CMV)以及曲霉菌烟曲霉(Aspergillus fumigatus)和RNA病毒(鼻病毒Rhv),用于Panel流程的方法学评估。首次建立起病原水平的方法学性能评价和样本水平的临床性能评价结合的两级性能评价体系,更符合临床宏基因组学在临床应用的真实性能。
纳米孔测序
宏基因组学
下呼吸道感染
机器学习
靶向扩增
新进牛
江西农大:应激过渡期新进牛瘤胃微生物与机体互作动态变化规律
江西农业大学瞿明仁、李艳娇与团队在Microbiome发表研究,首次对应激过渡期新进牛瘤胃微生物及血液代谢组进行深度多组学联合测序分析,首次深入揭示了应激过渡期新进牛瘤胃菌群基因集、瘤胃代谢产物图谱、血清代谢产物图谱的动态变化规律,成功构建了瘤胃菌群-宿主互作网络,科学阐明了新进牛生长受阻的机理,科学明确了新进牛健康干预调控的窗口期。这一成果为精准制定新进牛的营养饲喂策略,缓解过渡期应激,促进其健康生长提供新视角。
新进牛
接收期
瘤胃宏基因组学
瘤胃代谢组学
血清代谢组学
全基因组测序(WGS)
iMeta:国内团队开发可交互微生物鉴定和溯源分析平台—MIST
本研究开发了一体化微生物鉴定系统MIST(http://syj.i-sanger.cn),MIST集成了三种分析流程:基于16S/18S/ITS扩增子的微生物鉴定、基于WGS(全基因组测序)的微生物鉴定和SNP(基于单核苷酸多态性)的微生物溯源追踪。作者还为MIST 开发了一个可公开访问的Web分析平台,用户可在线开展数据分析工作。
全基因组测序(WGS)
单核苷酸多态性
毒力因子基因
溯源分析
基因注释
肠道稳态
国内团队iMeta:褪黑素如何改善创伤性结肠损伤
解放军总医院第一医学中心卫勃团队在iMeta发表研究,基于创伤性结肠损伤(Traumatic colon injury, TCI)疾病小鼠实验模型,联合微生物组和蛋白质组学分析,探讨了TCI介导伤员快速死亡的微观机制。随后借助一系列体内外实验,明确了肠上皮SERPINA3N蛋白在TCI快速进展中的关键作用。为推动该研究成果的现实转化,作者测试了褪黑素(MLT)作为SERPINA3N蛋白表达抑制剂在延长TCI创伤后生存时间中的有效性。这种预防性干预方案可为灾害救援和军事行动中TCI伤员的治疗提供一种新思路、新选择。
肠道稳态
褪黑激素
菌群失调
创伤后生存时间
SERPINA3N
药用植物基因组学
国内团队开发整合药用植物组学平台 IMP
目前有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用,为了解决这一紧迫问题,作者开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台(https://www.bic.ac.cn/IMP)。
药用植物基因组学
测序数据
基因表达数据
分析模块
植物分子代谢途径
植被演替
国内团队:长期植被演替下土壤活性碳组分与菌群的联系
iMeta近期发表了来自中科院水保所邓蕾团队的研究,基于一个典型的160年次生演替序列,探究了表层土壤 (0–20 cm) 和底土 (20–40 cm) 中菌群构建与有机碳组分之间的联系,该研究揭示了土壤活性有机碳组分与菌群在长期尺度上的联系,强调了活性有机碳组分的重要性。
植被演替
土壤活性有机碳组分
菌群组装
共生网络
r-策略
数据可视化
iMeta:国内团队开发具备Shinyapp界面的一站式转录组分析和可视化R包
本研究系统开发了TOmicsVis (转录组学可视化)R包(CRAN:https://cran.r-project.org/package=TOmicsVis,v2.0.0),为转录组项目提供全面的分析和可视化解决方案;TOmicsVis Shinyapp可以在本地通过函数运行或在线(https://shiny.hiplot.cn/tomicsvis-shiny/)访问分析,TOmicsVis提供了即用型的可视化函数和用户友好的交互界面,使科研者能够快速准确地分析和监控实验数据,以便于迅速深入探索转录组学数据。
数据可视化
差异表达基因
富集分析
Shinyapp
多分组RNA-Seq
宏基因组
王军团队iMeta:分析宏基因组结构变异的新利器——MetaSVs
结构变异(structural variants, SVs,包括大片段的插入、缺失、倒置和易位)显著影响微生物基因组中基因的功能,菌群中的SVs与多种生物过程和人类疾病相关,中科院微生物所王军团队近期在iMeta发表研究,建立了一个整合了Nanopore长reads和Illumina短reads的MetaSVs流程来分析微生物基因组中的SVs,并进一步确定可以反映代谢差异的差异SVs。
宏基因组
菌群
纳米孔
结构变异
杂交测序
大气环境
iMeta:国内团队揭示空气丰富与稀有种对大气环境变化的响应
本研究通过主动采集空气微生物,并结合高通量测序技术探究了空气细菌和真菌小时尺度的动态变化,并阐明了丰富和稀有种对大气环境变化的响应,该研究突出了春节对空气菌群及潜在健康风险的“节日效应”并拓展了我们对变化大气环境中微生物的装配机制及健康风险的认识。
大气环境
细菌
群落组装
确定性过程
真菌
地衣
iMeta:中国科学院团队揭示荒漠地衣结皮中关键细菌具宿主选择趋势
本研究以石果衣属地衣Endocarpon为对象,利用16S rRNA基因V4高变区的扩增子测序,首次对来自三块代表荒漠的120个样品的4个垂直生态取样位中的细菌群落进行了分析。本研究揭示了干旱荒漠地衣关键菌群的组成规律、追溯了地衣相关细菌特别是关键物种的来源,为更好地了解地衣共生体的稳态维持机制提供了重要参考。
地衣
关键菌群
群落组装
宿主选择
结皮土
抗生素耐药基因
iMeta:猪场的日常职业暴露改变了人的皮肤菌群和耐药组
虽然皮肤是抗生素耐药基因(ARGs)和抗生素耐药菌(ARB)的重要储存库,但两者在畜牧业环境和人类皮肤之间的传播机制尚不清楚。本文设计了一项包含猪场工人和学生两种队列的研究,结果显示,携带ARGs的微生物在猪场环境和工人皮肤之间的传播,并有可能以农场工人为媒介向社区中的人群传播。
抗生素耐药基因
抗生素耐药菌
猪场环境
人体皮肤菌群
宏基因组测序
伤寒沙门氏菌
跨学科多单位联合揭示我国伤寒的“双重”传播模式
伤寒在我国境内和国际高风险区域之间的传播尚不清楚,为了系统评估传播动态,作者通过使用最新的高分辨力流行病学亚分型技术和基因组学方法,对境内50多年来分离的伤寒沙门菌开展大规模基因组测序,并与来自六大洲87个国家的5190个全球分离株比较分析,该研究为伤寒的全球监测和抗生素耐药性评估提供了来自中国的最大基因组数据集,该研究澄清了伤寒沙门菌的高度复杂的中国本地和全球传播历史,为制定科学防控伤寒政策提供关键数据支撑。
伤寒沙门氏菌
传播
基因组学
大流行克隆
山羊
刘庆友+陈卫华:构建山羊肠道微生物基因组目录
佛山科学技术学院刘庆友、华中科技大学卫华与团队近期在Microbiome发表研究,对来自不同胃肠道部位、不同年龄、不同饲养方式和不同地理位置的268只山羊的497个样本进行了全面的微生物生态结构调查。本研究中的山羊肠道微生物基因组目录通过菌群-宿主相互作用提供了山羊肠道菌群的功能参考蓝图,并为微生物干预提供了途径,以实现更好的山羊营养改善、饲养效率和降低甲烷饲养模式优化奠定了基础。
山羊
胃肠道
宏基因组组装基因组
细菌组
病毒组
心血管外科
iMeta:阜外医院团队解码先天性心脏病患者肠道微生态奥秘
本综述讨论了肠道菌群在先心病免疫、肠道屏障、神经发育和围手术期中的作用。通过更好地了解先天性心脏病与肠道菌群之间的相互关系,本综述旨在为改善先心病患者的临床管理和预后做出贡献。
心血管外科
先天性心脏病
免疫炎症稳态失衡
肠道微生物学
神经发育损伤
比较基因组学
国内团队iMeta:清酒乳杆菌对炎症性肠病的种间差异机制
江南大学于雷雷与团队在iMeta发表研究,从中国各地120份发酵和粪便样本中获得了72株清酒乳杆菌。结果表明,有2株在缓解炎症性肠病(IBD)相关症状方面表现出不同程度的有效性,造成这些差异的可能原因是菌株之间碳水化合物活性酶和代谢物的差异。本研究旨在筛选不同来源的清酒乳杆菌,探讨清酒乳杆菌对IBD的种内差异,为进一步研究具有益生菌功能的清酒乳杆菌奠定理论基础。
比较基因组学
肠道菌群
炎症性肠病
清酒乳杆菌
代谢组学
深度神经网络
Nature子刊:使用geNomad识别可移动遗传元件
识别和描述测序数据中的可移动遗传元件对于理解它们的多样性、生态学、生物技术应用和对公共卫生的影响至关重要。本研究介绍了一种名为 geNomad 的分类和注释框架,geNomad 是一个从核苷酸序列中识别病毒和质粒基因组的工具,它提供了最先进的分类性能,并可用于快速从基因组、宏基因组或宏转录组中找到可移动遗传元件。geNomad 的处理速度显著快于类似工具,可用于处理大型数据集。geNomad 可在 https://portal.nersc.gov/genomad 获取。
深度神经网络
功能基因注释
病毒基因组分类
条件随机场模型
噬菌体
代谢工程
国内团队:靶向肠道递送丁酸的工程共生菌,揭示丁酸如何减轻肠炎
北京航空航天大学杨昀、清华大学陈国强与团队近期在Metabolic Engineering发表研究,开发了一种新型、高效的肠道丁酸递送工具,并首次阐明了肠道丁酸通过蛋白消皮素D(GSDMD)调节肠粘膜免疫、维持肠道稳态的因果效应和分子机制,为利用基因工程活细菌解析肠道菌群代谢物与宿主互作的因果关系和分子机理提供了研究范式。
代谢工程
肠道丁酸盐递送
共生细菌
宿主粘膜免疫
肠道粘膜稳态
生物大数据挖掘
国内团队:TBtools-II为个性化生物数据分析提供解决方案
华南农业大学园艺学院夏瑞团队在线发表了题为 TBtools-II: A "One for All, All for One" Bioinformatics Platform for Biological Big-data Mining 的研究论文,系统介绍和描述 TBtools 的新版本,即 TBtools-II。TBtools-II 在 TBtools-I 的基础上优化并新增了100+个功能,开发了插件(Plugin)模式并架设了插件仓库(Plugin Store)。基于此,解决了软件功能全面性与灵活性的主要冲突。借由插件模式和插件仓库的推出,TBtools-II 同步提供了简便的插件开发接口,使得用户可以直接依据自己的需求,灵活地开发出实用插件,继而在课题组内甚至在TBtools用户社区分享,让所有TBtools用户受益。
生物大数据挖掘
生物文本处理
TBtools-II
数据可视化
插件模式
引物选择
国内团队iMeta:引物选择影响环境菌群的微生态模式评估
该研究基于五种生境来源(水、沉积物、土壤、叶际和动物肠道)共352组扩增子测序数据,使用针对16S rRNA基因V4和V5−V7区域的两对引物,评估了群落表征和微生态模式(包括物种丰度分布、beta多样性分区和群落构建过程)中的引物偏倚。本研究揭示了引物选择在菌群的有效监测以及在多生境微生态模式的准确评估中起到了关键作用,为相关实验设计和数据分析策略提供了参考。
引物选择
环境菌群
微生态模式
16S 扩增子测序
引物偏倚
有机碳分解
iMeta:本研究揭示水热炭调控滨海盐碱土固碳减排新机制
本研究率先揭示了水热炭影响滨海盐碱土有机碳分解的效应及内在机制;与麦秆水热炭相比,麦秆热解炭对盐碱土理化性质的改善(降低土壤pH、增加土壤碳/氮比)是降低土壤有机碳分解的主要原因。
有机碳分解
负激发效应
麦秆水热炭
麦秆热解炭
盐碱土
肠道噬菌体
左涛Nature Reviews:肠道噬菌体与宿主免疫(评论)
尽管长期以来肠道微生物一直被认为是了解宿主健康的基石,但肠道病毒组研究的领域是最近出现的。然而,肠道病毒体在人类中的功能作用在很大程度上尚不清楚。中山大学附属第六医院的左涛近期在Nature Reviews Microbiology发表评论文章,探讨了肠道病毒组里程碑意义的一些发现,这些具有里程碑意义的研究在机制上建立了肠道噬菌体和生物体水平上的哺乳动物免疫之间的直接功能关联。它为未来探索肠道噬菌体在真核哺乳动物宿主中的作用,特别是在疾病环境中奠定了研究的基础,并将为如何使用量身定制的噬菌体治疗慢性疾病提供理论基础。
肠道噬菌体
宿主免疫
尾病毒目噬菌体
溃疡性结肠炎
肠道病毒组
iMeta:东北林业大学团队发现丛枝菌根真菌诱导削弱镉的迁移
本研究以摩西球囊霉(Glomus mosseae)和紫花苜蓿(Medicago sativa)为共生体,分析了Cd在根际的迁移和环境特性。根际微环境中的丛枝菌根真菌 (AMF) 可以调节代谢物-土壤-微生物的相互作用,减少镉的迁移。本研究为AMF如何提高植物抗Cd性提供了新的科学解释,并提供了一种有益于环境和人类健康的可持续解决方案。