南京农大沈其荣、韦中等:使用复合噬菌体疗法防治番茄青枯病取得重大突破

Nature Biotechnology [IF:31.864]
① 青枯病是重要的植物病害,其致病菌是茄科劳尔氏菌,能够侵染多种常见作物;② 组合 4 株田间分离得到的短尾噬菌体,施加到温室和大田体系中,发现能够显著降低青枯病的发生,防控效率高达80%;③ 这些裂解性噬菌体能快速、有效的降低病原菌的数量,残存下来的病原菌虽有一定的耐受性,但生长显著受累;④ 噬菌体组合显著影响了群落结构,增加了群落多样性,客观上修复了病原菌入侵对土著群落的扰动,增加了土著菌群对抗外来病原菌的能力。
【主编推荐语】本期日报,我们特别报道南京农业大学“微生态与根际健康实验室”在 《Nature Biotechnology 》发表的最新成果:利用复合噬菌体疗法防治番茄青枯病。 尽管噬菌体作为一种治疗手段很早就被提了出来,但是在应用上仍然处于比较初级的阶段。特别是在噬菌体疗法的安全性、特异性和诱导抗性等方面的讨论也一直在持续进行。在这样的背景下,能够以实验方法证实噬菌体疗法的可靠性、安全性显得尤为关键。在小编看来,由于这项研究使用了田间试验的设计,所以成果非常贴近实际。其主要结论之一,使用噬菌体治疗后,可以帮助根际菌群的结构向好,对于我们在肠道或者人类健康领域使用符合噬菌体疗法提供了十分积极的生态学观点指引。 消息传来,热心肠研究院第一时间联系采访了论文第一作者“90后”副教授王孝芳和通讯作者之一“85后”教授韦中两位老师,请他们讲讲如何把噬菌体疗法落到中国大地的精彩故事。(@gaoch)
Phage combination therapies for bacterial wilt disease in tomato
2019-12-02, doi:10.1038/s41587-019-0328-3

南京农大韦中:噬菌体和细菌竞争者能够协同抑制土壤中植物病原菌的生存

Evolution [IF:3.573]
① 研究了青枯菌噬菌体和拮抗菌株(一株解淀粉芽胞杆菌)单独以及共同作用时对植物病原菌青枯雷尔氏菌的抑制活性;② 噬菌体自身对青枯菌的抑制活性很快丧失,96 h后致病菌就获得了对噬菌体的抗性;③ 但是,噬菌体与拮抗菌株共同作用仍然较单独使用拮抗菌进一步降低了病原菌的活性;④ 后期噬菌体虽然不能杀死病原菌,但显著增加了病原菌对拮抗菌分泌的抗生素的敏感性,说明病原菌在取得噬菌体抗性的同时不得不损害了自身的其它竞争能力。
【主编推荐语】这是韦中教授2016年底发表在《Evolution》杂志上的研究成果,是2019年《Nature Biotechnology》文章的重要基础之一(查看文章)。在这篇文章中,他们发现噬菌体和细菌竞争者共同存在的时候,病原菌在同时应对二者的作用时有点“顾此失彼”,即产生了对噬菌体抗性的病原菌,在面对细菌竞争者时更加脆弱。所以,噬菌体和拮抗菌的组合能够更好的抑制病原菌的活性。(@gaoch)
Parasites and competitors suppress bacterial pathogen synergistically due to evolutionary trade‐offs
2016-12-07, doi:10.1111/evo.13143

Cell:全球海洋微生物群落的宏转录组

Cell [IF:36.216]
① 分析了全球126个采集点370个样本的宏基因组和187个样本的宏转录组,构建了包含4700万个基因的海洋微生物参考基因集;② 微生物群落在海洋中呈现垂直分层现象,此现象与海洋表面温度的差异有关;③ 全球气候变暖导致海洋生物更替,对宏转录组组成的影响极地区显著高于非极地区;④ 结合不同环境宏基因组和宏转录组数据,揭示了代谢标记基因转录变化的潜在机制;⑤ 未来可整合不同时间点的组学数据,进一步完善海洋生态系统模型。
【主编推荐语】Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上(查看文章),近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集,包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度(极地到非极地)和深度差异,发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说,全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化,直至出现群落更替的现象。(@gaoch)
Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome
2019-11-14, doi:10.1016/j.cell.2019.10.014

mBio:粪肠球菌或可促进肠出血性大肠杆菌的毒性

mBio [IF:6.747]
① 粪肠球菌(E. faecalis)通过两种机制影响肠出血性大肠杆菌(EHEC)III型分泌系统(T3SS)的表达和活性;② 其一,E. faecalis存在时,EHEC T3SS编码基因转录增加,导致效应蛋白Tir引起的移位效应增加,在宿主细胞上形成更多基座;③ 以上效应存在于多株肠球菌中;④ 其二,E. faecalis分泌的蛋白酶GelE,可裂解EHEC T3SS的主要结构蛋白EspB,促进Tir的移位效应;⑤ E. faecalis影响EHEC T3SS的表达增加,依赖于E. faecalis和EHEC的细胞接触。
【主编推荐语】mBio最近的一项研究揭示了人肠道中共生菌粪肠球菌(E. faecalis)和一株致病菌肠出血性大肠杆(EHEC)间复杂的多种互作关系,E. faecalis或可通过于EHEC细胞的接触,促进III型分泌系统(T3SS)的基因表达和活性。此外,E. faecalis分泌的GelE 蛋白酶可裂解EHEC T3SS的主要结构蛋白EspB,促进T3SS的活性。本研究提示,人体共生菌能显著影响病原菌毒力因子的表达和活性,进而影响疾病的进展。(@nana)
Enterococcus faecalis Enhances Expression and Activity of the Enterohemorrhagic Escherichia coli Type III Secretion System
2019-11-19, doi:10.1128/mBio.02547-19
Nature年度回顾:今年肝癌研究有哪些重要进展?
话题:肝癌,胰腺癌监测,结直肠癌,丁酸梭菌,STAT3,风险因素。
2019-12-02
11月,最值得看的30篇菌群与肠道健康文献!
话题:2019年11月,根据“热心肠因子”计算的30篇必读文献。
2019-12-01
全谷食物控血糖,这个因素要考虑
话题:全谷物,维生素D,炎症标记物,鱼油,含硫氨基酸,椰子油,短链脂肪酸
2019-11-30
今日《科学》:乳糖、肠球菌与免疫反应
话题:肠球菌,移植物抗宿主病,免疫应答,发酵食品,孕期饮食,菌群恢复力,饮食-菌群互作。
2019-11-29
香港大学团队:运动能否预防糖尿病,要看肠道菌群!
话题:前驱糖尿病,运动,结直肠腺瘤,ω-3,菌群干预,代谢弹性,隐孢子虫,干细胞疗法。
2019-11-28
反直觉?患者的粑粑中或许藏有治病“良药”
话题:miRNA,多发性硬化,脱髓鞘,菌群-免疫互作,抗感染,HMO,瘤胃,精液菌群。
2019-11-27
揭秘IBD肠道病毒组中的“暗物质”
话题:肠道病毒组,IBD,乳糜泻,γδ T细胞,生酮饮食,ILC,肠肝轴,IgA。
2019-11-26
预防大肠癌:结肠镜结果正常,多久复查最合适?
话题:结肠镜检查,大肠癌,AI诊断,Myc,苹果酸酶,前列腺素,肠胶质细胞,新橙皮苷。
2019-11-25
聊聊食物中的“甜”和糖
话题:甜味剂,膳食糖,遗传性果糖不耐症,谷物,FODMAP,生酮饮食,微塑料,槲皮素。
2019-11-24
代谢组学的使用与发展
话题:代谢组学分析流程,微生物-代谢物互作,血浆代谢组,生物节律,帕金森,琥珀酸,胆汁酸
2019-11-23