2018-10-09
大佬出品:易上手的菌群分析新工具,让新手不再发憷
菌群分析平台
Nature子刊:菌群分析新手的可用工具
① Qiita是一款开源、易用、快速的在线菌群对比分析平台;② 利用平台整合的QIIME2和GNPS等标准流程,可以分析自己的数据或结合数据库中的数据进行meta分析;③ Qiita对数据库收录采用严格的数据审核制,要求使用者上传最原始格式的数据,提供完整的研究及样品信息,确定数据分析时的参数,以保证能快速关联相似研究;④ Qiita能不断更新数据与注释结果,使之成为“活数据”;⑤ 截止目前,Qiita有来自世界各地超过46万份的样品、50TB的数据。
菌群分析平台
生物信息学工具
肠绒毛
Cell:又是单细胞水平!肠绒毛不同区域的细胞有不同功能
① 用激光捕获显微切割转录组测序,鉴定出小鼠肠绒毛不同区域的标志性基因,结合单个肠绒毛细胞的转录组数据,对单个肠细胞在绒毛轴上的定位进行空间重构;② 肠细胞功能沿绒毛轴存在多个分区,从绒毛底部向顶部移动的过程中,肠细胞经历一系列状态转变;③ 隐窝之上的绒毛底部是应答菌群的“抗微生物区”,之后肠细胞顺序性表达氨基酸、碳水化合物、多肽、脂肪的转运/吸收相关基因,绒毛顶端细胞表达以Cd73为特征的免疫调节基因。
肠绒毛
激光捕获显微切割
转录组测序
单细胞RNA测序
单细胞转录组学
克罗恩病
喂养方式及吸烟影响后代克罗恩病
① 对来自队列研究的1119名儿童克罗恩病(CD)患者进行3年的随访;② 15%患者在3年内患有狭窄型(B2)或穿透型(B3)CD,35%和10.6%的患者分别进行了CD相关的住院和手术,74.5%患者为母乳喂养,31%患者暴露于吸烟环境(其中7%暴露于孕妇吸烟环境);③ 在多变量分析中,母乳喂养与儿童CD疾病表型的复杂性(B2/B3型)呈负相关;④ 随访3年内,孕妇孕期吸烟与儿童CD住院风险增加相关;⑤ 怀孕或婴儿早期的环境暴露或可影响儿童CD的疾病表型和进程。
克罗恩病
克罗恩病
队列研究
吸烟
母乳喂养
dietary quality
高质量饮食有益心血管代谢健康
① 分析1493名成年人饮食质量(用终止高血压膳食疗法(DASH)分数评估)与心血管代谢性健康(使用脂肪、糖稳态、脂质代谢及炎症等生物标志物评估)之间的关系;② DASH高得分者有着较少的肥胖、促炎症、促血栓形成、促动脉粥样硬化和胰岛素抵抗等心血管代谢特征;③ 与DASH得分最低的1/4人群相比,得分最高的1/4人群患中心性肥胖和代谢综合征的可能性分别降低54%和48%;④ 在心血管疾病预防方面,遵循DASH饮食的潜在益处超出了已知的降压效果。
dietary quality
Inflammation
Lipoproteins
insulin resistance
Obesity
Products designed to modulate the gut microbiota
中国药科大学:调节肠道菌群或有助于降血脂
① 选取21项随机对照临床试验(1436名受试者),对用于调节肠道菌群的产品(包括益生菌、益生元、合生制剂等)对高脂血症的影响进行荟萃分析;② 与安慰剂相比,用于调节肠道菌群的产品对血清总胆固醇、LDL/HDL胆固醇的浓度有显著影响,而对甘油三酯浓度无显著性影响;③ 亚组分析显示,益生菌和长期干预对降低血脂水平有更好的效果;④ 用于调节肠道菌群的产品的持久性、安全性和副作用尚未确定,应进一步结合降脂药物的作用进行相关研究。
Products designed to modulate the gut microbiota
Hyperlipidaemia
META-ANALYSIS
randomized clinical trial
益生菌
益生菌
可用于改善腹部肥胖的益生菌
① 一项随机双盲对照试验中,受试者分别服用动物双歧杆菌乳亚种CECT 8145(Ba8145,42例)、热灭活Ba8145(44例)或安慰剂(40例),持续3个月;② Ba8145组腰围、腰围/身高比和锥削指数减小,体质指数下降,内脏脂肪面积减少;③ 热灭活Ba8145显著改善腹部肥胖指标、舒张压和胰岛素抵抗指数;④ 肠道菌群中AKK菌增加(尤其是活菌),可能是潜在机制;⑤ 腹部肥胖人群服用Ba8145,可改善脂肪标记物水平,女性效果更佳,可作为肥胖管理的补充策略。
益生菌
中心型肥胖
动物双歧杆菌乳亚种CECT 8145
临床试验
Bifidobacterium pseudocatenulatum
益生菌或能改善胰岛素抵抗肥胖儿童的炎症
① 48名10-15岁胰岛素抵抗肥胖儿童,接受饮食建议并每天服用假小链双歧杆菌CECT 7765或安慰剂,共13周;② 饮食建议与体重变化有关,所有儿童体质指数均显著改善;③ 与对照组相比,益生菌组儿童中,循环高敏c-反应蛋白和单核细胞趋化蛋白-1降低,高密度脂蛋白胆固醇和网膜素-1升高;④ 肠道菌群中理研菌科成员(尤其别样杆菌属)比例增加;⑤ 摄入CECT 7765并结合饮食建议,能够改善肥胖和胰岛素抵抗儿童的炎症情况,并与特定细菌增加有关。
Bifidobacterium pseudocatenulatum
Children obesity
Gut microbiota
Monocyte chemoattractant protein-1
Omentin-1
Bacillus subtilis
浙江农林大学:枯草芽孢杆菌改善肉鸡的骨骼健康
① 补充以枯草芽孢杆菌为基本成分的益生菌43天后,与对照组相比,肉鸡的骨矿化、壁厚、尺寸及胫骨和股骨的重量均有提升;② 益生菌饲养肉鸡第14天,血清钙水平提高;③ 喂食益生菌43天后,血清中I型骨胶原C-末端端肽(骨吸收指标)水平降低,中缝核中5羟色胺水平上升,下丘脑中去甲肾上腺素和多巴胺浓度降低;④ 肉鸡的饮食中添加益生菌可促进钙的肠吸收、降低骨吸收,改善骨骼性状。
Bacillus subtilis
bone
calcium
serotonin
Dopamine
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