昆明动物所:深挖人体菌群的男女性别差异

Advanced Science [IF:15.804]
① 纳入HMP数据集中242名健康成人(129男113女)的数据,分析15个身体位点的菌群的性别差异;② 不同部位的菌群多样性存在性别差异,菌群整体多样性的性别差异在皮肤菌群(而非肠道菌群)中较普遍;③ 性别之间存在共享和特异性的菌群组成,但个体间菌群异质性以及人群中的菌群多样性,无性别特异性;④ 网络分析发现菌群互作、共现关系、核心菌群等存在性别特异性,性别对微生物适应性有很强的选择效应。
【主编推荐语】男女在很多生理层面都有明显差异,Advanced Science近期发表了来自昆明动物所马占山团队的研究,则揭示了人体菌群的性别差异。该研究从7个方面对人类微生物组计划的数据进行了重新分析,剖析了肠道、呼吸道、口腔和皮肤的15个人体位点的菌群,在多样性、物种组成、互作等方面的两性差异/相似性,为进一步开展两性菌群差异对健康和疾病的影响提供了重要的参考。(@mildbreeze)
How and Why Men and Women Differ in Their Microbiomes: Medical Ecology and Network Analyses of the Microgenderome
2019-10-23, doi:10.1002/advs.201902054

人类微生物组与疾病关联知识库构建的挑战(综述)

Microbiome [IF:10.465]
① 当前仅有Disbiome和VMH等4个知识库,可供提升的空间很大,特别是自动化采集和更新的需求十分迫切;② 对于微生物、疾病及二者关系信息的提取和标准化而言,均面临着工具短缺,名称和分类体系的不完善、不规范的挑战;③ 知识库还需整合实验数据,这样才能确保数据真实可验证,经得起推敲;④ 未来首先需要优先关注人类微生物组研究中的全领域词汇的标准化,共享人工注释的资料库,为自然语言处理、文本挖掘等方法的实现打下基础。
【主编推荐语】随着人类逐步揭示微生物组与健康、疾病之间的内在联系,相关的知识碎片越来越多。为了整合、固化这些成果,迫切需要构建一个微生物组-疾病的关联知识库。Microbiome上发表的这篇综述,介绍了知识库的结构、构建方法,认为现有的知识库和开发工具仍有很大改进空间。提出用计算机算法自动化从海量文献中提取信息是知识库构建的必然选项,其关键在于准确的识别已发表文献中微生物、疾病和确定二者之间的关系。(@gaoch)
Challenges in the construction of knowledge bases for human microbiome-disease associations
2019-09-05, doi:10.1186/s40168-019-0742-2

Nature:喝酒通过调控表观遗传影响学习及记忆

Nature [IF:43.07]
① 神经元的组蛋白乙酰化依赖于ACSS2(一种乙酰辅酶A合成酶)将乙酸盐代谢为乙酰辅酶A,而酒精是体内乙酸盐的主要来源;② 利用稳定同位素在小鼠体内进行标记,发现酒精代谢促进脑内组蛋白的快速乙酰化,部分通过ACSS2将酒精中的乙酰基转移至组蛋白;③ 孕鼠酒精暴露可导致酒精中的乙酰基进入胎儿脑内;④ 在原代海马神经元中,胞外的乙酸盐可诱导学习及记忆相关转录组的变化,该变化依赖于ACSS2的催化活性;⑤ 小鼠的酒精相关联想学习需要ACSS2。
【主编推荐语】许多研究表明代谢状态可影响表观遗传调控。来自Nature上发表的一项最新研究,发现ACSS2可将酒精中的乙酰基转移至组蛋白中,促进脑内组蛋白的快速乙酰化,从而影响包括酒精上瘾在内的学习及记忆相关基因的表达,提示酒精暴露可通过表观遗传调控以影响学习及记忆。另外,孕鼠的酒精暴露可促进胎儿脑内的组蛋白乙酰化,可能是引起胎儿酒精谱系障碍的机制。(@szx)
Alcohol metabolism contributes to brain histone acetylation
2019-10-23, doi:10.1038/s41586-019-1700-7

Nature:合成新型抗生素对抗耐药菌

Nature [IF:43.07]
① 通过改造天然产物合成一类新型抗生素——包含多粘菌素及粘菌素家族中的大环,以及与之相连的murepavadin(来自假单胞菌属)中的β-发夹肽大环;② 新型抗生素可结合革兰氏阴性菌的脂多糖及BamA(β桶形结构折叠复合物中的主要组分);③ 在体外,新型抗生素对多种多重耐药致病菌(包括革兰氏阴性菌中的ESKAPE致病菌)具有杀菌活性;④ 在小鼠体内,新型抗生素对多种粘菌素耐药菌有抑制作用,并表现出较好的成药性。
【主编推荐语】目前对新型抗生素的需求十分迫切,尤其是对碳青霉烯类及三代头孢菌素具有耐药性的革兰氏阴性菌。来自Nature上发表的一篇最新研究,合成了一类改造自天然产物的新型抗生素,在体内及体外均对多重耐药性革兰氏阴性菌(尤其是ESKAPE致病菌)有很好的杀伤作用,并有着较好的成药性,目前正处于临床前研究中,有机会在将来进入临床试验,并成为对抗革兰氏阴性菌感染的药物。(@szx)
Chimeric peptidomimetic antibiotics against Gram-negative bacteria
2019-10-23, doi:10.1038/s41586-019-1665-6
婴儿期喂养过度,可能损害长期肠道健康
话题:IBD,热量限制,代谢综合征,根际菌群,粪菌移植。
2019-11-06
靶向肠脑轴的饮食干预,或能治疗自身免疫性神经炎症
话题:免疫,多发性硬化,脂肪肝,蛋白质糖基化,miRNA,肠炎,移植物抗宿主病,关节炎。
2019-11-05
《柳叶刀》重磅综述:全方位剖析大肠癌
话题:结直肠癌,肿瘤驱动突变,胃肠道间质瘤,黑色素瘤,菌群与癌症,miRNA,标志物。
2019-11-04
健康人吃无麸质饮食,能让肠道更健康吗?
话题:麸质,饮食-菌群互作,普洱茶,淀粉,果胶,西式饮食,癌症,膳食纤维,燕麦,牛油果。
2019-11-03
益生菌临床研究:罗伊氏乳杆菌DSM 17938
罗伊氏乳杆菌DSM 17938菌株 - 2019年临床研究合集
2019-11-02
10月,最值得看的40篇菌群与肠道健康文献!
话题:2019年10月,根据“热心肠因子”计算的40篇必读文献。
2019-11-01
《自然》:肠道菌群内战中,细菌如何防御其它细菌下毒手?
话题:菌群内互作,工业化,拟杆菌,遗传操作,粪菌移植,ICU,中华粪菌库,IBD。
2019-10-31
肠道共生真菌,如何成为酒精性肝病的幕后黑手?
话题:白色念珠菌,肠道真菌组,IBD,肝病,多重耐药菌定植,牙周炎,土壤菌群,鸟。
2019-10-30
环境、饮食、医疗,儿童过敏与哪些因素有关?
话题:儿童过敏,NOD1/2,粘膜免疫,宿主-菌群互作,阿达木单抗,肠道免疫系统发育。
2019-10-29
关于菌群与癌症,听听权威专家怎么说
话题:微生物组,结直肠癌,药物临床,锯齿状腺瘤,自噬,肝癌,乙肝,胰腺癌。
2019-10-28